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- EMDB-23037: MicroED structure of mVDAC -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23037
タイトルMicroED structure of mVDAC
マップデータ2Fo-Fc map of mVDAC determined by MicroED
試料
  • 複合体: Murine voltage-dependent anion channel mutant
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
キーワードChannel / mammalian / voltage dependent / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / Pyruvate metabolism / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / neuron-neuron synaptic transmission / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / ceramide binding / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / monoatomic anion channel activity ...negative regulation of calcium import into the mitochondrion / positive regulation of parkin-mediated stimulation of mitophagy in response to mitochondrial depolarization / Pyruvate metabolism / voltage-gated monoatomic anion channel activity / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / neuron-neuron synaptic transmission / mitochondrial calcium ion transmembrane transport / ceramide binding / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / monoatomic anion channel activity / regulation of mitophagy / mitochondrial permeability transition pore complex / phosphatidylcholine binding / Ub-specific processing proteases / oxysterol binding / porin activity / cholesterol binding / mitochondrial nucleoid / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / behavioral fear response / presynaptic active zone membrane / epithelial cell differentiation / learning / postsynaptic density membrane / synaptic vesicle / myelin sheath / chemical synaptic transmission / mitochondrial outer membrane / transmembrane transporter binding / mitochondrial inner membrane / membrane raft / nucleotide binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / protein-containing complex / mitochondrion / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic mitochondrial porin signature. / Porin, eukaryotic type / Eukaryotic porin/Tom40 / Eukaryotic porin / Porin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent anion-selective channel protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.12 Å
データ登録者Martynowycz MW / Khan F
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM136508 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35GM135175 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: MicroED structure of lipid-embedded mammalian mitochondrial voltage-dependent anion channel.
著者: Michael W Martynowycz / Farha Khan / Johan Hattne / Jeff Abramson / Tamir Gonen /
要旨: A structure of the murine voltage-dependent anion channel (VDAC) was determined by microcrystal electron diffraction (MicroED). Microcrystals of an essential mutant of VDAC grew in a viscous bicelle ...A structure of the murine voltage-dependent anion channel (VDAC) was determined by microcrystal electron diffraction (MicroED). Microcrystals of an essential mutant of VDAC grew in a viscous bicelle suspension, making it unsuitable for conventional X-ray crystallography. Thin, plate-like crystals were identified using scanning-electron microscopy (SEM). Crystals were milled into thin lamellae using a focused-ion beam (FIB). MicroED data were collected from three crystal lamellae and merged for completeness. The refined structure revealed unmodeled densities between protein monomers, indicative of lipids that likely mediate contacts between the proteins in the crystal. This body of work demonstrates the effectiveness of milling membrane protein microcrystals grown in viscous media using a focused ion beam for subsequent structure determination by MicroED. This approach is well suited for samples that are intractable by X-ray crystallography. To our knowledge, the presented structure is a previously undescribed mutant of the membrane protein VDAC, crystallized in a lipid bicelle matrix and solved by MicroED.
履歴
登録2020年11月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.96644
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.96644
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kuh
  • 表面レベル: 0.96644
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7kuh
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23037.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23037.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈2Fo-Fc map of mVDAC determined by MicroED
ボクセルのサイズX: 0.77266 Å / Y: 0.77613 Å / Z: 0.77267 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.96644 / ムービー #1: 0.96644
最小 - 最大-4.105768 - 6.4787436
平均 (標準偏差)-0.00658367 (±0.9664383)
対称性空間群: 5
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin4-15-19
サイズ848581
Spacing1287590
セルA: 98.9 Å / B: 58.21 Å / C: 69.54 Å
α: 90.0 ° / β: 99.444 ° / γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.772656250.776133333333330.77266666666667
M x/y/z1287590
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z98.90058.21069.540
α/β/γ90.00099.44490.000
start NX/NY/NZ-194-15
NX/NY/NZ818485
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS-154-19
NC/NR/NS858481
D min/max/mean-4.1066.479-0.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine voltage-dependent anion channel mutant

全体名称: Murine voltage-dependent anion channel mutant
要素
  • 複合体: Murine voltage-dependent anion channel mutant
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

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超分子 #1: Murine voltage-dependent anion channel mutant

超分子名称: Murine voltage-dependent anion channel mutant / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.87 KDa

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分子 #1: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

分子名称: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 32.195879 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MRGSHHHHHH GSMAVPPTYA DLGESARDVF TKGYGFGLIK LDLKTKSENG LEFTSSGSAN TETTKVNGSL ETKYRWTEYG LTFTEKWNT DNTLGTEITV EDQLARGLKL TFDSSFSPNT GKKNAKIKTG YKREHINLGC DVDFDIAGPS IRGALVLGYE G WLAGYQMN ...文字列:
MRGSHHHHHH GSMAVPPTYA DLGESARDVF TKGYGFGLIK LDLKTKSENG LEFTSSGSAN TETTKVNGSL ETKYRWTEYG LTFTEKWNT DNTLGTEITV EDQLARGLKL TFDSSFSPNT GKKNAKIKTG YKREHINLGC DVDFDIAGPS IRGALVLGYE G WLAGYQMN FETSKSRVTQ SNFAVGYKTD EFQLHTNVND GTEFGGSIYQ KVNKKLETAV NLAWTAGNSN TRFGIAAKYQ VD PDACFSA KVNNSSLIGL GYTQTLKPGI KLTLSALLDG KNVNAGGHKL GLGLEFQA

UniProtKB: Voltage-dependent anion-selective channel protein 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線結晶学
試料の集合状態3D array

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試料調製

濃度12 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細Monodisperse crystal embedded in lipid bicelles

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 77.0 K / 最高: 90.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI CETA (4k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 150 / 回折像の数: 180 / 平均露光時間: 5.0 sec. / 平均電子線量: 0.01 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.0 µm / カメラ長: 3000 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN / 傾斜角度: -60.0, 68.0
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細CetaD 2x binned
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.12 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / ソフトウェア - 名称: PHENIX
Molecular replacementソフトウェア - 名称: PHENIX / ソフトウェア - 詳細: Phaser
Symmetry determination software listソフトウェア - 詳細: XDS
Merging software listソフトウェア - 名称: AIMLESS
Crystallography statisticsNumber intensities measured: 32723 / Number structure factors: 5410 / Fourier space coverage: 76.29 / R sym: 0.22 / R merge: 0.47 / Overall phase error: 25 / Overall phase residual: 25 / Phase error rejection criteria: none used / High resolution: 3.12 Å / 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 3.232 Å / 殻 - Low resolution: 3.12 Å / 殻 - Number structure factors: 565 / 殻 - Phase residual: 27 / 殻 - Fourier space coverage: 57.5 / 殻 - Multiplicity: 6.2

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3emn


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Standard refinement with electron scattering factors
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 90 / 当てはまり具合の基準: Maximum liklihood
得られたモデル

PDB-7kuh:
MicroED structure of mVDAC

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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