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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-22185 | |||||||||
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タイトル | CueR-transcription activation complex with RNA transcript | |||||||||
マップデータ | CueR-transcription activation complex with RNA transcript | |||||||||
試料 |
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キーワード | Transcription activation / RNA polymerase / MerR-family / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 sigma factor antagonist complex / DNA-binding transcription activator activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / ribonucleoside binding ...sigma factor antagonist complex / DNA-binding transcription activator activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / protein-DNA complex / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / copper ion binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu B / Shi W | |||||||||
引用 | ジャーナル: iScience / 年: 2021 タイトル: Structural basis of copper-efflux-regulator-dependent transcription activation. 著者: Wei Shi / Baoyue Zhang / Yanan Jiang / Chang Liu / Wei Zhou / Ming Chen / Yang Yang / Yangbo Hu / Bin Liu / 要旨: The copper efflux regulator (CueR), a representative member of mercury resistance regulator (MerR) family metalloregulators, controls expression of copper homeostasis-regulating genes in bacteria. ...The copper efflux regulator (CueR), a representative member of mercury resistance regulator (MerR) family metalloregulators, controls expression of copper homeostasis-regulating genes in bacteria. The mechanism of transcription activation by CueR and other MerR family regulators is bending the spacer domain of promoter DNA. Here, we report the cryo-EM structures of the intact CueR-dependent transcription activation complexes. The structures show that CueR dimer bends the 19-bp promoter spacer to realign the -35 and -10 elements for recognition by σ-RNA polymerase holoenzyme and reveal a previously unreported interaction between the DNA-binding domain (DBD) from one CueR subunit and the σ nonconserved region (σNCR). Functional studies have shown that the CueR-σNCR interaction plays an auxiliary role in CueR-dependent transcription, assisting the activation mechanism of bending promoter DNA by CueR dimer. Because DBDs are highly conserved in sequence and structure, this transcription-activating mechanism could be generally used by MerR family regulators. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_22185.map.gz | 171.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-22185-v30.xml emd-22185.xml | 24.7 KB 24.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_22185.png | 76.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-22185.cif.gz | 8.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-22185 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_22185_validation.pdf.gz | 587.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_22185_full_validation.pdf.gz | 586.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_22185_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_22185_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22185 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-22185 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_22185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CueR-transcription activation complex with RNA transcript | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.89 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : CueR-TAC with RNA
+超分子 #1: CueR-TAC with RNA
+分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
+分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
+分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
+分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
+分子 #5: RNA polymerase sigma factor RpoD
+分子 #6: HTH-type transcriptional regulator CueR
+分子 #7: NONTEMPLATE STRAND DNA (54-MER)
+分子 #8: TEMPLATE STRAND DNA (54-MER)
+分子 #9: NASCENT RNA
+分子 #10: ZINC ION
+分子 #11: COPPER (II) ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4498 / 平均露光時間: 30.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 倍率(補正後): 96000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 96000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |