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- EMDB-22587: Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22587
タイトルStructure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex
マップデータStructure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex
試料
  • 複合体: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair helicase RAD25
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair helicase RAD3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex ...regulation of mitotic recombination / RNA polymerase II promoter clearance / phosphatidylinositol-5-phosphate binding / positive regulation of mitotic recombination / nucleotide-excision repair factor 3 complex / nucleotide-excision repair, preincision complex assembly / DNA translocase activity / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / 転写開始前複合体 / DNA duplex unwinding / poly(A)+ mRNA export from nucleus / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / 3'-5' DNA helicase activity / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / ATPase activator activity / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / ATP-dependent activity, acting on DNA / DNA helicase activity / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / nucleotide-excision repair / ubiquitin protein ligase activity / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / 5'-3' DNA helicase activity / double-stranded DNA binding / ヘリカーゼ / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / DNA修復 / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal ...Bacterial type XPD DNA helicase, FeS cluster domain / TFIIH subunit Tfb4/GTF2H3 / Transcription factor Tfb4 / TFIIH C1-like domain / Ssl1-like / TFIIH subunit Ssl1/p44 / Ssl1-like / TFIIH C1-like domain / TFIIH C1-like domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / RAD3/XPD family / Helicase XPB/Ssl2 / ERCC3/RAD25/XPB helicase, C-terminal domain / Helicase XPB/Ssl2, N-terminal domain / Helicase conserved C-terminal domain / ERCC3/RAD25/XPB C-terminal helicase / Helical and beta-bridge domain / Helical and beta-bridge domain / Transcription factor TFIIH subunit p52/Tfb2 / Transcription factor Tfb2, C-terminal domain / Transcription factor Tfb2 / Transcription factor Tfb2 (p52) C-terminal domain / TFIIH subunit TTDA/Tfb5 / TFB5-like superfamily / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / Transcription factor TFIIH complex subunit Tfb5 / ATP-dependent helicase Rad3/Chl1-like / Helicase superfamily 1/2, DinG/Rad3-like / Helicase-like, DEXD box c2 type / ATP-dependent helicase, C-terminal / DEAD2 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain, DinG/Rad3-type / DEAD_2 / Helicase C-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-2 domain profile. / DEXDc2 / HELICc2 / Helicase/UvrB, N-terminal / Type III restriction enzyme, res subunit / DNA/RNA helicase, ATP-dependent, DEAH-box type, conserved site / DEAH-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / C1-like domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Zinc finger C2H2-type / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / PH-like domain superfamily / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPD / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / General transcription and DNA repair factor IIH helicase subunit XPB / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB5
類似検索 - 構成要素
生物種Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者van Eeuwen T / Min JH / Murakami K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structure of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 in damaged DNA opening in nucleotide excision repair.
著者: Trevor van Eeuwen / Yoonjung Shim / Hee Jong Kim / Tingting Zhao / Shrabani Basu / Benjamin A Garcia / Craig D Kaplan / Jung-Hyun Min / Kenji Murakami /
要旨: The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor ...The versatile nucleotide excision repair (NER) pathway initiates as the XPC-RAD23B-CETN2 complex first recognizes DNA lesions from the genomic DNA and recruits the general transcription factor complex, TFIIH, for subsequent lesion verification. Here, we present a cryo-EM structure of an NER initiation complex containing Rad4-Rad23-Rad33 (yeast homologue of XPC-RAD23B-CETN2) and 7-subunit coreTFIIH assembled on a carcinogen-DNA adduct lesion at 3.9-9.2 Å resolution. A ~30-bp DNA duplex could be mapped as it straddles between Rad4 and the Ssl2 (XPB) subunit of TFIIH on the 3' and 5' side of the lesion, respectively. The simultaneous binding with Rad4 and TFIIH was permitted by an unwinding of DNA at the lesion. Translocation coupled with torque generation by Ssl2 and Rad4 would extend the DNA unwinding at the lesion and deliver the damaged strand to Rad3 (XPD) in an open form suitable for subsequent lesion scanning and verification.
履歴
登録2020年9月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月28日-
マップ公開2021年7月28日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00593
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.00593
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7k01
  • 表面レベル: 0.00593
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22587.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22587.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 226.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.83 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00593 / ムービー #1: 0.00593
最小 - 最大-0.016100932 - 0.06109759
平均 (標準偏差)-2.3827126e-05 (±0.0011857244)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ390390390
Spacing390390390
セルA=B=C: 323.69998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.830.830.83
M x/y/z390390390
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z323.700323.700323.700
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ1331310
NX/NY/NZ223226424
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS390390390
D min/max/mean-0.0160.061-0.000

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添付データ

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追加マップ: Additional map

ファイルemd_22587_additional_1.map
注釈Additional map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half-volume 1

ファイルemd_22587_half_map_1.map
注釈half-volume 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-volume 2

ファイルemd_22587_half_map_2.map
注釈half-volume 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA

全体名称: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
要素
  • 複合体: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair helicase RAD25
    • タンパク質・ペプチド: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair helicase RAD3
    • タンパク質・ペプチド: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER鉄・硫黄クラスター

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超分子 #1: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA

超分子名称: Ternary complex of TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 with AAF damaged DNA
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7
分子量実験値: 420 kDa/nm

+
分子 #1: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 72.993328 KDa
配列文字列: MSHSGAAIFE KVSGIIAINE DVSPAELTWR STDGDKVHTV VLSTIDKLQA TPASSEKMML RLIGKVDESK KRKDNEGNEV VPKPQRHMF SFNNRTVMDN IKMTLQQIIS RYKDADIYEE KRRREESAQH TETPMSSSSV TAGTPTPHLD TPQLNNGAPL I NTAKLDDS ...文字列:
MSHSGAAIFE KVSGIIAINE DVSPAELTWR STDGDKVHTV VLSTIDKLQA TPASSEKMML RLIGKVDESK KRKDNEGNEV VPKPQRHMF SFNNRTVMDN IKMTLQQIIS RYKDADIYEE KRRREESAQH TETPMSSSSV TAGTPTPHLD TPQLNNGAPL I NTAKLDDS LSKEKLLTNL KLQQSLLKGN KVLMKVFQET VINAGLPPSE FWSTRIPLLR AFALSTSQKV GPYNVLSTIK PV ASSENKV NVNLSREKIL NIFENYPIVK KAYTDNVPKN FKEPEFWARF FSSKLFRKLR GEKIMQNDRG DVIIDRYLTL DQE FDRKDD DMLLHPVKKI IDLDGNIQDD PVVRGNRPDF TMQPGVDING NSDGTVDILK GMNRLSEKMI MALKNEYSRT NLQN KSNIT NDEEDEDNDE RNELKIDDLN ESYKTNYAII HLKRNAHEKT TDNDAKSSAD SIKNADLKVS NQQMLQQLSL VMDNL INKL DLNQVVPNNE VSNKINKRVI TAIKINAKQA KHNNVNSALG SFVDNTSQAN ELEVKSTLPI DLLESCRMLH TTCCEF LKH FYIHFQSGEQ KQASTVKKLY NHLKDCIEKL NELFQDVLNG DGESMSNTCT AYLKPVLNSI TLATHKYDEY FNEYNNN SN

+
分子 #2: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 37.506422 KDa
配列文字列: MDAISDPTFK HARSRKQVTE ESPSLLTVII EIAPKLWTTF DEEGNEKGSI IKVLEALIVF LNAHLAFNSA NKVAVIAAYS QGIKYLYPE STSALKASES ENKTRSDLKI INSDMYRRFR NVDETLVEEI YKLFELEKKQ IEQNSQRSTL AGAMSAGLTY V NRISKESV ...文字列:
MDAISDPTFK HARSRKQVTE ESPSLLTVII EIAPKLWTTF DEEGNEKGSI IKVLEALIVF LNAHLAFNSA NKVAVIAAYS QGIKYLYPE STSALKASES ENKTRSDLKI INSDMYRRFR NVDETLVEEI YKLFELEKKQ IEQNSQRSTL AGAMSAGLTY V NRISKESV TTSLKSRLLV LTCGSGSSKD EIFQYIPIMN CIFSATKMKC PIDVVKIGGS KESTFLQQTT DATNGVYLHV ES TEGLIQY LATAMFIDPS LRPIIVKPNH GSVDFRTSCY LTGRVVAVGF ICSVCLCVLS IIPPGNKCPA CDSQFDEHVI AKL KRKPVV PRLKAKKKVT KP

+
分子 #3: DNA repair helicase RAD25

分子名称: DNA repair helicase RAD25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 95.461664 KDa
配列文字列: MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS ...文字列:
MTDVEGYQPK SKGKIFPDMG ESFFSSDEDS PATDAEIDEN YDDNRETSEG RGERDTGAMV TGLKKPRKKT KSSRHTAADS SMNQMDAKD KALLQDTNSD IPADFVPDSV SGMFRSHDFS YLRLRPDHAS RPLWISPSDG RIILESFSPL AEQAQDFLVT I AEPISRPS HIHEYKITAY SLYAAVSVGL ETDDIISVLD RLSKVPVAES IINFIKGATI SYGKVKLVIK HNRYFVETTQ AD ILQMLLN DSVIGPLRID SDHQVQPPED VLQQQLQQTA GKPATNVNPN DVEAVFSAVI GGDNEREEED DDIDAVHSFE IAN ESVEVV KKRCQEIDYP VLEEYDFRND HRNPDLDIDL KPSTQIRPYQ EKSLSKMFGN GRARSGIIVL PCGAGKTLVG ITAA CTIKK SVIVLCTSSV SVMQWRQQFL QWCTLQPENC AVFTSDNKEM FQTESGLVVS TYSMVANTRN RSHDSQKVMD FLTGR EWGF IILDEVHVVP AAMFRRVVST IAAHAKLGLT ATLVREDDKI GDLNFLIGPK LYEANWMELS QKGHIANVQC AEVWCP MTA EFYQEYLRET ARKRMLLYIM NPTKFQACQF LIQYHERRGD KIIVFSDNVY ALQEYALKMG KPFIYGSTPQ QERMNIL QN FQYNDQINTI FLSKVGDTSI DLPEATCLIQ ISSHYGSRRQ EAQRLGRILR AKRRNDEGFN AFFYSLVSKD TQEMYYST K RQAFLVDQGY AFKVITHLHG MENIPNLAYA SPRERRELLQ EVLLKNEEAA GIEVGDDADN SVGRGSNGHK RFKSKAVRG EGSLSGLAGG EDMAYMEYST NKNKELKEHH PLIRKMYYKN LKK

+
分子 #4: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5

分子名称: RNA polymerase II transcription factor B subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 8.24349 KDa
配列文字列:
MARARKGALV QCDPSIKALI LQIDAKMSDI VLEELDDTHL LVNPSKVEFV KHELNRLLSK NIYNPMDEEE NQ

+
分子 #5: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.602312 KDa
配列文字列: MSDYSLKHSV TQYLEEIPQQ VQNRLYTSPA TCLAIYRILP PLAKFFIMAM VFNENEVPLL DLDKWVNSNG KLQFQNAIKS MKSLHLLIP NKSSGTLMIN LNPTFKISLR NALTGGEVQN SFGVVVEENV VSLDLLDEYS ANKWETILHF MVGTPLAKIP S EKVLNLLK ...文字列:
MSDYSLKHSV TQYLEEIPQQ VQNRLYTSPA TCLAIYRILP PLAKFFIMAM VFNENEVPLL DLDKWVNSNG KLQFQNAIKS MKSLHLLIP NKSSGTLMIN LNPTFKISLR NALTGGEVQN SFGVVVEENV VSLDLLDEYS ANKWETILHF MVGTPLAKIP S EKVLNLLK HSKLMEEVNS TGEFKITNEG FQFLLQEINS QLWTLLLQYL KMIETSKMDL VDVLHFIFML GALEVGKAYK ID ALSETQR IMLQDMRDYG LVFQKHSNDS IFYPTKLALM LTSDTKTIRS ASNAMDSVLR QNREEPSVNE DGANGKSTTD ITT SDDLNK AGLKNQDIPD GSLIVETNFK IYSYSNSPLQ IAVLSLFVHL KARFVNMVLG QITRESIRRA LTNGITADQI IAYL ETHAH PQMRRLAEEK LEKKLELDPN CKEPLQVLPP TVVDQIRLWQ LELDRVITYE GSLYSDFETS QEYNLLSKYA QDIGV LLWK DDKKKKFFIS KEGNSQVLDF AKRKLKKKQ

