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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-21202 | |||||||||
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タイトル | 1.4A low-dose structure of GSNQNNF determined from initial phases generated using radiation damage | |||||||||
![]() | 2mFo-dFc map for GSNQNNF built from initial phases generated by radiation damage | |||||||||
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![]() | MicroED / damage / phasing / RIP / protein fibril | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 1.4 Å | |||||||||
![]() | Martynowycz MW / Hattne J | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Experimental Phasing of MicroED Data Using Radiation Damage. 著者: Michael W Martynowycz / Johan Hattne / Tamir Gonen / ![]() 要旨: We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present ...We previously demonstrated that microcrystal electron diffraction (MicroED) can be used to determine atomic-resolution structures from vanishingly small three-dimensional crystals. Here, we present an example of an experimentally phased structure using only MicroED data. The structure of a seven-residue peptide is solved starting from differences to the diffraction intensities induced by structural changes due to radiation damage. The same wedge of reciprocal space was recorded twice by continuous-rotation MicroED from a set of 11 individual crystals. The data from the first pass were merged to make a "low-dose dataset." The data from the second pass were similarly merged to form a "damaged dataset." Differences between these two datasets were used to identify a single heavy-atom site from a Patterson difference map, and initial phases were generated. Finally, the structure was completed by iterative cycles of modeling and refinement. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 157.5 KB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 13.4 KB 13.4 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 94.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5 KB | ||
Filedesc structureFactors | ![]() | 60.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | 2mFo-dFc map for GSNQNNF built from initial phases generated by radiation damage | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X: 0.40667 Å / Y: 0.44281 Å / Z: 0.4405 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Synthetic proto-filament
全体 | 名称: Synthetic proto-filament |
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要素 |
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-超分子 #1: Synthetic proto-filament
超分子 | 名称: Synthetic proto-filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 899.141 Da |
-分子 #1: GSNQNNF
分子 | 名称: GSNQNNF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 779.756 Da |
配列 | 文字列: GSNQNNF |
-分子 #2: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #3: ACETATE ION
分子 | 名称: ACETATE ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ACT |
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分子量 | 理論値: 59.044 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ACT: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 電子線結晶学 |
試料の集合状態 | 3D array |
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試料調製
濃度 | 10 mg/mL | |||||||||
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緩衝液 | pH: 6 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 30 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||
詳細 | Hanging drop. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F416 (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 2048 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 2048 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 736 / 回折像の数: 736 / 平均露光時間: 2.1 sec. / 平均電子線量: 0.00588 e/Å2 / 詳細: Images collected as movies. |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: DIFFRACTION / カメラ長: 730 mm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
詳細 | Rolling shutter and binned by 2. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 1.4 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES |
Crystallography statistics | Number intensities measured: 6026 / Number structure factors: 713 / Fourier space coverage: 77.2 / R sym: 0.219 / R merge: 0.208 / Overall phase error: 24 / Overall phase residual: 24 / Phase error rejection criteria: 0 / High resolution: 1.4 Å 詳細: Initial phases were obtained by taking the difference between the low-dose and damaged set, and locating the zinc atom to generate experimental phases. 殻 - Shell ID: 1 / 殻 - High resolution: 14.0 Å / 殻 - Low resolution: 1.4 Å / 殻 - Number structure factors: 713 / 殻 - Phase residual: 24 / 殻 - Fourier space coverage: 77.2 / 殻 - Multiplicity: 8.5 |