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- EMDB-21605: Human open state TMEM175 in CsCl -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-21605
タイトルHuman open state TMEM175 in CsCl
マップデータHuman open state TMEM175 in CsCl
試料
  • 複合体: Human open state TMEM175 in CsCl
    • タンパク質・ペプチド: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
  • リガンド: CESIUM ION
  • リガンド: water
キーワードIon Channel / Lysosome / Potassium Channel / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis ...lysosomal lumen pH elevation / phagosome-lysosome fusion / regulation of lysosomal lumen pH / potassium ion leak channel activity / proton channel activity / arachidonate binding / potassium channel activity / potassium ion transmembrane transport / proton transmembrane transport / neuron cellular homeostasis / lysosome / endosome membrane / endosome / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Endosomal/lysomomal potassium channel TMEM175 / Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
類似検索 - ドメイン・相同性
Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.17 Å
データ登録者Oh S / Paknejad N
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P30 CA008748 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2020
タイトル: Gating and selectivity mechanisms for the lysosomal K channel TMEM175.
著者: SeCheol Oh / Navid Paknejad / Richard K Hite /
要旨: Transmembrane protein 175 (TMEM175) is a K-selective ion channel expressed in lysosomal membranes, where it establishes a membrane potential essential for lysosomal function and its dysregulation is ...Transmembrane protein 175 (TMEM175) is a K-selective ion channel expressed in lysosomal membranes, where it establishes a membrane potential essential for lysosomal function and its dysregulation is associated with the development of Parkinson's Disease. TMEM175 is evolutionarily distinct from all known channels, predicting novel ion-selectivity and gating mechanisms. Here we present cryo-EM structures of human TMEM175 in open and closed conformations, enabled by resolutions up to 2.6 Å. Human TMEM175 adopts a homodimeric architecture with a central ion-conduction pore lined by the side chains of the pore-lining helices. Conserved isoleucine residues in the center of the pore serve as the gate in the closed conformation. In the widened channel in the open conformation, these same residues establish a constriction essential for K selectivity. These studies reveal the mechanisms of permeation, selectivity and gating and lay the groundwork for understanding the role of TMEM175 in lysosomal function.
履歴
登録2020年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月15日-
マップ公開2020年4月15日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6wcb
  • 表面レベル: 1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_21605.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21605.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Human open state TMEM175 in CsCl
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.09 Å/pix.
x 93 pix.
= 101.184 Å		1.09 Å/pix.
x 79 pix.
= 85.952 Å		1.09 Å/pix.
x 69 pix.
= 75.072 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.088 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0 / ムービー #1: 1
最小 - 最大-7.3546176 - 11.586823000000001
平均 (標準偏差)-0.000000000025764 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin899482
サイズ796993
Spacing937969
セルA: 101.184006 Å / B: 85.952 Å / C: 75.07201 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0881.0881.088
M x/y/z937969
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z101.18485.95275.072
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ828994
NX/NY/NZ937969
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS948982
NC/NR/NS697993
D min/max/mean-7.35511.587-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human open state TMEM175 in CsCl

全体名称: Human open state TMEM175 in CsCl
要素
  • 複合体: Human open state TMEM175 in CsCl
    • タンパク質・ペプチド: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175
  • リガンド: CESIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: Human open state TMEM175 in CsCl

超分子名称: Human open state TMEM175 in CsCl / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175

分子名称: Endosomal/lysosomal potassium channel TMEM175 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.667219 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL ...文字列:
MSQPRTPEQA LDTPGDCPPG RRDEDAGEGI QCSQRMLSFS DALLSIIATV MILPVTHTEI SPEQQFDRSV QRLLATRIAV YLMTFLIVT VAWAAHTRLF QVVGKTDDTL ALLNLACMMT ITFLPYTFSL MVTFPDVPLG IFLFCVCVIA IGVVQALIVG Y AFHFPHLL SPQIQRSAHR ALYRRHVLGI VLQGPALCFA AAIFSLFFVP LSYLLMVTVI LLPYVSKVTG WCRDRLLGHR EP SAHPVEV FSFDLHEPLS KERVEAFSDG VYAIVATLLI LDICEDNVPD PKDVKERFSG SLVAALSATG PRFLAYFGSF ATV GLLWFA HHSLFLHVRK ATRAMGLLNT LSLAFVGGLP LAYQQTSAFA RQPRDELERV RVSCTIIFLA SIFQLAMWTT ALLH QAETL QPSVWFGGRE HVLMFAKLAL YPCASLLAFA STCLLSRFSV GIFHLMQIAV PCAFLLLRLL VGLALATLRV LRGLA RPEH PPPAPTGQDD PQSQLLPAPC

UniProtKB: Endosomal/lysosomal proton channel TMEM175

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分子 #2: CESIUM ION

分子名称: CESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 7 / 式: CS
分子量理論値: 132.905 Da

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分子 #3: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 40 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称式
0.1 %lauryl maltose neopentyl glycol
50.0 mMTris pH 8.0
150.0 mMCesium ChlorideCsCl
2.0 mMDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot for 4 seconds prior to plunging.
詳細Dimeric channels

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 4275219
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC v2 ab initio
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.17 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 使用した粒子像数: 94653
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2.12) / 詳細: Heterogenous refinement in cryosparc

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: FSC
得られたモデル

PDB-6wcb:
Human open state TMEM175 in CsCl

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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