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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-23520 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of RSV preF bound by Fabs 32.4K and 01.4B | |||||||||
![]() | Full map, sharpened with DeepEMhancer | |||||||||
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機能・相同性 | Precursor fusion glycoprotein F0, Paramyxoviridae / Fusion glycoprotein F0 / host cell Golgi membrane / entry receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / host cell plasma membrane / virion membrane / plasma membrane / Fusion glycoprotein F0![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.21 Å | |||||||||
![]() | Wrapp D / McLellan JS | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Vaccination with prefusion-stabilized respiratory syncytial virus fusion protein induces genetically and antigenically diverse antibody responses. 著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / ...著者: Maryam Mukhamedova / Daniel Wrapp / Chen-Hsiang Shen / Morgan S A Gilman / Tracy J Ruckwardt / Chaim A Schramm / Larissa Ault / Lauren Chang / Alexandrine Derrien-Colemyn / Sarah A M Lucas / Amy Ransier / Samuel Darko / Emily Phung / Lingshu Wang / Yi Zhang / Scott A Rush / Bharat Madan / Guillaume B E Stewart-Jones / Pamela J Costner / LaSonji A Holman / Somia P Hickman / Nina M Berkowitz / Nicole A Doria-Rose / Kaitlyn M Morabito / Brandon J DeKosky / Martin R Gaudinski / Grace L Chen / Michelle C Crank / John Misasi / Nancy J Sullivan / Daniel C Douek / Peter D Kwong / Barney S Graham / Jason S McLellan / John R Mascola / ![]() 要旨: An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) ...An effective vaccine for respiratory syncytial virus (RSV) is an unrealized public health goal. A single dose of the prefusion-stabilized fusion (F) glycoprotein subunit vaccine (DS-Cav1) substantially increases serum-neutralizing activity in healthy adults. We sought to determine whether DS-Cav1 vaccination induces a repertoire mirroring the pre-existing diversity from natural infection or whether antibody lineages targeting specific epitopes predominate. We evaluated RSV F-specific B cell responses before and after vaccination in six participants using complementary B cell sequencing methodologies and identified 555 clonal lineages. DS-Cav1-induced lineages recognized the prefusion conformation of F (pre-F) and were genetically diverse. Expressed antibodies recognized all six antigenic sites on the pre-F trimer. We identified 34 public clonotypes, and structural analysis of two antibodies from a predominant clonotype revealed a common mode of recognition. Thus, vaccination with DS-Cav1 generates a diverse polyclonal response targeting the antigenic sites on pre-F, supporting the development and advanced testing of pre-F-based vaccines against RSV. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 124.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 23.3 KB 23.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 12.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 155.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 136.6 MB 134.2 MB 134.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 682.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 682.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 25.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map, sharpened with DeepEMhancer | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.073 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Focused map (C1)
ファイル | emd_23520_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Focused map (C1) | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_23520_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_23520_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Prefusion RSV F bound by Fabs 01.4B and 32.4K
全体 | 名称: Prefusion RSV F bound by Fabs 01.4B and 32.4K |
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要素 |
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-超分子 #1: Prefusion RSV F bound by Fabs 01.4B and 32.4K
超分子 | 名称: Prefusion RSV F bound by Fabs 01.4B and 32.4K / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() |
分子量 | 実験値: 440 KDa |
-分子 #1: Fusion glycoprotein F0
分子 | 名称: Fusion glycoprotein F0 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 58.615941 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKRK RRFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL ...文字列: QNITEEFYQS TCSAVSKGYL SALRTGWYTS VITIELSNIK EIKCNGTDAK VKLIKQELDK YKNAVTELQL LMQSTPATNN RARRELPRF MNYTLNNAKK TNVTLSKKRK RRFLGFLLGV GSAIASGVAV SKVLHLEGEV NKIKSALLST NKAVVSLSNG V SVLTSKVL DLKNYIDKQL LPIVNKQSCS IPNIETVIEF QQKNNRLLEI TREFSVNAGV TTPVSTYMLT NSELLSLIND MP ITNDQKK LMSNNVQIVR QQSYSIMSII KEEVLAYVVQ LPLYGVIDTP CWKLHTSPLC TTNTKEGSNI CLTRTDRGWY CDN AGSVSF FPQAETCKVQ SNRVFCDTMN SLTLPSEVNL CNVDIFNPKY DCKIMTSKTD VSSSVITSLG AIVSCYGKTK CTAS NKNRG IIKTFSNGCD YVSNKGVDTV SVGNTLYYVN KQEGKSLYVK GEPIINFYDP LVFPSDEFDA SISQVNEKIN QSLAF IRKS DELLSAIGGY IPEAPRDGQA YVRKDGEWVL LSTFLGSLEV LFQ |
-分子 #2: 01.4B Fab Heavy chain
分子 | 名称: 01.4B Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.154789 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVQSGAE VKKPGASVKL SCQASGYTFN NYGVSWLRQA PGQGLEWMGW ISAYNGNKKY APKFQGRLTL TTVTSTGTAY MELRSLKSD DTALYFCARD PPAVAAAMFD FWGQGTQVTV SS |
-分子 #3: 01.4B Fab Light chain
分子 | 名称: 01.4B Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 12.499002 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DVVLTQSPLS LPVTLGQPAS ISCRSSQSLV LSDGNTYLSW FHQRPGHSPR RLIYRISHRD SGVPDRFSGS ESGTDFTLKI SRVEAEDVG IYYCMQGTHW PRTFGQGTKV EIK |
-分子 #4: 32.4K Fab Heavy chain
分子 | 名称: 32.4K Fab Heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 14.140781 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EVQLVQSGAE VKKPGESLKI SCKGSADSFT NHWIGWVRQT PGKGLEWMGM IYPGDSDTRY SPSFQGQVTL SVDKSVTTVY LQWNSLKAS DTAIYYCARQ VGGVVVAEPP PYYYYGMDAW GQGTTVTVSS |
-分子 #5: 32.4K Fab Light chain
分子 | 名称: 32.4K Fab Light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 11.664103 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: DIQLTQSPSS LSASVGDRVT LTCRASQSIA TFLNWFQQRP GKAPKLLMFD ASKLQTGVPS RFSGSGSGTH FTLTISTLQP EDFATYYCQ QSYDLPLTFG PGTKVEIK |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 37.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |