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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1984 | |||||||||
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タイトル | Symmetrized cryo-EM reconstruction of E. coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein | |||||||||
マップデータ | Symmetrized cryo-EM reconstruction of Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein substrates | |||||||||
試料 |
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キーワード | Chaperone / Protease | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 peptidase Do / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / proteolysis involved in protein catabolic process / peptidase activity / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) / Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Malet H / Canellas F / Sawa J / Yan J / Thalassinos K / Ehrmann M / Clausen T / Saibil HR | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2012 タイトル: Newly folded substrates inside the molecular cage of the HtrA chaperone DegQ. 著者: Hélène Malet / Flavia Canellas / Justyna Sawa / Jun Yan / Konstantinos Thalassinos / Michael Ehrmann / Tim Clausen / Helen R Saibil / 要旨: The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA ...The HtrA protein family combines chaperone and protease activities and is essential for protein quality control in many organisms. Whereas the mechanisms underlying the proteolytic function of HtrA proteins are well characterized, their chaperone activity remains poorly understood. Here we describe cryo-EM structures of Escherichia coli DegQ in its 12- and 24-mer states in complex with model substrates, providing a structural model of HtrA chaperone action. Up to six lysozyme substrates bind inside the DegQ 12-mer cage and are visualized in a close-to-native state. An asymmetric reconstruction reveals the binding of a well-ordered lysozyme to four DegQ protomers. DegQ PDZ domains are located adjacent to substrate density and their presence is required for chaperone activity. The substrate-interacting regions appear conserved in 12- and 24-mer cages, suggesting a common mechanism of chaperone function. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1984.map.gz | 8.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1984-v30.xml emd-1984.xml | 14 KB 14 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1984.gif | 70.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1984 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1984 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1984_validation.pdf.gz | 227.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1984_full_validation.pdf.gz | 226.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1984_validation.xml.gz | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1984 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1984 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1984.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Symmetrized cryo-EM reconstruction of Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein substrates | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein
全体 | 名称: Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein |
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要素 |
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-超分子 #1000: Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein
超分子 | 名称: Escherichia coli DegQ 24-mer in complex with beta-casein タイプ: sample / ID: 1000 詳細: The exact molecular weight of the complex is unknown as it is not known how many beta-casein substrates are bound 集合状態: Beta-casein monomers bound to one DegQ 24-mer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 1.1 MDa / 理論値: 1.1 MDa / 手法: Size exclusion chromatography |
-分子 #1: DegQ
分子 | 名称: DegQ / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: DegQ / コピー数: 24 / 集合状態: 24-mer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 細胞中の位置: Periplasm |
分子量 | 実験値: 45 KDa / 理論値: 45 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 組換プラスミド: pET26b |
-分子 #2: Beta-casein
分子 | 名称: Beta-casein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: Beta-casein / 集合状態: Monomer / 組換発現: No |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) / 別称: Bovine |
分子量 | 実験値: 24 KDa / 理論値: 24 KDa |
配列 | InterPro: Casein, beta |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 20 mM HEPES/NaOH, 150 mM NaCl |
グリッド | 詳細: C-flat grids (CF-2/2-4C-100 Protochips) |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Manual plunger / 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TECNAI F20 |
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温度 | 最低: 90 K / 最高: 92 K / 平均: 91 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 150,000 times magnification Legacy - Electron beam tilt params: 0 |
詳細 | Low dose mode |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 実像数: 100 / 平均電子線量: 15 e/Å2 / ビット/ピクセル: 8 |
Tilt angle min | 0 |
Tilt angle max | 0 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 50000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Single tilt cryo / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN |
実験機器 | モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping, full CTF correction |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: O (正8面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC-5, SPIDER / 使用した粒子像数: 9848 |
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Flex-EM |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body and flexible fitting. Protease and PDZ1 trimers extracted from pdb entry 3STJ. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy |
得られたモデル | PDB-4a9g: |
-原子モデル構築 2
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: B |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Flex-EM |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body and flexible fitting. Protease and PDZ1 trimers extracted from pdb entry 3STJ. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy |
得られたモデル | PDB-4a9g: |
-原子モデル構築 3
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: C |
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ソフトウェア | 名称: Chimera, Flex-EM |
詳細 | PDBEntryID_givenInChain. Protocol: Rigid body and flexible fitting. Protease and PDZ1 trimers extracted from pdb entry 3STJ. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy |
得られたモデル | PDB-4a9g: |
-原子モデル構築 4
初期モデル | PDB ID: |
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ソフトウェア | 名称: MODELLER, Chimera, Flex-EM |
詳細 | Protocol: Rigid body. PDZ2 domain modelled with MODELLER from E. coli DegP pdb entry 3CS0. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Cross-correlation, energy |
得られたモデル | PDB-4a9g: |