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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22296 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome | ||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Frameshift Stimulation Element / SARS-CoV-2 / COVID-19 / RNA | ||||||||||||||||||||||||
生物種 | Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.9 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Zhang K / Zheludev I | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 米国, 7件
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引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron Microscopy and Exploratory Antisense Targeting of the 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome. 著者: Kaiming Zhang / Ivan N Zheludev / Rachel J Hagey / Marie Teng-Pei Wu / Raphael Haslecker / Yixuan J Hou / Rachael Kretsch / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Wipapat Kladwang / Shanshan Li ...著者: Kaiming Zhang / Ivan N Zheludev / Rachel J Hagey / Marie Teng-Pei Wu / Raphael Haslecker / Yixuan J Hou / Rachael Kretsch / Grigore D Pintilie / Ramya Rangan / Wipapat Kladwang / Shanshan Li / Edward A Pham / Claire Bernardin-Souibgui / Ralph S Baric / Timothy P Sheahan / Victoria D Souza / Jeffrey S Glenn / Wah Chiu / Rhiju Das 要旨: Drug discovery campaigns against Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are beginning to target the viral RNA genome . The frameshift stimulation element (FSE) of the SARS-CoV- ...Drug discovery campaigns against Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 (SARS-CoV-2) are beginning to target the viral RNA genome . The frameshift stimulation element (FSE) of the SARS-CoV-2 genome is required for balanced expression of essential viral proteins and is highly conserved, making it a potential candidate for antiviral targeting by small molecules and oligonucleotides . To aid global efforts focusing on SARS-CoV-2 frameshifting, we report exploratory results from frameshifting and cellular replication experiments with locked nucleic acid (LNA) antisense oligonucleotides (ASOs), which support the FSE as a therapeutic target but highlight difficulties in achieving strong inactivation. To understand current limitations, we applied cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and the Ribosolve pipeline to determine a three-dimensional structure of the SARS-CoV-2 FSE, validated through an RNA nanostructure tagging method. This is the smallest macromolecule (88 nt; 28 kDa) resolved by single-particle cryo-EM at subnanometer resolution to date. The tertiary structure model, defined to an estimated accuracy of 5.9 Å, presents a topologically complex fold in which the 5' end threads through a ring formed inside a three-stem pseudoknot. Our results suggest an updated model for SARS-CoV-2 frameshifting as well as binding sites that may be targeted by next generation ASOs and small molecules. | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22296.map.gz | 16.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22296-v30.xml emd-22296.xml | 13.1 KB 13.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22296.png | 70.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22296.cif.gz | 4.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22296 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22296 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22296_validation.pdf.gz | 381.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22296_full_validation.pdf.gz | 381.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22296_validation.xml.gz | 5.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22296_validation.cif.gz | 5.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22296 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22296 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22296.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.82 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome
全体 | 名称: 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome |
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要素 |
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-超分子 #1: 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome
超分子 | 名称: 28-kDa Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28 KDa |
-分子 #1: Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome
分子 | 名称: Frameshift Stimulation Element from the SARS-CoV-2 RNA Genome タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 28.28566 KDa |
配列 | 文字列: GUUUUUAAAC GGGUUUGCGG UGUAAGUGCA GCCCGUCUUA CACCGUGCGG CACAGGCACU AGUACUGAUG UCGUAUACAG GGCUUUUG GENBANK: GENBANK: MT655131.1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.15 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 実像数: 10222 / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 8.3 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0.2) / 使用した粒子像数: 109137 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |