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- EMDB-23046: Cryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23046
タイトルCryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (decamer)
マップデータCryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (decamer)
試料
  • 複合体: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein
    • タンパク質・ペプチド: p9-1
キーワードFijivirus / MRCV / Wheat / Maize / Reoviridae / viroplasm / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Reovirus P9-like / Reovirus P9-like family / p9-1
機能・相同性情報
生物種Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å
データ登録者Llauger G / Melero R
資金援助 アルゼンチン, 4件
OrganizationGrant number国
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2015-0621 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT 2016-1425 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2014-3754 アルゼンチン
National Research Council (NRC, Argentina)PICT-2017-2537 アルゼンチン
引用ジャーナル: mBio / 年: 2023
タイトル: A Fijivirus Major Viroplasm Protein Shows RNA-Stimulated ATPase Activity by Adopting Pentameric and Hexameric Assemblies of Dimers.
著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria ...著者: Gabriela Llauger / Roberto Melero / Demián Monti / Gabriela Sycz / Cristián Huck-Iriart / María L Cerutti / Sebastián Klinke / Evelyn Mikkelsen / Ariel Tijman / Rocío Arranz / Victoria Alfonso / Sofía M Arellano / Fernando A Goldbaum / Yann G J Sterckx / José-María Carazo / Sergio B Kaufman / Pablo D Dans / Mariana Del Vas / Lisandro H Otero /
要旨: Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 ...Fijiviruses replicate and package their genomes within viroplasms in a process involving RNA-RNA and RNA-protein interactions. Here, we demonstrate that the 24 C-terminal residues (C-arm) of the P9-1 major viroplasm protein of the mal de Río Cuarto virus (MRCV) are required for its multimerization and the formation of viroplasm-like structures. Using an integrative structural approach, the C-arm was found to be dispensable for P9-1 dimer assembly but essential for the formation of pentamers and hexamers of dimers (decamers and dodecamers), which favored RNA binding. Although both P9-1 and P9-1ΔC-arm catalyzed ATP with similar activities, an RNA-stimulated ATPase activity was only detected in the full-length protein, indicating a C-arm-mediated interaction between the ATP catalytic site and the allosteric RNA binding sites in the (do)decameric assemblies. A stronger preference to bind phosphate moieties in the decamer was predicted, suggesting that the allosteric modulation of ATPase activity by RNA is favored in this structural conformation. Our work reveals the structural versatility of a fijivirus major viroplasm protein and provides clues to its mechanism of action. The mal de Río Cuarto virus (MRCV) causes an important maize disease in Argentina. MRCV replicates in several species of plants and planthopper vectors. The viral factories, also called viroplasms, have been studied in detail in animal reovirids. This work reveals that a major viroplasm protein of MRCV forms previously unidentified structural arrangements and provides evidence that it may simultaneously adopt two distinct quaternary assemblies. Furthermore, our work uncovers an allosteric communication between the ATP and RNA binding sites that is favored in the multimeric arrangements. Our results contribute to the understanding of plant reovirids viroplasm structure and function and pave the way for the design of antiviral strategies for disease control.
履歴
登録2020年11月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年6月15日-
マップ公開2022年6月15日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_23046.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23046.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (decamer)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å		0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å		0.85 Å/pix.
x 240 pix.
= 204. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.06788943 - 0.14300941
平均 (標準偏差)0.00013058443 (±0.011324509)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein

全体名称: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein
要素
  • 複合体: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein
    • タンパク質・ペプチド: p9-1

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超分子 #1: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein

超分子名称: Decameric complex of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)

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分子 #1: p9-1

分子名称: p9-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mal de Rio Cuarto virus (ウイルス)
分子量理論値: 44.933328 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEI CSWYHGGRGN SIADLERRTF GSYKIEEITI KNDQQQKTTN QQQISNNEQ RISTKKIPIL DDGIFDLINY LLNGTHFDKT HYCGFDYSHL PTLERDFNTA SNYVSENYSI IVEEIDLNKY E RSESISLK ...文字列:
MRGSHHHHHH GMASMTGGQQ MGRDLYDDDD KDRWGSELEI CSWYHGGRGN SIADLERRTF GSYKIEEITI KNDQQQKTTN QQQISNNEQ RISTKKIPIL DDGIFDLINY LLNGTHFDKT HYCGFDYSHL PTLERDFNTA SNYVSENYSI IVEEIDLNKY E RSESISLK SPDFTVVLEY FKKHVEGQTE QEENKTESTS SELPAKIVRE LPLLPIMCRE SEDSISEDIL EGEGAVIQVL KM FMKGFLV HLGENPNSYD RQLTIEKYRP LLISIIGYEF TVGTRATHTK INHIYYQLAT FDNYPFDLLR FQLQSLIDTP NVI KERIEK DGLFKVITTT NARGQYQSVL LRGINGSESY LNLKRYRKFK VRVVGNVDNV IKNDFSSLKL DV

UniProtKB: p9-1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6 / 構成要素:
濃度式
10.0 mMTris-HCl
25.0 mMNaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: LEICA EM CPC
詳細No previous negative glow discharge was applied on the grids in order to avoid protein aggregation

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER
最大 デフォーカス（公称値）: 3.8000000000000003 µm
倍率（公称値）: 120000
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 202824
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D5 (2回x5回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Scipion / 使用した粒子像数: 99682
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Scipion
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: Scipion
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: Scipion

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6uct


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 170 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7kvc:
Cryo-EM structure of Mal de Rio Cuarto virus P9-1 viroplasm protein (decamer)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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