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万見
- EMDB-20283: Active State of Manduca sexta soluble Guanylate Cyclase -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20283
タイトルActive State of Manduca sexta soluble Guanylate Cyclase
マップデータMap of the Active Ms sGC dimer
試料
  • 複合体: Active state of heterodimeric Ms sGC
    • タンパク質・ペプチド: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
キーワードNitric oxide / cyclase / H-NOX / stimulator / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


guanylate cyclase / guanylate cyclase complex, soluble / guanylate cyclase activity / response to oxygen levels / cGMP-mediated signaling / heme binding / GTP binding
類似検索 - 分子機能
Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain ...Haem NO binding associated domain superfamily / Haem NO binding associated / Heme NO binding associated / Heme NO-binding / H-NOX domain superfamily / Haem-NO-binding / Adenylyl cyclase class-4/guanylyl cyclase, conserved site / Guanylate cyclase signature. / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / Adenylyl- / guanylyl cyclase, catalytic domain / Adenylyl cyclase class-3/4/guanylyl cyclase / Adenylate and Guanylate cyclase catalytic domain / Guanylate cyclase domain profile. / Nucleotide cyclase
類似検索 - ドメイン・相同性
guanylate cyclase / Guanylate cyclase soluble subunit beta-1
類似検索 - 構成要素
生物種Manduca sexta (蝶・蛾)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.8 Å
データ登録者Yokom AL / Horst BG
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: Allosteric activation of the nitric oxide receptor soluble guanylate cyclase mapped by cryo-electron microscopy.
著者: Benjamin G Horst / Adam L Yokom / Daniel J Rosenberg / Kyle L Morris / Michal Hammel / James H Hurley / Michael A Marletta /
要旨: Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO) in mammalian nitric oxide signaling. We determined structures of full-length sGC in both inactive and active states ...Soluble guanylate cyclase (sGC) is the primary receptor for nitric oxide (NO) in mammalian nitric oxide signaling. We determined structures of full-length sGC in both inactive and active states using cryo-electron microscopy. NO and the sGC-specific stimulator YC-1 induce a 71° rotation of the heme-binding β H-NOX and PAS domains. Repositioning of the β H-NOX domain leads to a straightening of the coiled-coil domains, which, in turn, use the motion to move the catalytic domains into an active conformation. YC-1 binds directly between the β H-NOX domain and the two CC domains. The structural elongation of the particle observed in cryo-EM was corroborated in solution using small angle X-ray scattering (SAXS). These structures delineate the endpoints of the allosteric transition responsible for the major cyclic GMP-dependent physiological effects of NO.
履歴
登録2019年6月11日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月10日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6pat
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20283.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20283.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map of the Active Ms sGC dimer
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.137 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-2.0826836 - 3.3797805
平均 (標準偏差)0.003689861 (±0.061063442)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 291.072 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.1371.1371.137
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z291.072291.072291.072
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-2.0833.3800.004

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添付データ

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ハーフマップ: Half Map 2 of the Active Ms sGC

ファイルemd_20283_half_map_1.map
注釈Half Map 2 of the Active Ms sGC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half Map 1 of the Active Ms sGC dimer

ファイルemd_20283_half_map_2.map
注釈Half Map 1 of the Active Ms sGC dimer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Active state of heterodimeric Ms sGC

全体名称: Active state of heterodimeric Ms sGC
要素
  • 複合体: Active state of heterodimeric Ms sGC
    • タンパク質・ペプチド: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit
    • タンパク質・ペプチド: Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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超分子 #1: Active state of heterodimeric Ms sGC

超分子名称: Active state of heterodimeric Ms sGC / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Manduca sexta (蝶・蛾)

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分子 #1: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit

分子名称: Soluble guanylyl cyclase alpha-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Manduca sexta (蝶・蛾)
分子量理論値: 78.598727 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列: MTCPFRRASS QHQFANGGSS APKKPEFRSR TSSVHLTGPE EEDGERNTLT LKHMSEALQL LTAPSNECLH AAVTSLTKNQ SDHYHKYNC LRRLPDDVKT CRNYAYLQEI YDAVRATDSV NTKDFMAKLG EYLILTAFSH NCRLERAFKC LGTNLTEFLT T LDSVHDVL ...文字列:
MTCPFRRASS QHQFANGGSS APKKPEFRSR TSSVHLTGPE EEDGERNTLT LKHMSEALQL LTAPSNECLH AAVTSLTKNQ SDHYHKYNC LRRLPDDVKT CRNYAYLQEI YDAVRATDSV NTKDFMAKLG EYLILTAFSH NCRLERAFKC LGTNLTEFLT T LDSVHDVL HDQDTPLKDE TMEYEANFVC TTSQEGKIQL HLTTESEPVA YLLVGSLKAI AKRLYDTQTD IRLRSYTNDP RR FRYEINA VPLHQKSKED SCELVNEAAS VATSTKVTDL KIGVASFCKA FPWHFITDKR LELVQLGAGF MRLFGTHLAT HGS SLGTYF RLLRPRGVPL DFREILKRVN TPFMFCLKMP GSTALAEGLE IKGQMVFCAE SDSLLFVGSP FLDGLEGLTG RGLF ISDIP LHDATRDVIL VGEQARAQDG LRRRMDKLKN SIEEASKAVD KEREKNVSLL HLIFPPHIAK RLWLGEKIEA KSHDD VTML FSDIVGFTSI CATATPMMVI AMLEDLYSVF DIFCEELDVY KVETIGDAYC VASGLHRKVE THAPQIAWMA LRMVET CAQ HLTHEGNPIK MRIGLHTGTV LAGVVGKTML KYCLFGHNVT LANKFESGSE PLKINVSPTT YEWLIKFPGF DMEPRDR SC LPNSFPKDIH GTCYFLHKYT HPGTDPGEPQ VKHIREALKD YGIGQANSTD VDTEEPT

UniProtKB: guanylate cyclase

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分子 #2: Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit

分子名称: Soluble guanylyl cyclase beta-1 subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Manduca sexta (蝶・蛾)
分子量理論値: 68.182 KDa
組換発現生物種: Spodoptera aff. frugiperda 2 RZ-2014 (蝶・蛾)
配列文字列: MYGFVNYALE LLVMKTFDEE TWETIKKKAD VAMEGSFLVR QIYEDEITYN LITAAVEVLQ IPADAILELF GKTFFEFCQD SGYDKILQV LGATPRDFLQ NLDGLHDHLG TLYPGMRSPS FRCTERPEDG ALVLHYYSDR PGLEHIVIGI VKTVASKLHN T EVKVEILK ...文字列:
MYGFVNYALE LLVMKTFDEE TWETIKKKAD VAMEGSFLVR QIYEDEITYN LITAAVEVLQ IPADAILELF GKTFFEFCQD SGYDKILQV LGATPRDFLQ NLDGLHDHLG TLYPGMRSPS FRCTERPEDG ALVLHYYSDR PGLEHIVIGI VKTVASKLHN T EVKVEILK TKEECDHVQF LITETSTTGR VSAPEIAEIE TLSLEPKVSP ATFCRVFPFH LMFDRDLNIV QAGRTVSRLL PR VTRPGCK ITDVLDTVRP HLEMTFANVL AHINTVYVLK TKPEEMSVTD PHEEIASLRL KGQMLYIPET DVVVFQCYPS VTN LDDLTR RGLCIADIPL HDATRDLVLM SEQFEADYKL TQNLEVLTDK LQQTFRELEL EKQKTDRLLY SVLPISVATE LRHR RPVPA RRYDTVTLLF SGIVGFANYC ARNSDHKGAM KIVRMLNDLY TAFDVLTDPK RNPNVYKVET VGDKYMAVSG LPEYE VAHA KHISLLALDM MDLSQTVTVD GEPVGITIGI HSGEVVTGVI GHRMPRYCLF GNTVNLTSRC ETTGVPGTIN VSEDTY NYL MREDNHDEQF ELTYRGHVTM KGKAEPMQTW FLTRKIH

UniProtKB: Guanylate cyclase soluble subunit beta-1

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分子 #3: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40469
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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