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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-2183 | |||||||||
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タイトル | Structural basis for TetM-mediated tetracycline resistance | |||||||||
マップデータ | Cryo EM reconstruction of an E. coli 70S ribosome bound to ribosome protection protein TetM | |||||||||
試料 |
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キーワード | antibiotics / protein synthesis / resistance / ribosome / TetM / tetracycline / tigecycline / translation | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ribosome disassembly / translation / response to antibiotic / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Enterococcus faecalis (乳酸球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Doenhoefer A / Franckenberg S / Wickles S / Berninghausen O / Beckmann R / Wilson DN | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2012 タイトル: Structural basis for TetM-mediated tetracycline resistance. 著者: Alexandra Dönhöfer / Sibylle Franckenberg / Stephan Wickles / Otto Berninghausen / Roland Beckmann / Daniel N Wilson / 要旨: Ribosome protection proteins (RPPs) confer tetracycline resistance by binding to the ribosome and chasing the drug from its binding site. The current model for the mechanism of action of RPPs ...Ribosome protection proteins (RPPs) confer tetracycline resistance by binding to the ribosome and chasing the drug from its binding site. The current model for the mechanism of action of RPPs proposes that drug release is indirect and achieved via conformational changes within the drug-binding site induced upon binding of the RPP to the ribosome. Here we report a cryo-EM structure of the RPP TetM in complex with the 70S ribosome at 7.2-Å resolution. The structure reveals the contacts of TetM with the ribosome, including interaction between the conserved and functionally critical C-terminal extension of TetM and the decoding center of the small subunit. Moreover, we observe direct interaction between domain IV of TetM and the tetracycline binding site and identify residues critical for conferring tetracycline resistance. A model is presented whereby TetM directly dislodges tetracycline to confer resistance. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_2183.map.gz | 18.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-2183-v30.xml emd-2183.xml | 8.5 KB 8.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-2183.png | 165.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-2183 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_2183_validation.pdf.gz | 354.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_2183_full_validation.pdf.gz | 354.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_2183_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2183 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-2183 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_2183.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 185.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo EM reconstruction of an E. coli 70S ribosome bound to ribosome protection protein TetM | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2374 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli 70S ribosome in complex with ribosome protection...
全体 | 名称: Escherichia coli 70S ribosome in complex with ribosome protection protein TetM |
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要素 |
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-超分子 #1000: Escherichia coli 70S ribosome in complex with ribosome protection...
超分子 | 名称: Escherichia coli 70S ribosome in complex with ribosome protection protein TetM タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 2 |
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-超分子 #1: Escherichia coli 70S ribosome
超分子 | 名称: Escherichia coli 70S ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-prokaryote: ALL |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Tetracycline resistance protein TetM
分子 | 名称: Tetracycline resistance protein TetM / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: TetM / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Enterococcus faecalis (乳酸球菌) |
配列 | UniProtKB: Tetracycline resistance protein TetM from transposon Tn916 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.8 / 詳細: 20mM Hepes-KOH pH 7.8, 30 mM NH4Cl and 10 mM MgCl2 |
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グリッド | 詳細: Quantifoil grids (3/3) with 2 nm carbon on top |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 手法: Blot for 10 seconds before plunging, used 2 layers of filter paper |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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日付 | 2011年7月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) 平均電子線量: 20 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -3.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.0 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER 詳細: Sorting for ribosome conformation and ligand presence was performed 使用した粒子像数: 52701 |
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