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- EMDB-22189: R. capsulatus cyt bc1 (CIII2) at 3.3A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22189
タイトルR. capsulatus cyt bc1 (CIII2) at 3.3A
マップデータCIII2
試料
  • 複合体: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt bc1 complex)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: HEME C
機能・相同性
機能・相同性情報


respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / : / respiratory electron transport chain / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal ...Ubiquitinol-cytochrome C reductase, Fe-S subunit, TAT signal / Ubiquitinol-cytochrome C reductase Fe-S subunit TAT signal / Cytochrome b / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c family profile. / Cytochrome c-like domain / Cytochrome c-like domain superfamily / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit / Cytochrome b / Cytochrome c1
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Steimle S / Van Eeuwen T / Ozturk Y / Kim HJ / Braitbard M / Selamoglu N / Garcia BA / Schneidman-Duhovny D / Murakami K / Daldal F
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM38237 米国
Department of Energy (DOE, United States)DE-FG02-91ER20052 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32-GM008275 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)S10OD023592 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Cryo-EM structures of engineered active bc-cbb type CIIICIV super-complexes and electronic communication between the complexes.
著者: Stefan Steimle / Trevor van Eeuwen / Yavuz Ozturk / Hee Jong Kim / Merav Braitbard / Nur Selamoglu / Benjamin A Garcia / Dina Schneidman-Duhovny / Kenji Murakami / Fevzi Daldal /
要旨: Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex ...Respiratory electron transport complexes are organized as individual entities or combined as large supercomplexes (SC). Gram-negative bacteria deploy a mitochondrial-like cytochrome (cyt) bc (Complex III, CIII), and may have specific cbb-type cyt c oxidases (Complex IV, CIV) instead of the canonical aa-type CIV. Electron transfer between these complexes is mediated by soluble (c) and membrane-anchored (c) cyts. Here, we report the structure of an engineered bc-cbb type SC (CIIICIV, 5.2 Å resolution) and three conformers of native CIII (3.3 Å resolution). The SC is active in vivo and in vitro, contains all catalytic subunits and cofactors, and two extra transmembrane helices attributed to cyt c and the assembly factor CcoH. The cyt c is integral to SC, its cyt domain is mobile and it conveys electrons to CIV differently than cyt c. The successful production of a native-like functional SC and determination of its structure illustrate the characteristics of membrane-confined and membrane-external respiratory electron transport pathways in Gram-negative bacteria.
履歴
登録2020年6月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月30日-
マップ公開2020年12月30日-
更新2021年3月3日-
現状2021年3月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6xi0
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_22189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CIII2
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å		1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å		1.36 Å/pix.
x 240 pix.
= 326.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.36 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.18109152 - 0.265672
平均 (標準偏差)0.0002003823 (±0.0049900096)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 326.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.361.361.36
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z326.400326.400326.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-0.1810.2660.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt...

全体名称: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt bc1 complex)
要素
  • 複合体: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt bc1 complex)
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: HEME C

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超分子 #1: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt...

超分子名称: homodimer of ubiquinol:cytochrome c reductase (complex III or cyt bc1 complex)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア) / 組換株: YO12 / 組換プラスミド: pYO76
分子量理論値: 250 KDa

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分子 #1: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit

分子名称: Ubiquinol-cytochrome c reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 20.465109 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MSHAEDNAGT RRDFLYHATA ATGVVVTGAA VWPLINQMNA SADVKAMASI FVDVSAVEVG TQLTVKWRGK PVFIRRRDEK DIELARSVP LGALRDTSAE NANKPGAEAT DENRTLPAFD GTNTGEWLVM LGVCTHLGCV PMGDKSGDFG GWFCPCHGSH Y DSAGRIRK ...文字列:
MSHAEDNAGT RRDFLYHATA ATGVVVTGAA VWPLINQMNA SADVKAMASI FVDVSAVEVG TQLTVKWRGK PVFIRRRDEK DIELARSVP LGALRDTSAE NANKPGAEAT DENRTLPAFD GTNTGEWLVM LGVCTHLGCV PMGDKSGDFG GWFCPCHGSH Y DSAGRIRK GPAPRNLDIP VAAFVDETTI KLG

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分子 #2: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 49.386469 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MSGIPHDHYE PKTGIEKWLH DRLPIVGLVY DTIMIPTPKN LNWWWIWGIV LAFTLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRDVNG GWAMRYIHAN GASLFFLAVY IHIFRGLYYG SYKAPREITW IVGMVIYLLM MGTAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA ...文字列:
MSGIPHDHYE PKTGIEKWLH DRLPIVGLVY DTIMIPTPKN LNWWWIWGIV LAFTLVLQIV TGIVLAMHYT PHVDLAFASV EHIMRDVNG GWAMRYIHAN GASLFFLAVY IHIFRGLYYG SYKAPREITW IVGMVIYLLM MGTAFMGYVL PWGQMSFWGA T VITGLFGA IPGIGPSIQA WLLGGPAVDN ATLNRFFSLH YLLPFVIAAL VAIHIWAFHT TGNNNPTGVE VRRTSKADAE KD TLPFWPY FVIKDLFALA LVLLGFFAVV AYMPNYLGHP DNYVQANPLS TPAHIVPEWY FLPFYAILRA FAADVWVVIL VDG LTFGIV DAKFFGVIAM FGAIAVMALA PWLDTSKVRS GAYRPKFRMW FWFLVLDFVV LTWVGAMPTE YPYDWISLIA STYW FAYFL VILPLLGATE KPEPIPASIE EDFNSHYGNP AE

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分子 #3: Cytochrome c1

分子名称: Cytochrome c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhodobacter capsulatus (strain ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003) (バクテリア)
株: ATCC BAA-309 / NBRC 16581 / SB1003
分子量理論値: 30.352615 KDa
組換発現生物種: Rhodobacter capsulatus SB 1003 (バクテリア)
配列文字列: MKKLLISAVS ALVLGSGAAF ANSNVPDHAF SFEGIFGKYD QAQLRRGFQV YNEVCSACHG MKFVPIRTLA DDGGPQLDPT FVREYAAGL DTIIDKDSGE ERDRKETDMF PTRVGDGMGP DLSVMAKARA GFSGPAGSGM NQLFKGMGGP EYIYNYVIGF E ENPECAPE ...文字列:
MKKLLISAVS ALVLGSGAAF ANSNVPDHAF SFEGIFGKYD QAQLRRGFQV YNEVCSACHG MKFVPIRTLA DDGGPQLDPT FVREYAAGL DTIIDKDSGE ERDRKETDMF PTRVGDGMGP DLSVMAKARA GFSGPAGSGM NQLFKGMGGP EYIYNYVIGF E ENPECAPE GIDGYYYNKT FQIGGVPDTC KDAAGVKITH GSWARMPPPL VDDQVTYEDG TPATVDQMAQ DVSAFLMWAA EP KLVARKQ MGLVAMVMLG LLSVMLYLTN KRLWAPYKGH KA

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分子 #4: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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分子 #5: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 267467
CTF補正ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / ソフトウェア - 詳細: CTFFIND 4.1 was used
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 37997
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1zrt

精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 33 / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6xi0:
R. capsulatus cyt bc1 (CIII2) at 3.3A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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