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万見
- EMDB-23003: Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23003
タイトルCryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein complex bound to Fab-DH4 in lipid nanodiscs
マップデータsharpened EM map of yEMC in lipid nanodiscs
試料
  • 複合体: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) bound to Fab DH4 in yeast total extract lipid nanodiscs
    • 複合体: endoplasmic reticulum membrane protein complex
      • タンパク質・ペプチド: x 9種
    • 複合体: Fab DH4
      • タンパク質・ペプチド: x 2種
  • リガンド: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane ...EMC complex / protein insertion into ER membrane by stop-transfer membrane-anchor sequence / protein folding in endoplasmic reticulum / phospholipid transport / autophagosome assembly / phospholipid metabolic process / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / protein transport / protein-folding chaperone binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane / nucleus
類似検索 - 分子機能
Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like ...Protein Sop4 / Suppressor of PMA 1-7 protein / TMEM85/ER membrane protein complex subunit 4 / Protein of unknown function (DUF1077) / ER membrane protein complex subunit 6 / ER membrane protein complex subunit 3 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 6-like / EMC6 / ER membrane protein complex subunit 1, C-terminal / Membrane magnesium transporter / ER membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 2-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein EMC3/TMCO1-like / Integral membrane protein DUF106 / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ER membrane protein complex subunit 1 / ER membrane protein complex subunit 3 / Protein SOP4 / ER membrane protein complex subunit 5 / ER membrane protein complex subunit 2 / ER membrane protein complex subunit 4 / Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10 / ER membrane protein complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Homo sapiens (ヒト) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Miller-Vedam LE / Schirle Oakdale NS / Braeuning B / Boydston EA / Sevillano N / Popova KD / Bonnar JL / Shurtleff MJ / Prabu JR / Stroud RM ...Miller-Vedam LE / Schirle Oakdale NS / Braeuning B / Boydston EA / Sevillano N / Popova KD / Bonnar JL / Shurtleff MJ / Prabu JR / Stroud RM / Craik CS / Schulman BA / Weissman JS / Frost A
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1DP2OD017690-01 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Structural and mechanistic basis of the EMC-dependent biogenesis of distinct transmembrane clients.
著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff ...著者: Lakshmi E Miller-Vedam / Bastian Bräuning / Katerina D Popova / Nicole T Schirle Oakdale / Jessica L Bonnar / Jesuraj R Prabu / Elizabeth A Boydston / Natalia Sevillano / Matthew J Shurtleff / Robert M Stroud / Charles S Craik / Brenda A Schulman / Adam Frost / Jonathan S Weissman /
要旨: Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player ...Membrane protein biogenesis in the endoplasmic reticulum (ER) is complex and failure-prone. The ER membrane protein complex (EMC), comprising eight conserved subunits, has emerged as a central player in this process. Yet, we have limited understanding of how EMC enables insertion and integrity of diverse clients, from tail-anchored to polytopic transmembrane proteins. Here, yeast and human EMC cryo-EM structures reveal conserved intricate assemblies and human-specific features associated with pathologies. Structure-based functional studies distinguish between two separable EMC activities, as an insertase regulating tail-anchored protein levels and a broader role in polytopic membrane protein biogenesis. These depend on mechanistically coupled yet spatially distinct regions including two lipid-accessible membrane cavities which confer client-specific regulation, and a non-insertase EMC function mediated by the EMC lumenal domain. Our studies illuminate the structural and mechanistic basis of EMC's multifunctionality and point to its role in differentially regulating the biogenesis of distinct client protein classes.
履歴
登録2020年11月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月2日-
マップ公開2020年12月2日-
更新2020年12月9日-
現状2020年12月9日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 10.4
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-7kra
  • 表面レベル: 10.4
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23003.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23003.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈sharpened EM map of yEMC in lipid nanodiscs
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.853 Å
密度
表面レベル登録者による: 10.4 / ムービー #1: 10.4
最小 - 最大-33.507664 - 66.121895
平均 (標準偏差)0.007564462 (±1.0358944)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 409.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8530.8530.853
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z409.440409.440409.440
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-33.50866.1220.008

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_23003_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: unsharpened EM map of yEMC in lipid nanodiscs

ファイルemd_23003_additional_1.map
注釈unsharpened EM map of yEMC in lipid nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: half EM map 1 of yEMC in lipid nanodiscs

ファイルemd_23003_additional_2.map
注釈half EM map 1 of yEMC in lipid nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: half EM map 2 of yEMC in lipid nanodiscs

ファイルemd_23003_additional_3.map
注釈half EM map 2 of yEMC in lipid nanodiscs
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC...

全体名称: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) bound to Fab DH4 in yeast total extract lipid nanodiscs
要素
  • 複合体: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) bound to Fab DH4 in yeast total extract lipid nanodiscs
    • 複合体: endoplasmic reticulum membrane protein complex
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: ER membrane protein complex subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: Protein SOP4
      • タンパク質・ペプチド: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
      • タンパク質・ペプチド: Unassigned helix
    • 複合体: Fab DH4
      • タンパク質・ペプチド: Fab DH4 heavy chain
      • タンパク質・ペプチド: Fab DH4 light chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: [(2~{R})-1-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] nonanoate

+
超分子 #1: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC...

超分子名称: S. cerevisiae endoplasmic reticulum membrane protein complex (EMC) bound to Fab DH4 in yeast total extract lipid nanodiscs
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11

+
超分子 #2: endoplasmic reticulum membrane protein complex

超分子名称: endoplasmic reticulum membrane protein complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#8, #11
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: W303a

+
超分子 #3: Fab DH4

超分子名称: Fab DH4 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #9-#10
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
組換株: BL21-Gold(DE3)pLysS AG

+
分子 #1: ER membrane protein complex subunit 1

分子名称: ER membrane protein complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 87.272938 KDa
配列文字列: MKITCTDLVY VFILLFLNTS CVQAVFSDDA FITDWQLANL GPWEKVIPDS RDRNRVLILS NPTETSCLVS SFNVSSGQIL FRNVLPFTI DEIQLDSNDH NAMVCVNSSS NHWQKYDLHD WFLLEEGVDN APSTTILPQS SYLNDQVSIK NNELHILDEQ S KLAEWKLE ...文字列:
MKITCTDLVY VFILLFLNTS CVQAVFSDDA FITDWQLANL GPWEKVIPDS RDRNRVLILS NPTETSCLVS SFNVSSGQIL FRNVLPFTI DEIQLDSNDH NAMVCVNSSS NHWQKYDLHD WFLLEEGVDN APSTTILPQS SYLNDQVSIK NNELHILDEQ S KLAEWKLE LPQGFNKVEY FHREDPLALV LNVNDTQYMG FSANGTELIP VWQRDEWLTN VVDYAVLDVF DSRDVELNKD MK AELDSNS LWNAYWLRLT TNWNRLINLL KENQFSPGRV FTKLLALDAK DTTVSDLKFG FAKILIVLTH DGFIGGLDMV NKG QLIWKL DLEIDQGVKM FWTDKNHDEL VVFSHDGHYL TIEVTKDQPI IKSRSPLSER KTVDSVIRLN EHDHQYLIKF EDKD HLLFK LNPGKNTDVP IVANNHSSSH IFVTEHDTNG IYGYIIENDT VKQTWKKAVN SKEKMVAYSK RETTNLNTLG ITLGD KSVL YKYLYPNLAA YLIANEEHHT ITFNLIDTIT GEILITQEHK DSPDFRFPMD IVFGEYWVVY SYFSSEPVPE QKLVVV ELY ESLTPDERLS NSSDNFSYDP LTGHINKPQF QTKQFIFPEI IKTMSISKTT DDITTKAIVM ELENGQITYI PKLLLNA RG KPAEEMAKDK KKEFMATPYT PVIPINDNFI ITHFRNLLPG SDSQLISIPT NLESTSIICD LGLDVFCTRI TPSGQFDL M SPTFEKGKLL ITIFVLLVIT YFIRPSVSNK KLKSQWLIK

+
分子 #2: ER membrane protein complex subunit 2

分子名称: ER membrane protein complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 33.893211 KDa
配列文字列: MLKDLVREKL LTIMNTKAYT QFNPEQLLQL ENEMKIYMKS GDSALTEGNY FFLMEMLFYV LVYRNQDVDA QVVYNTLRDR LGENSYKMV IMKATLLQIN GNDKGAIEYL ENLLNDDLEY ETDFVTYVSI AKKLIAIKTT SKNLSQESVL KEVVALTDKF P LDAELWWY ...文字列:
MLKDLVREKL LTIMNTKAYT QFNPEQLLQL ENEMKIYMKS GDSALTEGNY FFLMEMLFYV LVYRNQDVDA QVVYNTLRDR LGENSYKMV IMKATLLQIN GNDKGAIEYL ENLLNDDLEY ETDFVTYVSI AKKLIAIKTT SKNLSQESVL KEVVALTDKF P LDAELWWY ASEIYFEMGQ FEKACYCLEQ VLCITPFNYA CFGRLSETLY YEALRSKKQT KTELLEKALK NALRSVELSE LY LKGWALV NIISRELGRN KQNDLIKLSA SKLKEISAKS NNKDKITAEL ILNKI

+
分子 #3: ER membrane protein complex subunit 3

分子名称: ER membrane protein complex subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 28.372842 KDa
配列文字列: MLLDDQLKYW VLLPISIVMV LTGVLKQYIM TLITGSSANE AQPRVKLTEW QYLQWAQLLI GNGGNLSSDA FAAKKEFLVK DLTEERHLA KAKQQDGSQA GEVPNPFNDP SMSNAMMNMA KGNMASFIPQ TIIMWWVNHF FAGFILMQLP FPLTAKFKEM L QTGIICQD ...文字列:
MLLDDQLKYW VLLPISIVMV LTGVLKQYIM TLITGSSANE AQPRVKLTEW QYLQWAQLLI GNGGNLSSDA FAAKKEFLVK DLTEERHLA KAKQQDGSQA GEVPNPFNDP SMSNAMMNMA KGNMASFIPQ TIIMWWVNHF FAGFILMQLP FPLTAKFKEM L QTGIICQD LDVRWVSSIS WYFISVLGLN PVYNLIGLND QDMGIQAGIG GPQGPQGPPQ SQVDKAMHAM ANDLTIIQHE TC LDNVEQR VLKQYM

+
分子 #4: ER membrane protein complex subunit 4

分子名称: ER membrane protein complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 21.478721 KDa
配列文字列: MSEQEPYEWA KHLLDTKYIE KYNIQNSNTL PSPPGFEGNS SKGNVTRKQQ DATSQTTSLA QKNQITVLQV QKAWQIALQP AKSIPMNIF MSYMSGTSLQ IIPIMTALML LSGPIKAIFS TRSAFKPVLG NKATQSQVQT AMFMYIVFQG VLMYIGYRKL N SMGLIPNA ...文字列:
MSEQEPYEWA KHLLDTKYIE KYNIQNSNTL PSPPGFEGNS SKGNVTRKQQ DATSQTTSLA QKNQITVLQV QKAWQIALQP AKSIPMNIF MSYMSGTSLQ IIPIMTALML LSGPIKAIFS TRSAFKPVLG NKATQSQVQT AMFMYIVFQG VLMYIGYRKL N SMGLIPNA KGDWLPWERI AHYNNGLQWF SD

+
分子 #5: ER membrane protein complex subunit 5

分子名称: ER membrane protein complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 20.489887 KDa
配列文字列:
MSFVSKLLYT VSALVLFHSG FSSYEFHHLL KLNSLNNAQG AISKLPKDIM YETYAGLILF VLAVFTSFEK LQYLPIESND GKIISQGNY LKEIALNKAT NVDNLIGSNP NGEIIFTPSF VDVHMKRKIC REWASNTVKK EKGGSGSGEN LYFQSGSGSD Y KDDDDKDY KDDDDKDYKD DDDK

+
分子 #6: ER membrane protein complex subunit 6

分子名称: ER membrane protein complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 12.411359 KDa
配列文字列:
MSSNEEVFTQ INATANVVDN KKRLLFVQDS SALVLGLVAG FLQIESVHGF IWFLILYNLI NVIYIVWICQ LQPGKFYQSP LHDIFFESF FREITGFVMA WTFGYALIG

+
分子 #7: Protein SOP4

分子名称: Protein SOP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 26.627627 KDa
配列文字列: MFSQIVLLLS AFIYVASATA RRGTIKGRLD LAASNITGFV STRTSFKLYQ IGNFSTEYPY TSTTMFQDDE GNFEFANLPL NDGVNETTY YVMYPASMDF NLKPNRILIE FKNLENGTLQ LNAFKNFFGR EYFPSKDITY PEKLQSMKVH PYITVELLHK A PIRSYLQA ...文字列:
MFSQIVLLLS AFIYVASATA RRGTIKGRLD LAASNITGFV STRTSFKLYQ IGNFSTEYPY TSTTMFQDDE GNFEFANLPL NDGVNETTY YVMYPASMDF NLKPNRILIE FKNLENGTLQ LNAFKNFFGR EYFPSKDITY PEKLQSMKVH PYITVELLHK A PIRSYLQA RNVSIFSTGI VGNILNSRWK LAGVITLIAL VVFPIIVEKL DPETARAIRE EAKRKQREKY AAVASK

+
分子 #8: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10

分子名称: Endoplasmic reticulum membrane protein complex subunit 10
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 22.792824 KDa
配列文字列: MLVRLLRVIL LASMVFCADI LQLSYSDDAK DAIPLGTFEI DSTSDGNVTV TTVNIQDVEV SGEYCLNAQI EGKLDMPCFS YMKLRTPLK YDLIVDVDED NEVKQVSLSY DETNDAITAT VRYPEAGPTA PVTKLKKKTK TYADKKASKN KDGSTAQFEE D EEVKEVSW ...文字列:
MLVRLLRVIL LASMVFCADI LQLSYSDDAK DAIPLGTFEI DSTSDGNVTV TTVNIQDVEV SGEYCLNAQI EGKLDMPCFS YMKLRTPLK YDLIVDVDED NEVKQVSLSY DETNDAITAT VRYPEAGPTA PVTKLKKKTK TYADKKASKN KDGSTAQFEE D EEVKEVSW FQKNWKMLLL GLLIYNFVAG SAKKQQQGGA GADQKTE

+
分子 #9: Fab DH4 heavy chain

分子名称: Fab DH4 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.849994 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MAQVQLQQWG AGLLKPSETL SLTCAVYGGS FSGYYWSWIR QPPGKGLEWI GEINHSGSTN YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR GLAGRGYYGS GSYLRWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列:
MAQVQLQQWG AGLLKPSETL SLTCAVYGGS FSGYYWSWIR QPPGKGLEWI GEINHSGSTN YNPSLKSRVT ISVDTSKNQF SLKLSSVTA ADTAVYYCAR GLAGRGYYGS GSYLRWGQGT LVTVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKKVEPKSC AAAHHHHHHG AA EQKLISE EDLNGAA

+
分子 #10: Fab DH4 light chain

分子名称: Fab DH4 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.566648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQTLMNRNG NNFLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRAPGVP DRFSGSGSG TDFTLRISRV EPEDVGVYYC MQALQTPSFG GGTKVEIRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW ...文字列:
LFAIPLVVPF YSHSALDVVM TQSPLSLPVT PGEPASISCR SSQTLMNRNG NNFLDWYLQK PGQSPQLLIY LGSNRAPGVP DRFSGSGSG TDFTLRISRV EPEDVGVYYC MQALQTPSFG GGTKVEIRRT VAAPSVFIFP PSDEQLKSGT ASVVCLLNNF Y PREAKVQW KVDNALQSGN SQESVTEQDS KDSTYSLSST LTLSKADYEK HKVYACEVTH QGLSSPVTKS FNRGEC

+
分子 #11: Unassigned helix

分子名称: Unassigned helix / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: W303a
分子量理論値: 2.060531 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #12: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 5 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

+
分子 #13: [(2~{R})-1-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)et...

分子名称: [(2~{R})-1-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] nonanoate
タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 1 / 式: X3P
分子量理論値: 524.648 Da
Chemical component information

ChemComp-X3P:
[(2~{R})-1-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[2-(trimethyl-$l^{4}-azanyl)ethoxy]phosphoryl]oxy-propan-2-yl] nonanoate

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
詳細Dataset 1 collected on FEI Titan Krios at UCSF on July 2nd, 2019.
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 67.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 230528
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-7kra:
Cryo-EM structure of Saccharomyces cerevisiae ER membrane protein complex bound to Fab-DH4 in lipid nanodiscs

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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