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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21579 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM of the S. solfataricus pilus | |||||||||
マップデータ | cryo-EM of the S. solfataricus pilus | |||||||||
試料 |
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キーワード | helical symmetry / archaeal pilus / Type IV pilus / PROTEIN FIBRIL | |||||||||
機能・相同性 | membrane / DUF973 family protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Saccharolobus solfataricus (古細菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Baquero DP | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: The structures of two archaeal type IV pili illuminate evolutionary relationships. 著者: Fengbin Wang / Diana P Baquero / Zhangli Su / Leticia C Beltran / David Prangishvili / Mart Krupovic / Edward H Egelman / 要旨: We have determined the cryo-electron microscopic (cryo-EM) structures of two archaeal type IV pili (T4P), from Pyrobaculum arsenaticum and Saccharolobus solfataricus, at 3.8 Å and 3.4 Å ...We have determined the cryo-electron microscopic (cryo-EM) structures of two archaeal type IV pili (T4P), from Pyrobaculum arsenaticum and Saccharolobus solfataricus, at 3.8 Å and 3.4 Å resolution, respectively. This triples the number of high resolution archaeal T4P structures, and allows us to pinpoint the evolutionary divergence of bacterial T4P, archaeal T4P and archaeal flagellar filaments. We suggest that extensive glycosylation previously observed in T4P of Sulfolobus islandicus is a response to an acidic environment, as at even higher temperatures in a neutral environment much less glycosylation is present for Pyrobaculum than for Sulfolobus and Saccharolobus pili. Consequently, the Pyrobaculum filaments do not display the remarkable stability of the Sulfolobus filaments in vitro. We identify the Saccharolobus and Pyrobaculum T4P as host receptors recognized by rudivirus SSRV1 and tristromavirus PFV2, respectively. Our results illuminate the evolutionary relationships among bacterial and archaeal T4P filaments and provide insights into archaeal virus-host interactions. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21579.map.gz | 68.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21579-v30.xml emd-21579.xml | 9 KB 9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_21579.png | 156.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-21579.cif.gz | 4.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21579 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21579_validation.pdf.gz | 528.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21579_full_validation.pdf.gz | 528 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21579_validation.xml.gz | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21579_validation.cif.gz | 7.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21579 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21579 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21579.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | cryo-EM of the S. solfataricus pilus | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.08 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus solfataricus pilus
全体 | 名称: Sulfolobus solfataricus pilus |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfolobus solfataricus pilus
超分子 | 名称: Sulfolobus solfataricus pilus / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) |
-分子 #1: pilin
分子 | 名称: pilin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 33 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Saccharolobus solfataricus (古細菌) |
分子量 | 理論値: 12.854739 KDa |
配列 | 文字列: LSGAVTALIL VIASVIIALV VVGFAFGLFG AFTGQGTVAQ VGTATLSAST LTLTVTLKNT GASTQVTGVL INGNSGSVSG MTTISAGVN TYTITISIGS ISTTLRGLVG STISLTLILS NGETVTVSAI VTS UniProtKB: DUF973 family protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 6 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.97404 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 104.573 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: OTHER / 詳細: MODEL:MAP FSC, D99, MAP:MAP FSC / 使用した粒子像数: 579710 |
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初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: averaged cylinder using all segments, with random azimuthal angles |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |