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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22841 | |||||||||
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タイトル | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878 | |||||||||
![]() | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878 | |||||||||
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機能・相同性 | Filoviruses glycoprotein, extracellular domain / Filoviruses glycoprotein / Filovirus glycoprotein / membrane => GO:0016020 / viral envelope / extracellular region / membrane / Spike glycoprotein / Envelope glycoprotein![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.16 Å | |||||||||
![]() | Murin CD / Ward AB | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Convergence of a common solution for broad ebolavirus neutralization by glycan cap-directed human antibodies. 著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / ...著者: Charles D Murin / Pavlo Gilchuk / Philipp A Ilinykh / Kai Huang / Natalia Kuzmina / Xiaoli Shen / Jessica F Bruhn / Aubrey L Bryan / Edgar Davidson / Benjamin J Doranz / Lauren E Williamson / Jeffrey Copps / Tanwee Alkutkar / Andrew I Flyak / Alexander Bukreyev / James E Crowe / Andrew B Ward / ![]() 要旨: Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of ...Antibodies that target the glycan cap epitope on the ebolavirus glycoprotein (GP) are common in the adaptive response of survivors. A subset is known to be broadly neutralizing, but the details of their epitopes and basis for neutralization are not well understood. Here, we present cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of diverse glycan cap antibodies that variably synergize with GP base-binding antibodies. These structures describe a conserved site of vulnerability that anchors the mucin-like domains (MLDs) to the glycan cap, which we call the MLD anchor and cradle. Antibodies that bind to the MLD cradle share common features, including use of IGHV1-69 and IGHJ6 germline genes, which exploit hydrophobic residues and form β-hairpin structures to mimic the MLD anchor, disrupt MLD attachment, destabilize GP quaternary structure, and block cleavage events required for receptor binding. Our results provide a molecular basis for ebolavirus neutralization by broadly reactive glycan cap antibodies. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 86 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.8 KB 15.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 10 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 67.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 431 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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注釈 | Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.03 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antib...
全体 | 名称: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antib...
超分子 | 名称: Complex of Bundibugyo virus GP (mucin deleted) bound to the antibody Fab BDBV-43 and ADI-15878 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 詳細: Complex components were expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography. The Fab ADI-15878 was added to increase complex size and assist in angular ...詳細: Complex components were expressed in HEK 293F cells, complexed and purified by size exclusion chromatography. The Fab ADI-15878 was added to increase complex size and assist in angular sampling but was not build in the associated model. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #2: Bundibugyo virus GP (mucin deleted)
超分子 | 名称: Bundibugyo virus GP (mucin deleted) / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1, #4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-超分子 #3: BDBV-43 Fab
超分子 | 名称: BDBV-43 Fab / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Spike glycoprotein 1
分子 | 名称: Spike glycoprotein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.579625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST ...文字列: MVTSGILQLP RERFRKTSFF VWVIILFHKV FPIPLGVVHN NTLQVSDIDK LVCRDKLSST SQLKSVGLNL EGNGVATDVP TATKRWGFR AGVPPKVVNY EAGEWAENCY NLDIKKADGS ECLPEAPEGV RGFPRCRYVH KVSGTGPCPE GYAFHKEGAF F LYDRLAST IIYRSTTFSE GVVAFLILPE TKKDFFQSPP LHEPANMTTD PSSYYHTVTL NYVADNFGTN MTNFLFQVDH LT YVQLEPR FTPQFLVQLN ETIYTNGRRS NTTGTLIWKV NPTVDTGVGE WAFWENKKNF TKTLSSEELS VIFVPIDISE STE PGPLTN TTRGAANLLT GSRRTRR |
-分子 #2: BDBV-43 Fab heavy chain
分子 | 名称: BDBV-43 Fab heavy chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.233672 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CRASGDSFSR KYGISWVRQA PGQGFEWMGT IMPIVGLTTS AQKFQGRVT ITADKSTSTA HMELNSLTSE DTAIYYCARD EIIGARPHWF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG ...文字列: MELGLRWVFL VAILEGVQCQ VQLVQSGAEV KKPGSSVKVS CRASGDSFSR KYGISWVRQA PGQGFEWMGT IMPIVGLTTS AQKFQGRVT ITADKSTSTA HMELNSLTSE DTAIYYCARD EIIGARPHWF DSWGQGTLVT VSSASTKGPS VFPLAPSSKS T SGGTAALG CLVKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RV EPKSCD |
-分子 #3: BDBV-43 Fab light chain
分子 | 名称: BDBV-43 Fab light chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.397576 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEI VMTQSPAIMS VSPGKRATLS CRASQSVSSN LAWYQRKPGQ APRLLIYGSS TRATGIPARF SGSGSGTEF TLTISSLQSE DFAVYYCLQY YNWPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV ...文字列: MGWSCIILFL VATATGVHEI VMTQSPAIMS VSPGKRATLS CRASQSVSSN LAWYQRKPGQ APRLLIYGSS TRATGIPARF SGSGSGTEF TLTISSLQSE DFAVYYCLQY YNWPRTFGQG TKVEIKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP R EAKVQWKV DNALQSGNSQ ESVTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC |
-分子 #4: Envelope glycoprotein 2
分子 | 名称: Envelope glycoprotein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.683902 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EITLRTQAKC NPNLHYWTTQ DEGAAIGLAW IPYFGPAAEG IYTEGIMHNQ NGLICGLRQL ANETTQALQL FLRATTELRT FSILNRKAI DFLLQRWGGT CHILGPDCCI EPHDWTKNIT DKIDQIIHDF IDKPLPDQTD VEVDDDDKAG WSHPQFEKGG G SGGGSGGG SWSHPQFEK |
-分子 #7: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 3 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |