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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22403 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human proton-activated chloride channel PAC at pH 8 | |||||||||||||||
マップデータ | Sharpened map | |||||||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | pH-gated chloride channel activity / TMEM206 protein / TMEM206 protein family / chloride transport / chloride channel complex / cell surface / plasma membrane / Proton-activated chloride channel 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Lu W / Ruan R / Du J | |||||||||||||||
資金援助 | 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2020 タイトル: Structures and pH-sensing mechanism of the proton-activated chloride channel. 著者: Zheng Ruan / James Osei-Owusu / Juan Du / Zhaozhu Qiu / Wei Lü / 要旨: The proton-activated chloride channel (PAC) is active across a wide range of mammalian cells and is involved in acid-induced cell death and tissue injury. PAC has recently been shown to represent a ...The proton-activated chloride channel (PAC) is active across a wide range of mammalian cells and is involved in acid-induced cell death and tissue injury. PAC has recently been shown to represent a novel and evolutionarily conserved protein family. Here we present two cryo-electron microscopy structures of human PAC in a high-pH resting closed state and a low-pH proton-bound non-conducting state. PAC is a trimer in which each subunit consists of a transmembrane domain (TMD), which is formed of two helices (TM1 and TM2), and an extracellular domain (ECD). Upon a decrease of pH from 8 to 4, we observed marked conformational changes in the ECD-TMD interface and the TMD. The rearrangement of the ECD-TMD interface is characterized by the movement of the histidine 98 residue, which is, after acidification, decoupled from the resting position and inserted into an acidic pocket that is about 5 Å away. Within the TMD, TM1 undergoes a rotational movement, switching its interaction partner from its cognate TM2 to the adjacent TM2. The anion selectivity of PAC is determined by the positively charged lysine 319 residue on TM2, and replacing lysine 319 with a glutamate residue converts PAC to a cation-selective channel. Our data provide a glimpse of the molecular assembly of PAC, and a basis for understanding the mechanism of proton-dependent activation. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22403.map.gz | 2.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22403-v30.xml emd-22403.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22403.png | 161.6 KB | ||
その他 | emd_22403_additional_1.map.gz emd_22403_additional_2.map.gz emd_22403_additional_3.map.gz | 22.9 MB 22.9 MB 2.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22403 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22403_validation.pdf.gz | 327.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22403_full_validation.pdf.gz | 327 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22403_validation.xml.gz | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22403_validation.cif.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22403 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22403 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22403.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.026 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_22403_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map obtained using ECD signal
ファイル | emd_22403_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map obtained using ECD signal | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map obtained using ECD signal
ファイル | emd_22403_additional_3.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map obtained using ECD signal | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : human proton-activated chloride channel PAC
全体 | 名称: human proton-activated chloride channel PAC |
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要素 |
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-超分子 #1: human proton-activated chloride channel PAC
超分子 | 名称: human proton-activated chloride channel PAC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Proton-activated chloride channel
分子 | 名称: Proton-activated chloride channel / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 40.092047 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MIRQERSTSY QELSEELVQV VENSELADEQ DKETVRVQGP GILPGLDSES ASSSIRFSKA CLKNVFSVLL IFIYLLLMAV AVFLVYRTI TDFREKLKHP VMSVSYKEVD RYDAPGIALY PGQAQLLSCK HHYEVIPPLT SPGQPGDMNC TTQRINYTDP F SNQTVKSA ...文字列: MIRQERSTSY QELSEELVQV VENSELADEQ DKETVRVQGP GILPGLDSES ASSSIRFSKA CLKNVFSVLL IFIYLLLMAV AVFLVYRTI TDFREKLKHP VMSVSYKEVD RYDAPGIALY PGQAQLLSCK HHYEVIPPLT SPGQPGDMNC TTQRINYTDP F SNQTVKSA LIVQGPREVK KRELVFLQFR LNKSSEDFSA IDYLLFSSFQ EFLQSPNRVG FMQACESAYS SWKFSGGFRT WV KMSLVKT KEEDGREAVE FRQETSVVNY IDQRPAAKKS AQLFFVVFEW KDPFIQKVQD IVTANPWNTI ALLCGAFLAL FKA AEFAKL SIKWMIKIRK RYLKRRGQAT SHIS |
-分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 9 / 式: NAG |
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分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 49.6 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 1.9 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |