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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21908 | |||||||||
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タイトル | 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | |||||||||
マップデータ | 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | |||||||||
試料 |
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キーワード | 70S / ribosome / pathogen / antibiotic development / antibiotic resistant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding ...ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / zinc ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Enterococcus faecalis OG1RF (乳酸球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Jogl G / Khayat R | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020 タイトル: Cryo-electron microscopy structure of the 70S ribosome from Enterococcus faecalis. 著者: Eileen L Murphy / Kavindra V Singh / Bryant Avila / Torsten Kleffmann / Steven T Gregory / Barbara E Murray / Kurt L Krause / Reza Khayat / Gerwald Jogl / 要旨: Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ...Enterococcus faecalis is a gram-positive organism responsible for serious infections in humans, but as with many bacterial pathogens, resistance has rendered a number of commonly used antibiotics ineffective. Here, we report the cryo-EM structure of the E. faecalis 70S ribosome to a global resolution of 2.8 Å. Structural differences are clustered in peripheral and solvent exposed regions when compared with Escherichia coli, whereas functional centres, including antibiotic binding sites, are similar to other bacterial ribosomes. Comparison of intersubunit conformations among five classes obtained after three-dimensional classification identifies several rotated states. Large ribosomal subunit protein bL31, which forms intersubunit bridges to the small ribosomal subunit, assumes different conformations in the five classes, revealing how contacts to the small subunit are maintained throughout intersubunit rotation. A tRNA observed in one of the five classes is positioned in a chimeric pe/E position in a rotated ribosomal state. The 70S ribosome structure of E. faecalis now extends our knowledge of bacterial ribosome structures and may serve as a basis for the development of novel antibiotic compounds effective against this pathogen. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21908.map.gz | 301.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21908-v30.xml emd-21908.xml | 21.4 KB 21.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21908.png | 15 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21908.cif.gz | 6.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21908 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21908_validation.pdf.gz | 631 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21908_full_validation.pdf.gz | 630.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21908_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21908_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21908 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21908 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6wuaMC 0656C 0657C 0658C 0659C 0660C 6o8wC 6o8xC 6o8yC 6o8zC 6o90C 6w6pC 6wu9C 6wubC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21908.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 30S subunit (head) of 70S Ribosome Enterococcus faecalis MultiBody refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.097 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Enterococcus faecalis
+超分子 #1: Enterococcus faecalis
+分子 #1: 16S rRNA
+分子 #2: 30S ribosomal protein S3
+分子 #3: 30S ribosomal protein S7
+分子 #4: 30S ribosomal protein S9
+分子 #5: 30S ribosomal protein S10
+分子 #6: 30S ribosomal protein S13
+分子 #7: 30S ribosomal protein S14 type Z
+分子 #8: 30S ribosomal protein S19
+分子 #9: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Vol = 4 uL, BT = 4 sec, BF = 0, DT = 0, WT = 8 sec. |
詳細 | Sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 25.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) / 使用した粒子像数: 335675 |
初期 角度割当 | タイプ: COMMON LINE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 0.63) |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 177 / 当てはまり具合の基準: Correlation Coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-6wua: |