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万見
- EMDB-22701: Structure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22701
タイトルStructure of the EPEC type III secretion injectisome EspA filament
マップデータEPEC type III secretion injectisome EspA filament
試料
  • 細胞器官・細胞要素: EspA filament
    • タンパク質・ペプチド: Translocon EspA
キーワードTransport / filament / secretion system / PROTEIN TRANSPORT
機能・相同性EspA-like secreted protein / EspA-like secreted protein / EspA/CesA-like / Translocon EspA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌) / Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.56 Å
データ登録者Lyons BJE / Atkinson CE
資金援助 カナダ, 2件
OrganizationGrant number国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada) カナダ
Canadian Institutes of Health Research (CIHR) カナダ
引用ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of the EspA filament from enteropathogenic Escherichia coli: Revealing the mechanism of effector translocation in the T3SS.
著者: Bronwyn J E Lyons / Claire E Atkinson / Wanyin Deng / Antonio Serapio-Palacios / B Brett Finlay / Natalie C J Strynadka /
要旨: The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it ...The type III secretion system (T3SS) is a virulence mechanism employed by Gram-negative pathogens. The T3SS forms a proteinaceous channel that projects a needle into the extracellular medium where it interacts with the host cell to deliver virulence factors. Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC) is unique in adopting a needle extension to the T3SS-a filament formed by EspA-which is absolutely required for efficient colonization of the gut. Here, we describe the cryoelectron microscopy structure of native EspA filaments from EPEC at 3.6-Å resolution. Within the filament, positively charged residues adjacent to a hydrophobic groove line the lumen of the filament in a spiral manner, suggesting a mechanism of substrate translocation mediated via electrostatics. Using structure-guided mutagenesis, in vivo studies corroborate the role of these residues in secretion and translocation function. The high-resolution structure of the EspA filament could aid in structure-guided drug design of antivirulence therapeutics.
履歴
登録2020年9月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k7k
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7k7k
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22701.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22701.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EPEC type III secretion injectisome EspA filament
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.18659714 - 0.31323308
平均 (標準偏差)0.00006124191 (±0.00854415)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 437.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.751.751.75
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z437.500437.500437.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.1870.3130.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : EspA filament

全体名称: EspA filament
要素
  • 細胞器官・細胞要素: EspA filament
    • タンパク質・ペプチド: Translocon EspA

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超分子 #1: EspA filament

超分子名称: EspA filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 (大腸菌)

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分子 #1: Translocon EspA

分子名称: Translocon EspA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli O127:H6 (strain E2348/69 / EPEC) (大腸菌)
株: E2348/69 / EPEC
分子量理論値: 20.482811 KDa
配列文字列: MDTSTTASVA SANASTSTSM AYDLGSMSKD DVIDLFNKLG VFQAAILMFA YMYQAQSDLS IAKFADMNEA SKESTTAQKM ANLVDAKIA DVQSSSDKNA KAQLPDEVIS YINDPRNDIT ISGIDNINAQ LGAGDLQTVK AAISAKANNL TTTVNNSQLE I QQMSNTLN ...文字列:
MDTSTTASVA SANASTSTSM AYDLGSMSKD DVIDLFNKLG VFQAAILMFA YMYQAQSDLS IAKFADMNEA SKESTTAQKM ANLVDAKIA DVQSSSDKNA KAQLPDEVIS YINDPRNDIT ISGIDNINAQ LGAGDLQTVK AAISAKANNL TTTVNNSQLE I QQMSNTLN LLTSARSDMQ SLQYRTISGI SLGK

UniProtKB: Translocon EspA

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 0.475 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.56 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 15523
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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