+
分子 #6: DNA repair helicase RAD3

分子名称: DNA repair helicase RAD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ヘリカーゼ
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 89.899047 KDa
配列文字列: MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE ...文字列:
MKFYIDDLPV LFPYPKIYPE QYNYMCDIKK TLDVGGNSIL EMPSGTGKTV SLLSLTIAYQ MHYPEHRKII YCSRTMSEIE KALVELENL MDYRTKELGY QEDFRGLGLT SRKNLCLHPE VSKERKGTVV DEKCRRMTNG QAKRKLEEDP EANVELCEYH E NLYNIEVE DYLPKGVFSF EKLLKYCEEK TLCPYFIVRR MISLCNIIIY SYHYLLDPKI AERVSNEVSK DSIVIFDEAH NI DNVCIES LSLDLTTDAL RRATRGANAL DERISEVRKV DSQKLQDEYE KLVQGLHSAD ILTDQEEPFV ETPVLPQDLL TEA IPGNIR RAEHFVSFLK RLIEYLKTRM KVLHVISETP KSFLQHLKQL TFIERKPLRF CSERLSLLVR TLEVTEVEDF TALK DIATF ATLISTYEEG FLLIIEPYEI ENAAVPNPIM RFTCLDASIA IKPVFERFSS VIITSGTISP LDMYPRMLNF KTVLQ KSYA MTLAKKSFLP MIITKGSDQV AISSRFEIRN DPSIVRNYGS MLVEFAKITP DGMVVFFPSY LYMESIVSMW QTMGIL DEV WKHKLILVET PDAQETSLAL ETYRKACSNG RGAILLSVAR GKVSEGIDFD HQYGRTVLMI GIPFQYTESR ILKARLE FM RENYRIREND FLSFDAMRHA AQCLGRVLRG KDDYGVMVLA DRRFSRKRSQ LPKWIAQGLS DADLNLSTDM AISNTKQF L RTMAQPTDPK DQEGVSVWSY EDLIKHQNSR KDQGGFIENE NKEGEQDEDE DEDIEMQ

+
分子 #7: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1

分子名称: General transcription and DNA repair factor IIH subunit SSL1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Baker's yeast (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 52.370035 KDa
配列文字列: MAPVVISESE EDEDRVAITR RTKRQVHFDG EGDDRVDQQQ QQHSSSHRDR DKHVQRKKKK RLSNRNLQGS NGGYAWEDEI KRSWDLVKV DDEGDMASLV ASIVEARKKR TAKKNITPYQ RGIIRSLILT LDCSEAMLEK DLRPNRHAMI IQYAIDFVHE F FDQNPISQ ...文字列:
MAPVVISESE EDEDRVAITR RTKRQVHFDG EGDDRVDQQQ QQHSSSHRDR DKHVQRKKKK RLSNRNLQGS NGGYAWEDEI KRSWDLVKV DDEGDMASLV ASIVEARKKR TAKKNITPYQ RGIIRSLILT LDCSEAMLEK DLRPNRHAMI IQYAIDFVHE F FDQNPISQ MGIIIMRNGL AQLVSQVSGN PQDHIDALKS IRKQEPKGNP SLQNALEMAR GLLLPVPAHC TREVLIVFGS LS TTDPGDI HQTIDSLVSE KIRVKVLGLS AQVAICKELC KATNYGDESF YKILLDETHL KELFNEAVTP LPVNKINKGF TLV KMGFPT RIFEDTPTFC SCHSKLVYGG YFCPNCHSKV CSLPTVCPCC DLMLILSTHL ARSYHHLMPL KTFAEVPTTE KFRS EDCFS CQSRFPILKN HKNGKLLTSS RYRCEDCKQE FCVDCDVFIH EILHNCPGCE SKPVIT

+
分子 #8: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #9: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄 / 鉄・硫黄クラスター

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
150.0 mMPotassium Acetate
5.0 mMDTT

詳細: Sample dialyzed for 30 minutes into above buffer prior to grid making
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Pelco easyGLOW glow discharge apparatus
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC
詳細: Grids were manually blotted for 2-3 seconds prior to plunge freezing.
詳細Sample was prepared by Grafix. Sample was monodispersed and well behaved by visual inspection

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
詳細Images collected with image shift
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6223 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1159858
詳細: Particles picked by elliptical blob picking in cryoSPARC
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 4.13)
初期モデルモデルのタイプ: NONE
詳細: De novo initial model obtained by SGD in cryoSPARC and RELION
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.8)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION
詳細: Final reconstruction performed in RELION. Map locally filtered to FSC=0.5 by blocres
使用した粒子像数: 56101
詳細Camera operated in super resolution mode.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

5oqj

,

6nmi

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7k01:
Structure of TFIIH in TFIIH/Rad4-Rad23-Rad33 DNA opening complex

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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