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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21871 | |||||||||
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タイトル | hnRNPA2 Low complexity domain (LCD) determined by cryoEM | |||||||||
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![]() | Ribinucleoprotein / RNA binding protein / Low complexity domain / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | ![]() : / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding ...: / miRNA transport / positive regulation of telomere maintenance via telomere lengthening / RNA transport / G-quadruplex DNA unwinding / primary miRNA processing / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / single-stranded telomeric DNA binding / G-rich strand telomeric DNA binding / miRNA binding / negative regulation of mRNA splicing, via spliceosome / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / mRNA transport / mRNA export from nucleus / Cajal body / pre-mRNA intronic binding / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / catalytic step 2 spliceosome / bioluminescence / mRNA Splicing - Major Pathway / molecular condensate scaffold activity / generation of precursor metabolites and energy / mRNA 3'-UTR binding / spliceosomal complex / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / mRNA processing / chromosome, telomeric region / ribonucleoprotein complex / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
![]() | Lu J / Cao Q | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of the low-complexity domain of hnRNPA2 and its conversion to pathogenic amyloid. 著者: Jiahui Lu / Qin Cao / Michael P Hughes / Michael R Sawaya / David R Boyer / Duilio Cascio / David S Eisenberg / ![]() 要旨: hnRNPA2 is a human ribonucleoprotein (RNP) involved in RNA metabolism. It forms fibrils both under cellular stress and in mutated form in neurodegenerative conditions. Previous work established that ...hnRNPA2 is a human ribonucleoprotein (RNP) involved in RNA metabolism. It forms fibrils both under cellular stress and in mutated form in neurodegenerative conditions. Previous work established that the C-terminal low-complexity domain (LCD) of hnRNPA2 fibrillizes under stress, and missense mutations in this domain are found in the disease multisystem proteinopathy (MSP). However, little is known at the atomic level about the hnRNPA2 LCD structure that is involved in those processes and how disease mutations cause structural change. Here we present the cryo-electron microscopy (cryoEM) structure of the hnRNPA2 LCD fibril core and demonstrate its capability to form a reversible hydrogel in vitro containing amyloid-like fibrils. Whereas these fibrils, like pathogenic amyloid, are formed from protein chains stacked into β-sheets by backbone hydrogen bonds, they display distinct structural differences: the chains are kinked, enabling non-covalent cross-linking of fibrils and disfavoring formation of pathogenic steric zippers. Both reversibility and energetic calculations suggest these fibrils are less stable than pathogenic amyloid. Moreover, the crystal structure of the disease-mutation-containing segment (D290V) of hnRNPA2 suggests that the replacement fundamentally alters the fibril structure to a more stable energetic state. These findings illuminate how molecular interactions promote protein fibril networks and how mutation can transform fibril structure from functional to a pathogenic form. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 7.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 141.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 566 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 565.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6wqkMC ![]() 6wpqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | ![]() Data size: 1.2 TB Data #1: Unaligned micrographs, 1.15e-/A^2/frame [micrographs - multiframe]) |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.064 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : heterogeneous nuclear ribonucleo-protein A2
全体 | 名称: heterogeneous nuclear ribonucleo-protein A2 |
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要素 |
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-超分子 #1: heterogeneous nuclear ribonucleo-protein A2
超分子 | 名称: heterogeneous nuclear ribonucleo-protein A2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: MCherry fluorescent protein,Heterogeneous nuclear ribonucleoprote...
分子 | 名称: MCherry fluorescent protein,Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 chimera タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.666625 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK ...文字列: MSYYHHHHHH DYDIPTTENL YFQGAMVSKG EEDNMAIIKE FMRFKVHMEG SVNGHEFEIE GEGEGRPYEG TQTAKLKVTK GGPLPFAWD ILSPQFMYGS KAYVKHPADI PDYLKLSFPE GFKWERVMNF EDGGVVTVTQ DSSLQDGEFI YKVKLRGTNF P SDGPVMQK KTMGWEASSE RMYPEDGALK GEIKQRLKLK DGGHYDAEVK TTYKAKKPVQ LPGAYNVNIK LDITSHNEDY TI VEQYERA EGRHSTGGMD ELYKAMDPMQ EVQSSRSGRG GNFGFGDSRG GGGNFGPGPG SNFRGGSDGY GSGRGFGDGY NGY GGGPGG GNFGGSPGYG GGRGGYGGGG PGYGNQGGGY GGGYDNYGGG NYGSGNYNDF GNYNQQPSNY GPMKSGNFGG SRNM GGPYG GGNYGPGGSG GSGGYGGRSR Y UniProtKB: MCherry fluorescent protein, Heterogeneous nuclear ribonucleoproteins A2/B1 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 IS (4k x 4k) / 平均電子線量: 1.15 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.81 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -2.88 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 132571 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: an elongated Gaussian blob |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |