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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22847 | |||||||||
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タイトル | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-296 and EBOV-515 | |||||||||
マップデータ | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-296 and EBOV-515 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Envelope glycoprotein GP2-like, HR1-HR2 / Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / extracellular region / membrane / Virion spike glycoprotein / Virion spike glycoprotein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Ebola virus (エボラウイルス) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021 タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22847.map.gz | 85.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22847-v30.xml emd-22847.xml | 15.7 KB 15.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_22847_fsc.xml | 11.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_22847.png | 51.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22847 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22847_validation.pdf.gz | 440.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22847_full_validation.pdf.gz | 440.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22847_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22847_validation.cif.gz | 15.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22847 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22847 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22847.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-296 and EBOV-515 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.15 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody F...
全体 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-296 and EBOV-515 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody F...
超分子 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) bound to antibody Fab EBOV-296 and EBOV-515 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Parts of complex expressed and purified recombinantly, complexed and purified by gel filtration |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
-超分子 #2: EBOV-296 Fab
超分子 | 名称: EBOV-296 Fab / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain)
超分子 | 名称: Ebola virus GP (mucin deleted, Makona strain) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
-分子 #1: Antibody Fab EBOV-296 heavy chain
分子 | 名称: Antibody Fab EBOV-296 heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 27.260855 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVESGPGL VKPSQTLSLI CTVSGGSISS GDFYWSWIRQ PPGKGLEWIG FFYYSGITYY NPSLKSRVS ISRDTSTNQF SLKLRSVTAA DTAVYYCARV RGGRITLGQG DMYYYSGMDV WGQGTLVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST ...文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVESGPGL VKPSQTLSLI CTVSGGSISS GDFYWSWIRQ PPGKGLEWIG FFYYSGITYY NPSLKSRVS ISRDTSTNQF SLKLRSVTAA DTAVYYCARV RGGRITLGQG DMYYYSGMDV WGQGTLVTVS SASTKGPSVF P LAPSSKST SGGTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PS NTKVDKR VEPKSCD |
-分子 #2: Virion spike glycoprotein 1
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 34.978613 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR ...文字列: MDAMKRGLCC VLLLCGAVFV SPSQEIHARF RRGARSIPLG VIHNSTLQVS DVDKLVCRDK LSSTNQLRSV GLNLEGNGVA TDVPSVTKR WGFRSGVPPK VVNYEAGEWA ENCYNLEIKK PDGSECLPAA PDGIRGFPRC RYVHKVSGTG PCAGDFAFHK E GAFFLYDR LASTVIYRGT TFAEGVVAFL ILPQAKKDFF SSHPLREPVN ATEDPSSGYY STTIRYQATG FGTNETEYLF EV DNLTYVQ LESRFTPQFL LQLNETIYAS GKRSNTTGKL IWKVNPEIDT TIGEWAFWET KKNLTRKIRS EELSFT |
-分子 #3: Virion spike glycoprotein 2
分子 | 名称: Virion spike glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Ebola virus (エボラウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.158592 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH ...文字列: NNNTHHQDTG EESASSGKLG LITNTIAGVA GLITGGRRTR REVIVNAQPK CNPNLHYWTT QDEGAAIGLA WIPYFGPAAE GIYTEGLMH NQDGLICGLR QLANETTQAL QLFLRATTEL RTFSILNRKA IDFLLQRWGG TCHILGPDCC IEPHDWTKNI T DKIDQIIH DDDDKAGWSH PQFEKGGGSG GGSGGGSWSH PQFEK |
-分子 #4: Antibody Fab EBOV-296 light chain
分子 | 名称: Antibody Fab EBOV-296 light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.794436 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHQS VLTQPPSASG TPGQRVSISC SGSRSNIGGN TVDWYQQLPG TDPKLLIYSN DQRPSGVPDR FSGSKSGTS ASLAISGLQS EDEADYYCAA WDDSLNGHWV FGGGTKLTVL QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS D FYPGAVTV ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHQS VLTQPPSASG TPGQRVSISC SGSRSNIGGN TVDWYQQLPG TDPKLLIYSN DQRPSGVPDR FSGSKSGTS ASLAISGLQS EDEADYYCAA WDDSLNGHWV FGGGTKLTVL QPKAAPSVTL FPPSSEELQA NKATLVCLIS D FYPGAVTV AWKADSSPVK AGVETTTPSK QSNNKYAASS YLSLTPEQWK SHRSYSCQVT HEGSTVEKTV APTECS |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |