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- EMDB-22820: BG505 SOSIP.664 in complex with the V3-targeting rhesus macaque a... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22820
タイトルBG505 SOSIP.664 in complex with the V3-targeting rhesus macaque antibody 1485 and human gp120-gp41 interface antibody 8ANC195
マップデータunsharpened main map
試料
  • 複合体: Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with broadly neutralizing antibodies 1485 and 8ANC195
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Ab 1485 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Ab 1485 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / apoptotic process / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.55 Å
データ登録者Barnes CO / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P50 AI150464-13 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: A broadly neutralizing macaque monoclonal antibody against the HIV-1 V3-Glycan patch.
著者: Zijun Wang / Christopher O Barnes / Rajeev Gautam / Julio C Cetrulo Lorenzi / Christian T Mayer / Thiago Y Oliveira / Victor Ramos / Melissa Cipolla / Kristie M Gordon / Harry B Gristick / ...著者: Zijun Wang / Christopher O Barnes / Rajeev Gautam / Julio C Cetrulo Lorenzi / Christian T Mayer / Thiago Y Oliveira / Victor Ramos / Melissa Cipolla / Kristie M Gordon / Harry B Gristick / Anthony P West / Yoshiaki Nishimura / Henna Raina / Michael S Seaman / Anna Gazumyan / Malcolm Martin / Pamela J Bjorkman / Michel C Nussenzweig / Amelia Escolano /
要旨: A small fraction of HIV-1- infected humans develop broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 that protect macaques from simian immunodeficiency HIV chimeric virus (SHIV). Similarly, a ...A small fraction of HIV-1- infected humans develop broadly neutralizing antibodies (bNAbs) against HIV-1 that protect macaques from simian immunodeficiency HIV chimeric virus (SHIV). Similarly, a small number of macaques infected with SHIVs develop broadly neutralizing serologic activity, but less is known about the nature of simian antibodies. Here, we report on a monoclonal antibody, Ab1485, isolated from a macaque infected with SHIVAD8 that developed broadly neutralizing serologic activity targeting the V3-glycan region of HIV-1 Env. Ab1485 neutralizes 38.1% of HIV-1 isolates in a 42-pseudovirus panel with a geometric mean IC50 of 0.055 µg/mLl and SHIVAD8 with an IC50 of 0.028 µg/mLl. Ab1485 binds the V3-glycan epitope in a glycan-dependent manner. A 3.5 Å cryo-electron microscopy structure of Ab1485 in complex with a native-like SOSIP Env trimer showed conserved contacts with the N332gp120 glycan and gp120 GDIR peptide motif, but in a distinct Env-binding orientation relative to human V3/N332gp120 glycan-targeting bNAbs. Intravenous infusion of Ab1485 protected macaques from a high dose challenge with SHIVAD8. We conclude that macaques can develop bNAbs against the V3-glycan patch that resemble human V3-glycan bNAbs.
履歴
登録2020年10月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月28日-
マップ公開2020年10月28日-
更新2020年11月4日-
現状2020年11月4日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.01
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7kde
  • 表面レベル: 0.014
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 115.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened main map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.897 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.011 / ムービー #1: 0.01
最小 - 最大-0.056814946 - 0.097062685
平均 (標準偏差)-0.00003965507 (±0.0032045948)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ312312312
Spacing312312312
セルA=B=C: 279.864 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8970.8970.897
M x/y/z312312312
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z279.864279.864279.864
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS312312312
D min/max/mean-0.0570.097-0.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_22820_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Additional map

ファイルemd_22820_additional_1.map
注釈Additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with...

全体名称: Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with broadly neutralizing antibodies 1485 and 8ANC195
要素
  • 複合体: Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with broadly neutralizing antibodies 1485 and 8ANC195
    • タンパク質・ペプチド: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41
    • タンパク質・ペプチド: Envelope glycoprotein gp120
    • タンパク質・ペプチド: Ab 1485 Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 Fab Heavy Chain
    • タンパク質・ペプチド: 8ANC195 Fab Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: Ab 1485 Light Chain
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with...

超分子名称: Ternary complex of HIV-1 Env glycoprotein, BG505. SOSIP.664, with broadly neutralizing antibodies 1485 and 8ANC195
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量実験値: 600 KDa

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分子 #1: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41

分子名称: HIV-1 Envelope Glycoprotein BG505 SOSIP.664 gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 17.146482 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
AVGIGAVFLG FLGAAGSTMG AASMTLTVQA RNLLSGIVQQ QSNLLRAPEA QQHLLKLTVW GIKQLQARVL AVERYLRDQQ LLGIWGCSG KLICCTNVPW NSSWSNRNLS EIWDNMTWLQ WDKEISNYTQ IIYGLLEESQ NQQEKNEQDL LALD

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分子 #2: Envelope glycoprotein gp120

分子名称: Envelope glycoprotein gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 53.864086 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ...文字列:
NLWVTVYYGV PVWKDAETTL FCASDAKAYE TEKHNVWATH ACVPTDPNPQ EIHLENVTEE FNMWKNNMVE QMHTDIISLW DQSLKPCVK LTPLCVTLQC TNVTNNITDD MRGELKNCSF NMTTELRDKK QKVYSLFYRL DVVQINENQG NRSNNSNKEY R LINCNTSA ITQACPKVSF EPIPIHYCAP AGFAILKCKD KKFNGTGPCP SVSTVQCTHG IKPVVSTQLL LNGSLAEEEV MI RSENITN NAKNILVQFN TPVQINCTRP NNNTRKSIRI GPGQAFYATG DIIGDIRQAH CNVSKATWNE TLGKVVKQLR KHF GNNTII RFANSSGGDL EVTTHSFNCG GEFFYCNTSG LFNSTWISNT SVQGSNSTGS NDSITLPCRI KQIINMWQRI GQAM YAPPI QGVIRCVSNI TGLILTRDGG STNSTTETFR PGGGDMRDNW RSELYKYKVV KIEPLGVAPT RCKRRVVGRR RRRR

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分子 #3: Ab 1485 Heavy Chain

分子名称: Ab 1485 Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.236078 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: EVQLVESGPG LVKASETLSL TCTVSGYNIR SNNWWSWVRQ PPGKGLEWIG GVYANSEITN YNSSLKSRVS ISQDAWRNKF SLKLKSVTD ADTAVYYCVR GPNHWEYFDS GNNEYFEFWG QGALVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS ...文字列:
EVQLVESGPG LVKASETLSL TCTVSGYNIR SNNWWSWVRQ PPGKGLEWIG GVYANSEITN YNSSLKSRVS ISQDAWRNKF SLKLKSVTD ADTAVYYCVR GPNHWEYFDS GNNEYFEFWG QGALVTVSSA STKGPSVFPL APSSKSTSGG TAALGCLVKD Y FPEPVTVS WNSGALTSGV HTFPAVLQSS GLYSLSSVVT VPSSSLGTQT YICNVNHKPS NTKVDKRVEP KSCDK

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分子 #4: 8ANC195 Fab Heavy Chain

分子名称: 8ANC195 Fab Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.153283 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP ...文字列:
QIHLVQSGTE VKKPGSSVTV SCKAYGVNTF GLYAVNWVRQ APGQSLEYIG QIWRWKSSAS HHFRGRVLIS AVDLTGSSPP ISSLEIKNL TSDDTAVYFC TTTSTYDRWS GLHHDGVMAF SSWGQGTLIS VSAASTKGPS VFPLAPSSKS TSGGTAALGC L VKDYFPEP VTVSWNSGAL TSGVHTFPAV LQSSGLYSLS SVVTVPSSSL GTQTYICNVN HKPSNTKVDK RVEPKSCDKT HH HHHH

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分子 #5: 8ANC195 Fab Light Chain

分子名称: 8ANC195 Fab Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.460047 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列:
DIQMTQSPST LSASTGDTVR ISCRASQSIT GNWVAWYQQR PGKAPRLLIY RGAALLGGVP SRFRGSAAGT DFTLTIGNLQ AEDFGTFYC QQYDTYPGTF GQGTKVEVKR TVAAPSVFIF PPSDEQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC

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分子 #6: Ab 1485 Light Chain

分子名称: Ab 1485 Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 23.167529 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: QSALTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGTSSNIE NYHAFWYQQF SGMAPKLLIR DNDKRPSGVS DRFSGSKSGA SASLTITGLQ TDDEADYYC QSYDSGLRSY IFASGTRLTV LGQPKASPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP ...文字列:
QSALTQPPSV SGAPGQRVTI SCTGTSSNIE NYHAFWYQQF SGMAPKLLIR DNDKRPSGVS DRFSGSKSGA SASLTITGLQ TDDEADYYC QSYDSGLRSY IFASGTRLTV LGQPKASPTV TLFPPSSEEL QANKATLVCL ISDFYPGAVT VAWKADSSPV K AGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #17: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 34 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
0.02 MTris-HClTris
0.12 MNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 0.15 mA current
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 3s blot, blot force 0.
詳細monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1926 / 平均露光時間: 3.6 sec. / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 45000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1074537
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 4 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8) / 使用した粒子像数: 405519
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 3次元分類クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 80000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

6udj

chain_id: G

6udj

chain_id: B
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 118 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-7kde:
BG505 SOSIP.664 in complex with the V3-targeting rhesus macaque antibody 1485 and human gp120-gp41 interface antibody 8ANC195

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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