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万見
- EMDB-22402: Human DPP9-CARD8 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22402
タイトルHuman DPP9-CARD8 complex
マップデータ
試料
  • 複合体: DPP9-CARD8 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9
    • タンパク質・ペプチド: Caspase recruitment domain-containing protein 8
  • リガンド: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


CARD8 inflammasome complex assembly / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway ...CARD8 inflammasome complex assembly / NACHT domain binding / Formation of apoptosome / cysteine-type endopeptidase activator activity / inhibition of cysteine-type endopeptidase activity / negative regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / NLRP3 inflammasome complex / CARD domain binding / dipeptidyl-peptidase IV / negative regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / self proteolysis / Regulation of the apoptosome activity / dipeptidyl-peptidase activity / negative regulation of programmed cell death / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of interleukin-1 beta production / pattern recognition receptor activity / negative regulation of NF-kappaB transcription factor activity / cell leading edge / pyroptotic inflammatory response / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / antiviral innate immune response / negative regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / aminopeptidase activity / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / serine-type peptidase activity / molecular condensate scaffold activity / positive regulation of interleukin-1 beta production / peptidase activity / regulation of apoptotic process / defense response to virus / microtubule / protein homodimerization activity / protein-containing complex / proteolysis / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain ...FIIND domain / Function to find / FIIND domain profile. / Dipeptidyl peptidase 8 /9 ,N-terminal / Dipeptidyl peptidase 8 and 9 N-terminal / Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain / Dipeptidyl peptidase IV (DPP IV) N-terminal region / CARD domain / CARD caspase recruitment domain profile. / Caspase recruitment domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Death-like domain superfamily / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Dipeptidyl peptidase 9 / Caspase recruitment domain-containing protein 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Sharif H / Hollingsworth LR
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)R01 Al124491 米国
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2021
タイトル: Dipeptidyl peptidase 9 sets a threshold for CARD8 inflammasome formation by sequestering its active C-terminal fragment.
著者: Humayun Sharif / L Robert Hollingsworth / Andrew R Griswold / Jeffrey C Hsiao / Qinghui Wang / Daniel A Bachovchin / Hao Wu /
要旨: CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) ...CARD8 detects intracellular danger signals and forms a caspase-1 activating inflammasome. Like the related inflammasome sensor NLRP1, CARD8 autoprocesses into noncovalently associated N-terminal (NT) and C-terminal (CT) fragments and binds the cellular dipeptidyl peptidases DPP8 and 9 (DPP8/9). Certain danger-associated signals, including the DPP8/9 inhibitor Val-boroPro (VbP) and HIV protease, induce proteasome-mediated NT degradation and thereby liberate the inflammasome-forming CT. Here, we report cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of CARD8 bound to DPP9, revealing a repressive ternary complex consisting of DPP9, full-length CARD8, and CARD8-CT. Unlike NLRP1-CT, CARD8-CT does not interact with the DPP8/9 active site and is not directly displaced by VbP. However, larger DPP8/9 active-site probes can directly weaken this complex in vitro, and VbP itself nevertheless appears to disrupt this complex, perhaps indirectly, in cells. Thus, DPP8/9 inhibitors can activate the CARD8 inflammasome by promoting CARD8 NT degradation and by weakening ternary complex stability.
履歴
登録2020年8月4日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年5月19日-
マップ公開2021年5月19日-
更新2021年7月28日-
現状2021年7月28日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0054
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0054
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7jn7
  • 表面レベル: 0.0054
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8187 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0054 / ムービー #1: 0.0054
最小 - 最大-0.046463996 - 0.071359
平均 (標準偏差)2.3892482e-05 (±0.0011427491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 327.48 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.81870.81870.8187
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z327.480327.480327.480
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ727265
NX/NY/NZ157157169
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0460.0710.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DPP9-CARD8 complex

全体名称: DPP9-CARD8 complex
要素
  • 複合体: DPP9-CARD8 complex
    • タンパク質・ペプチド: Dipeptidyl peptidase 9
    • タンパク質・ペプチド: Caspase recruitment domain-containing protein 8
  • リガンド: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid

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超分子 #1: DPP9-CARD8 complex

超分子名称: DPP9-CARD8 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK293 / 組換プラスミド: pcDNA3.1

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分子 #1: Dipeptidyl peptidase 9

分子名称: Dipeptidyl peptidase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dipeptidyl-peptidase IV
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.761984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMA TTGTPTADRG DAAATDDPAA RFQVQKHSWD GLRSIIHGSR KYSGLIVNKA PHDFQFVQK TDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSEI PKKVRKEALL LLSWKQMLDH FQATPHHGVY SREEELLRER K RLGVFGIT ...文字列:
MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMGSMA TTGTPTADRG DAAATDDPAA RFQVQKHSWD GLRSIIHGSR KYSGLIVNKA PHDFQFVQK TDESGPHSHR LYYLGMPYGS RENSLLYSEI PKKVRKEALL LLSWKQMLDH FQATPHHGVY SREEELLRER K RLGVFGIT SYDFHSESGL FLFQASNSLF HCRDGGKNGF MVSPMKPLEI KTQCSGPRMD PKICPADPAF FSFINNSDLW VA NIETGEE RRLTFCHQGL SNVLDDPKSA GVATFVIQEE FDRFTGYWWC PTASWEGSEG LKTLRILYEE VDESEVEVIH VPS PALEER KTDSYRYPRT GSKNPKIALK LAEFQTDSQG KIVSTQEKEL VQPFSSLFPK VEYIARAGWT RDGKYAWAMF LDRP QQWLQ LVLLPPALFI PSTENEEQRL ASARAVPRNV QPYVVYEEVT NVWINVHDIF YPFPQSEGED ELCFLRANEC KTGFC HLYK VTAVLKSQGY DWSEPFSPGE DEFKCPIKEE IALTSGEWEV LARHGSKIWV NEETKLVYFQ GTKDTPLEHH LYVVSY EAA GEIVRLTTPG FSHSCSMSQN FDMFVSHYSS VSTPPCVHVY KLSGPDDDPL HKQPRFWASM MEAASCPPDY VPPEIFH FH TRSDVRLYGM IYKPHALQPG KKHPTVLFVY GGPQVQLVNN SFKGIKYLRL NTLASLGYAV VVIDGRGSCQ RGLRFEGA L KNQMGQVEIE DQVEGLQFVA EKYGFIDLSR VAIHGWSYGG FLSLMGLIHK PQVFKVAIAG APVTVWMAYD TGYTERYMD VPENNQHGYE AGSVALHVEK LPNEPNRLLI LHGFLDENVH FFHTNFLVSQ LIRAGKPYQL QIYPNERHSI RCPESGEHYE VTLLHFLQE YL

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分子 #2: Caspase recruitment domain-containing protein 8

分子名称: Caspase recruitment domain-containing protein 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.716875 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFF QEDDETEAEP LLFRAVPECQ LSGGDIPSVS EEQESSEGQD SGDICSEENQ IVSSYASKVC FEIEEDYKNR Q FLGPEGNV ...文字列:
MEKKECPEKS SSSEEELPRR DSGSSRNIDA SKLIRLQGSR KLLVDNSIRE LQYTKTGIFF QAEACVTNDT VYRELPCVSE TLCDISHFF QEDDETEAEP LLFRAVPECQ LSGGDIPSVS EEQESSEGQD SGDICSEENQ IVSSYASKVC FEIEEDYKNR Q FLGPEGNV DVELIDKSTN RYSVWFPTAG WYLWSATGLG FLVRDEVTVT IAFGSWSQHL ALDLQHHEQW LVGGPLFDVT AE PEEAVAE IHLPHFISLQ AGEVDVSWFL VAHFKNEGMV LEHPARVEPF YAVLESPSFS LMGILLRIAS GTRLSIPITS NTL IYYHPH PEDIKFHLYL VPSDALLTKA IDDEEDRFHG VRLQTSPPME PLNFGSSYIV SNSANLKVMP KELKLSYRSP GEIQ HFSKF YAGQMKEPIQ LEITEKRHGT LVWDTEVKPV DLQLVAASAP PPFSGAAFVK ENHRQLQARM GDLKGVLDDL QDNEV LTEN EKELVEQEKT RQSKNEALLS MVEKKGDLAL DVLFRSISER DPYLVSYLRQ QNL

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分子 #3: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]bo...

分子名称: [(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: GK2
分子量理論値: 214.07 Da
Chemical component information

ChemComp-GK2:
[(2~{R})-1-[(2~{R})-2-azanyl-3-methyl-butanoyl]pyrrolidin-2-yl]boronic acid

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 25 mM HEPES, pH 7.5, 150 mM NaCl, 1 mM TCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 4 / #0 - 実像数: 3306 / #0 - 平均露光時間: 2.22 sec. / #0 - 平均電子線量: 58.5 e/Å2 / #0 - 詳細: stage tilt 0 degrees / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 4 / #1 - 実像数: 2488 / #1 - 平均露光時間: 2.25 sec. / #1 - 平均電子線量: 64.99 e/Å2 / #1 - 詳細: stage tilt 37 degrees
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: OTHER
電子光学系倍率（補正後）: 10500 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: OTHER / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: -0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
粒子像選択選択した数: 1404573 / 詳細: no tilt dataset
CTF補正ソフトウェア - 名称: CTFFIND (ver. 9.03)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 205538
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 50000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6eoq


Chain - Chain ID: A
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7jn7:
Human DPP9-CARD8 complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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