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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21368 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the wild-type human serotonin transporter complexed with paroxetine and 8B6 Fab | |||||||||
マップデータ | sharpened map | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP ...negative regulation of cerebellar granule cell precursor proliferation / regulation of thalamus size / serotonergic synapse / Serotonin clearance from the synaptic cleft / positive regulation of serotonin secretion / cocaine binding / negative regulation of synaptic transmission, dopaminergic / sperm ejaculation / serotonin:sodium:chloride symporter activity / cellular response to cGMP / sodium ion binding / enteric nervous system development / negative regulation of organ growth / serotonin uptake / neurotransmitter transmembrane transporter activity / serotonin binding / monoamine transmembrane transporter activity / monoamine transport / conditioned place preference / vasoconstriction / brain morphogenesis / antiporter activity / neurotransmitter transport / syntaxin-1 binding / amino acid transport / nitric-oxide synthase binding / behavioral response to cocaine / membrane depolarization / social behavior / negative regulation of neuron differentiation / sodium ion transmembrane transport / endomembrane system / positive regulation of cell cycle / cellular response to retinoic acid / monoatomic cation channel activity / response to nutrient / platelet aggregation / memory / response to toxic substance / circadian rhythm / actin filament binding / integrin binding / response to estradiol / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / response to hypoxia / endosome membrane / neuron projection / response to xenobiotic stimulus / membrane raft / focal adhesion / synapse / positive regulation of gene expression / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Coleman JA / Navratna V / Yang D | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2020 タイトル: Chemical and structural investigation of the paroxetine-human serotonin transporter complex. 著者: Jonathan A Coleman / Vikas Navratna / Daniele Antermite / Dongxue Yang / James A Bull / Eric Gouaux / 要旨: Antidepressants target the serotonin transporter (SERT) by inhibiting serotonin reuptake. Structural and biochemical studies aiming to understand binding of small-molecules to conformationally ...Antidepressants target the serotonin transporter (SERT) by inhibiting serotonin reuptake. Structural and biochemical studies aiming to understand binding of small-molecules to conformationally dynamic transporters like SERT often require thermostabilizing mutations and antibodies to stabilize a specific conformation, leading to questions about relationships of these structures to the bonafide conformation and inhibitor binding poses of wild-type transporter. To address these concerns, we determined the structures of ∆N72/∆C13 and ts2-inactive SERT bound to paroxetine analogues using single-particle cryo-EM and x-ray crystallography, respectively. We synthesized enantiopure analogues of paroxetine containing either bromine or iodine instead of fluorine. We exploited the anomalous scattering of bromine and iodine to define the pose of these inhibitors and investigated inhibitor binding to Asn177 mutants of ts2-active SERT. These studies provide mutually consistent insights into how paroxetine and its analogues bind to the central substrate-binding site of SERT, stabilize the outward-open conformation, and inhibit serotonin transport. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_21368.map.gz | 226.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-21368-v30.xml emd-21368.xml | 23.8 KB 23.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_21368_fsc.xml | 15.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_21368.png | 54 KB | ||
その他 | emd_21368_additional.map.gz emd_21368_half_map_1.map.gz emd_21368_half_map_2.map.gz | 226.1 MB 57.1 MB 57.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-21368 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_21368_validation.pdf.gz | 686.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_21368_full_validation.pdf.gz | 685.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_21368_validation.xml.gz | 22 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_21368_validation.cif.gz | 28.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21368 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-21368 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6vrhMC 6vrkC 6vrlC 6w2bC 6w2cC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10380 (タイトル: Single particle cryo electron microscopy of the human serotonin transporter bound with paroxetine and in complex with 8B6 Fab Data size: 2.7 TB Data #1: Dataset 1 unaligned multi-frame micrographs of SERT-8B6 Fab complex bound to paroxetine [micrographs - multiframe] Data #2: Dataset 2 unaligned multi-frame micrographs of SERT-8B6 Fab complex bound to paroxetine [micrographs - multiframe] Data #3: Aligned micrographs of the SERT-8B6 paroxetine Fab complex bound to paroxetine [micrographs - single frame] Data #4: Particle stack of the SERT-8B6 paroxetine Fab complex bound to paroxetine [picked particles - multiframe - unprocessed]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_21368.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.648 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_21368_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap1
ファイル | emd_21368_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: halfmap2
ファイル | emd_21368_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | halfmap2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : serotonin transporter 8B6 Fab complex
+超分子 #1: serotonin transporter 8B6 Fab complex
+超分子 #2: serotonin transporter
+超分子 #3: 8B6 antibody
+分子 #1: Sodium-dependent serotonin transporter
+分子 #2: 8B6 antibody, light chain
+分子 #3: 8B6 antibody, heavy chain
+分子 #4: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
+分子 #5: Paroxetine
+分子 #6: CHLORIDE ION
+分子 #7: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 4 mg/mL | ||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | ||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE | ||||||||||
詳細 | monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 57.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |