EMDB-22829: Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-22829

タイトル

Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b

マップデータ

試料

複合体: Orf9b-Tom70 complex
- タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM70
- タンパク質・ペプチド: ORF9b protein

キーワード

Orf9b / Tom70 / mitochondria / virus infection / SARS CoV2 / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

Translation of Accessory Proteins / outer mitochondrial membrane protein complex / TOM complex / mitochondrion targeting sequence binding / negative regulation of defense response to virus / mitochondrial outer membrane translocase complex / protein import into mitochondrial matrix / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / protein insertion into mitochondrial inner membrane / positive regulation of autophagosome assembly ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト) /

Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

QCRG Structural Biology Consortium

資金援助

米国, 4件

Organization	Grant number	国
DARPA	HR0011-19-2-0020	米国
FastGrants	COVID19 grant	米国
Laboratory for Genomics Research	Excellence in Research Award COVID19	米国
Quantitative Biosciences Institute		米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Comparative host-coronavirus protein interaction networks reveal pan-viral disease mechanisms.
著者: David E Gordon / Joseph Hiatt / Mehdi Bouhaddou / Veronica V Rezelj / Svenja Ulferts / Hannes Braberg / Alexander S Jureka / Kirsten Obernier / Jeffrey Z Guo / Jyoti Batra / Robyn M Kaake / ...著者: David E Gordon / Joseph Hiatt / Mehdi Bouhaddou / Veronica V Rezelj / Svenja Ulferts / Hannes Braberg / Alexander S Jureka / Kirsten Obernier / Jeffrey Z Guo / Jyoti Batra / Robyn M Kaake / Andrew R Weckstein / Tristan W Owens / Meghna Gupta / Sergei Pourmal / Erron W Titus / Merve Cakir / Margaret Soucheray / Michael McGregor / Zeynep Cakir / Gwendolyn Jang / Matthew J O'Meara / Tia A Tummino / Ziyang Zhang / Helene Foussard / Ajda Rojc / Yuan Zhou / Dmitry Kuchenov / Ruth Hüttenhain / Jiewei Xu / Manon Eckhardt / Danielle L Swaney / Jacqueline M Fabius / Manisha Ummadi / Beril Tutuncuoglu / Ujjwal Rathore / Maya Modak / Paige Haas / Kelsey M Haas / Zun Zar Chi Naing / Ernst H Pulido / Ying Shi / Inigo Barrio-Hernandez / Danish Memon / Eirini Petsalaki / Alistair Dunham / Miguel Correa Marrero / David Burke / Cassandra Koh / Thomas Vallet / Jesus A Silvas / Caleigh M Azumaya / Christian Billesbølle / Axel F Brilot / Melody G Campbell / Amy Diallo / Miles Sasha Dickinson / Devan Diwanji / Nadia Herrera / Nick Hoppe / Huong T Kratochvil / Yanxin Liu / Gregory E Merz / Michelle Moritz / Henry C Nguyen / Carlos Nowotny / Cristina Puchades / Alexandrea N Rizo / Ursula Schulze-Gahmen / Amber M Smith / Ming Sun / Iris D Young / Jianhua Zhao / Daniel Asarnow / Justin Biel / Alisa Bowen / Julian R Braxton / Jen Chen / Cynthia M Chio / Un Seng Chio / Ishan Deshpande / Loan Doan / Bryan Faust / Sebastian Flores / Mingliang Jin / Kate Kim / Victor L Lam / Fei Li / Junrui Li / Yen-Li Li / Yang Li / Xi Liu / Megan Lo / Kyle E Lopez / Arthur A Melo / Frank R Moss / Phuong Nguyen / Joana Paulino / Komal Ishwar Pawar / Jessica K Peters / Thomas H Pospiech / Maliheh Safari / Smriti Sangwan / Kaitlin Schaefer / Paul V Thomas / Aye C Thwin / Raphael Trenker / Eric Tse / Tsz Kin Martin Tsui / Feng Wang / Natalie Whitis / Zanlin Yu / Kaihua Zhang / Yang Zhang / Fengbo Zhou / Daniel Saltzberg / / Anthony J Hodder / Amber S Shun-Shion / Daniel M Williams / Kris M White / Romel Rosales / Thomas Kehrer / Lisa Miorin / Elena Moreno / Arvind H Patel / Suzannah Rihn / Mir M Khalid / Albert Vallejo-Gracia / Parinaz Fozouni / Camille R Simoneau / Theodore L Roth / David Wu / Mohd Anisul Karim / Maya Ghoussaini / Ian Dunham / Francesco Berardi / Sebastian Weigang / Maxime Chazal / Jisoo Park / James Logue / Marisa McGrath / Stuart Weston / Robert Haupt / C James Hastie / Matthew Elliott / Fiona Brown / Kerry A Burness / Elaine Reid / Mark Dorward / Clare Johnson / Stuart G Wilkinson / Anna Geyer / Daniel M Giesel / Carla Baillie / Samantha Raggett / Hannah Leech / Rachel Toth / Nicola Goodman / Kathleen C Keough / Abigail L Lind / / Reyna J Klesh / Kafi R Hemphill / Jared Carlson-Stevermer / Jennifer Oki / Kevin Holden / Travis Maures / Katherine S Pollard / Andrej Sali / David A Agard / Yifan Cheng / James S Fraser / Adam Frost / Natalia Jura / Tanja Kortemme / Aashish Manglik / Daniel R Southworth / Robert M Stroud / Dario R Alessi / Paul Davies / Matthew B Frieman / Trey Ideker / Carmen Abate / Nolwenn Jouvenet / Georg Kochs / Brian Shoichet / Melanie Ott / Massimo Palmarini / Kevan M Shokat / Adolfo García-Sastre / Jeremy A Rassen / Robert Grosse / Oren S Rosenberg / Kliment A Verba / Christopher F Basler / Marco Vignuzzi / Andrew A Peden / Pedro Beltrao / Nevan J Krogan /

要旨: The COVID-19 pandemic, caused by severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), is a grave threat to public health and the global economy. SARS-CoV-2 is closely related to the more ...

履歴

登録	2020年10月9日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2020年10月21日	-
マップ公開	2020年10月21日	-
更新	2024年3月6日	-
現状	2024年3月6日	処理サイト: RCSB / 状態: 公開

ムービー	表面図（断面を密度値に従い着色）表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロード表面図（高さに従い着色）表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードあてはめたモデルとの重ね合わせ原子モデル: PDB-7kdt 表面レベル: 0.7 UCSF Chimeraによる作画ダウンロードムービービューア
構造ビューア	EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像	emd_22829.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_22829.map.gz	59.9 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-22829-v30.xml emd-22829.xml	33.7 KB 33.7 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_22829_fsc.xml	8.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_22829.png	87.7 KB
Filedesc metadata	emd-22829.cif.gz	9.6 KB
その他	emd_22829_half_map_1.map.gz emd_22829_half_map_2.map.gz	59.4 MB 59.4 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22829 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22829	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_22829_validation.pdf.gz	934.7 KB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_22829_full_validation.pdf.gz	934.3 KB	表示
XML形式データ	emd_22829_validation.xml.gz	16.3 KB	表示
CIF形式データ	emd_22829_validation.cif.gz	21.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22829 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22829	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7kdtMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7m7a-1 7m7a-2 2v5p-1 1nt2-d 7m7a-4 7m7a-3 3sdz-d 6r9p-d 2v5p-2 6e3u-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (6) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_22829.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 213.504 Å	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 213.504 Å	0.83 Å/pix. x 256 pix. = 213.504 Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 0.834 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.5 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大	-2.7296653 - 4.001267
平均 (標準偏差)	-0.0003437746 (±0.105128154)

対称性

空間群: 1

詳細

EMDB XML:

マップ形状

Axis order	X	Y	Z
Origin	0	0	0
サイズ	256	256	256
Spacing	256	256	256

セル

A=B=C: 213.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップヘッダ情報:

mode	Image stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z	0.834	0.834	0.834
M x/y/z	256	256	256
origin x/y/z	0.000	0.000	0.000
length x/y/z	213.504	213.504	213.504
α/β/γ	90.000	90.000	90.000
start NX/NY/NZ	0	0	0
NX/NY/NZ	304	304	304
MAP C/R/S	1	2	3
start NC/NR/NS	0	0	0
NC/NR/NS	256	256	256
D min/max/mean	-2.730	4.001	-0.000

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_22829_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_22829_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Orf9b-Tom70 complex

全体	名称: Orf9b-Tom70 complex
要素	複合体: Orf9b-Tom70 complex タンパク質・ペプチド: Mitochondrial import receptor subunit TOM70 タンパク質・ペプチド: ORF9b protein

-
超分子 #1: Orf9b-Tom70 complex

超分子	名称: Orf9b-Tom70 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Mitochondrial import receptor subunit TOM70

分子	名称: Mitochondrial import receptor subunit TOM70 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量	理論値: 56.875727 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: NSLDRAQAAK NKGNKYFKAG KYEQAIQCYT EAISLCPTEK NVDLSTFYQN RAAAFEQLQK WKEVAQDCTK AVELNPKYVK ALFRRAKAH EKLDNKKECL EDVTAVCILE GFQNQQSMLL ADKVLKLLGK EKAKEKYKNR EPLMPSPQFI KSYFSSFTDD I ISQPMLKG ...文字列: NSLDRAQAAK NKGNKYFKAG KYEQAIQCYT EAISLCPTEK NVDLSTFYQN RAAAFEQLQK WKEVAQDCTK AVELNPKYVK ALFRRAKAH EKLDNKKECL EDVTAVCILE GFQNQQSMLL ADKVLKLLGK EKAKEKYKNR EPLMPSPQFI KSYFSSFTDD I ISQPMLKG EKSDEDKDKE GEALEVKENS GYLKAKQYME EENYDKIISE CSKEIDAEGK YMAEALLLRA TFYLLIGNAN AA KPDLDKV ISLKEANVKL RANALIKRGS MYMQQQQPLL STQDFNMAAD IDPQNADVYH HRGQLKILLD QVEEAVADFD ECI RLRPES ALAQAQKCFA LYRQAYTGNN SSQIQAAMKG FEEVIKKFPR CAEGYALYAQ ALTDQQQFGK ADEMYDKCID LEPD NATTY VHKGLLQLQW KQDLDRGLEL ISKAIEIDNK CDFAYETMGT IEVQRGNMEK AIDMFNKAIN LAKSEMEMAH LYSLC DAAH AQTEVAKKYG LKPPTL UniProtKB: Mitochondrial import receptor subunit TOM70

-
分子 #2: ORF9b protein

分子	名称: ORF9b protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
分子量	理論値: 10.808636 KDa
組換発現	生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列	文字列: MDPKISEMHP ALRLVDPQIQ LAVTRMENAV GRDQNNVGPK VYPIILRLGS PLSLNMARKT LNSLEDKAFQ LTPIAVQMTK LATTEELPD EFVVVTVK UniProtKB: ORF9b protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

濃度

12.5 mg/mL

緩衝液

pH: 7.5
構成要素:

濃度	式
150.0 mM	KCl
20.0 mM	HEPES-NaOH
0.5 mM	THP

グリッド

モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE

凍結

凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Blot for 5 seconds before plunging into liquid ethane.

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 1534 / 平均電子線量: 66.0 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ	試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択	選択した数: 2805121 詳細: Template picked based on previous low resolution reconstruction (which was picked with a blob picker)
初期モデル	モデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終再構成	使用したクラス数: 1 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0) / 使用した粒子像数: 178373
初期角度割当	タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v2.15.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル	PDB ID: 3fp3 Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル	PDB-7kdt: Human Tom70 in complex with SARS CoV2 Orf9b

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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