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- EMDB-19804: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conf... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19804
タイトルStructure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1)
マップデータFor optimal visualization of eIF2beta, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level.
試料
  • 複合体: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: x 1種
      • タンパク質・ペプチド: x 34種
    • 複合体: tRNA
      • RNA: x 1種
    • 複合体: Initiation factor eIF1A
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
    • 複合体: Initiation factor eIF2
      • タンパク質・ペプチド: x 3種
    • 複合体: mRNA
      • RNA: x 1種
  • リガンド: x 5種
キーワードribosome / translation / initiation factors / 40S / eIF1A / AUC codon / eIF2 / tRNAi / 48S PIC / small ribosome subunit
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase ...formation of translation initiation ternary complex / Recycling of eIF2:GDP / Cellular response to mitochondrial stress / ABC-family proteins mediated transport / methionyl-initiator methionine tRNA binding / translation reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / multi-eIF complex / protein-synthesizing GTPase / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / positive regulation of translational fidelity / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal small subunit binding / 90S preribosome / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / translation initiation factor binding / translation initiation factor activity / rescue of stalled ribosome / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / small-subunit processome / translational initiation / protein kinase C binding / modification-dependent protein catabolic process / cytoplasmic stress granule / protein tag activity / rRNA processing / ribosomal small subunit biogenesis / double-stranded RNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosome binding / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / protein ubiquitination / translation / ribonucleoprotein complex / positive regulation of protein phosphorylation / GTPase activity / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / GTP binding / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) ...Translation initiation factor IF2/IF5 domain / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Translation initiation factor IF2/IF5 / Domain found in IF2B/IF5 / domain present in translation initiation factor eIF2B and eIF5 / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / IF2a, S1-like domain / Eukaryotic translation initiation factor 2 alpha subunit / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / Initiation factor eIF2 gamma, domain 2 / Initiation factor eIF2 gamma, GTP-binding domain / Initiation factor eIF2 gamma, C terminal / : / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / S1 domain profile. / : / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S21e signature. / : / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / S27a-like superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S25 / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S30 / : / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3Ae signature. / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S27e signature. / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e signature. / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S8e signature. / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal S17 / : / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal protein S24e signature. / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S4e, N-terminal / RS4NT (NUC023) domain / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal_S17 N-terminal / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal family S4e / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S6e signature. / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S24e
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p ...KLLA0B11231p / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) / Kluyveromyces lactis (酵母) / Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Villamayor-Belinchon L / Sharma P / Llacer JL / Hussain T
資金援助 スペイン, インド, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2020-116880GB-I00 スペイン
Department of Biotechnology (DBT, India)IA/I/17/2/503313 インド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: Structural basis of AUC codon discrimination during translation initiation in yeast.
著者: Laura Villamayor-Belinchón / Prafful Sharma / Yuliya Gordiyenko / Jose L Llácer / Tanweer Hussain /
要旨: In eukaryotic translation initiation, the 48S preinitiation complex (PIC) scans the 5' untranslated region of mRNAs to search for the cognate start codon (AUG) with assistance from various ...In eukaryotic translation initiation, the 48S preinitiation complex (PIC) scans the 5' untranslated region of mRNAs to search for the cognate start codon (AUG) with assistance from various eukaryotic initiation factors (eIFs). Cognate start codon recognition is precise, rejecting near-cognate codons with a single base difference. However, the structural basis of discrimination of near-cognate start codons was not known. We have captured multiple yeast 48S PICs with a near-cognate AUC codon at the P-site, revealing that the AUC codon induces instability in the codon-anticodon at the P-site, leading to a disordered N-terminal tail of eIF1A. Following eIF1 dissociation, the N-terminal domain of eIF5 fails to occupy the vacant eIF1 position, and eIF2β becomes flexible. Consequently, 48S with an AUC codon is less favourable for initiation. Furthermore, we observe hitherto unreported metastable states of the eIF2-GTP-Met-tRNAMet ternary complex, where the eIF2β helix-turn-helix domain may facilitate eIF5 association by preventing eIF1 rebinding to 48S PIC. Finally, a swivelled head conformation of 48S PIC appears crucial for discriminating incorrect and selection of the correct codon-anticodon pair during translation initiation.
履歴
登録2024年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19804.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈For optimal visualization of eIF2beta, gauss-filter the map by 1.34 and display it at 0.02 contour level.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 402. Å		1.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 402. Å		1.34 Å/pix.
x 300 pix.
= 402. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.07
最小 - 最大-0.3460343 - 0.5055051
平均 (標準偏差)0.000015234079 (±0.02605086)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 402.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19804_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conf...

全体名称: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation
要素
  • 複合体: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation
    • 複合体: Ribosome
      • RNA: 18S ribosomal RNA
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS2
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS1
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS5
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S4
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS6
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S7
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S8
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E23673p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A10483p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F18040p
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS11
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S21
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS8
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B11231p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S24
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S26
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S27
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S30
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein L41-A
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S3
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0D10659p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B08173p
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S12
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0F07843p
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS9
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01474p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0B01562p
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0A07194p
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS10
      • タンパク質・ペプチド: 40S ribosomal protein S25
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS28
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein uS14
      • タンパク質・ペプチド: Small ribosomal subunit protein eS31
      • タンパク質・ペプチド: KLLA0E12277p
    • 複合体: tRNA
      • RNA: Met-tRNAi
    • 複合体: Initiation factor eIF1A
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 1A
    • 複合体: Initiation factor eIF2
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
      • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
    • 複合体: mRNA
      • RNA: mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3')
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER
  • リガンド: METHIONINE
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conf...

超分子名称: Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#41
分子量理論値: 1.8 MDa

+
超分子 #2: Ribosome

超分子名称: Ribosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (strain ATCC 8585 / CBS 2359 / DSM 70799 / NBRC 1267 / NRRL Y-1140 / WM37) (酵母)

+
超分子 #3: tRNA

超分子名称: tRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #38
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #4: Initiation factor eIF1A

超分子名称: Initiation factor eIF1A / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #36
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #5: Initiation factor eIF2

超分子名称: Initiation factor eIF2 / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #39-#41
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)

+
超分子 #6: mRNA

超分子名称: mRNA / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #37
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)

+
分子 #1: 18S ribosomal RNA

分子名称: 18S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 579.454875 KDa
配列文字列: UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA (PSU)UUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAA UU ...文字列:
UAUCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGUCAUAUG CUUGUCUCAA AGAUUAAGCC AUGCAUGUCU AAGUAUAAGC AAUUUAUACA GUGAAACUG CGAAUGGCUC AUUAAAUCAG UUAUCGUUUA (PSU)UUGAUAGUU CCUUUACUAC AUGGAUAUCU GUGGUAA UU CUAGAGCUAA UACAUGCUUA AAAUCUCGAC CCUUUGGAAG AGAUGUAUUU AUUAGAUAAA AAAUCAAUGU CUUCGGAC U CCUUGAUGAU UCAUAAUAAC UUUUCGAAUC GCAUGGCCUU GUGCUGGCGA UGGUUCAUUC AAAUUUCUGC CCUAUCAAC UUUCGAUGGU AGGAUAGUGG CCUACCAUGG UUUCAACGGG UAACGGGGAA UAAGGGUUCG AUUCCGGAGA GGGAGCCUGA GAAACGGCU ACCACAUCCA AGGAAGGCAG CAGGCGCGCA AAUUACCCAA UCCUAAUUCA GGGAGGUAG(PSU) GACAAUA AA UAACGAUACA GGGCCCAUUC GGGUCUUGUA AUUGGAAUGA GUACAAUGUA AAUACCUUAA CGAGGAACAA CUGGAGGG C AAGUCUGGUG CCAGCAGCCG CGGUAAUUCC AGCUCCAGUA GCGUAUAUUA AAGUUGUUGC AGUUAAAAAG CUCGUAGUU GAACUUUGGG UCUGGUUGUC CGGUCCGACU UUAUGUCGCG CACUGGUUUU CAACCGGAUC UUUCCUUCUG GCUAACCUGU ACUCCUUGU GGGUGCAGGC GAACCAGGAC UUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUG(PSU)UCAAA GCAGGCGAAA GCUCGAA UA UAUUAGCAUG GAAUAAUGGA AUAGGACGUU UGGUUCUAUU UUGUUGGUUU CUAGGACCAU CGUAAUGAUU AAUAGGGA C GGUCGGGGGC AUCAGUAUUC AAUUGUCAGA GGUGAAAUUC UUGGAUUUAU UGAAGACUAA CUACUGCGAA AGCAUUUGC CAAGGACGUU UUCAUUAAUC AAGAACGAAA GUUAGGGGAU CGAAGAUGA(PSU) CAGAUAC(5MC)GU CGUAGUCUUA AC CAUAAAC UAUGCCGACU AGGGAUCGGG UGGUGUUUUU CUUAUGACCC ACUCGGCACC UUACGAGAAA UCAAAGUCUU UGG GUUCUG GGGGGAGUAU GGUCGCAAGG CUGAAACUUA AAGGAAUUGA CGGAAGGGCA CCACCAGGAG UGGAGCCUGC GGCU UAAUU UGAC(B8N)CAACA CGGGGAAACU CACCAGGUCC AGACACAAUA AGGAUUGACA GAUUGAGAGC UCUUUCUUGA U UUUGUGGG UGGUGGUGCA UGGCCGUUCU UAGU(PSU)GGUGG AGUGAUUUGU CUGCUUAAUU GCGAUAACGA ACGAGACC U UAACCUACUA AAUAGGGUUG CUGGCACUUG CCGGUUGACU CUUCUUAGAG GGACUAUCGG UUUCAAGCCG AUGGAAGUU UGAGGCAAUA ACA(2MG)GUCUGU GAUGCCCUUA GACGUUCUGG GCCGCACGCG CGCUACACUG ACGGAGCCAG CGAGUA CAA CCUUGGCCGA GAGGUCUGGG UAAUCUUGUG AAACUCCGUC GUGCUGGGGA UAGAGCAUUG UAAUUAUUGC UCUUCAA C(2MG) AG(7MG)AAUUCCU AGUAAGCGCA AGUCAUCAGC UUGCGUUGAU UACGUCCCUG CCCUUUGUAC ACACCG (5MC)CC GUCGCUAGUA CCGAUUGAAU GGCUUAGUGA GGCCUCAGGA UUUGCUUAGA GAAGGGGGCA ACUCCAUCUC AGA GCGAAG AAUCUGGUCA AACUUGGUCA UUUAGAGGAA CUAAAAGUCG UAACAAGGUU UCCGUAGGUG A(MA6)CCUGCGGA AGGAUCAUU A

+
分子 #37: mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3')

分子名称: mRNA (5'-R(P*AP*AP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 37 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 15.30494 KDa
配列文字列:
GGGCUCUCUU CUCUCUCUAA CUAUAAAAAU CUCUCUUCUC UCUCUCGAU

+
分子 #38: Met-tRNAi

分子名称: Met-tRNAi / タイプ: rna / ID: 38 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 24.713969 KDa
配列文字列:
AGCGCCGU(1MG)(2MG) CGCAG(H2U)GGAA GCGC(M2G)CAGGG CUCAU(T6A)ACCC UGAU(7MG)(H2U)(5MC) (5MC)U CGGAUCG(1MA)AA CCG(RIA)GCGGCG CUACCA

+
分子 #2: Small ribosomal subunit protein uS2

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 28.264525 KDa
配列文字列: MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH ...文字列:
MSLPSTFDLT SEDAQLLLAA RVHLGAKNVQ VHQEPYVYKA RPDGVNVINV GKTWEKIVLA ARIIAAIPNP EDVVAISSRT YGQRAVLKY AAHTGATPIA GRFTPGSFTN YITRSFKEPR LVIVTDPRSD AQAIKESSYV NIPVIALTDL DSPSEYVDVA I PCNNRGKH SIGLIWYLLA REVLRLRGAL PDRTQPWAIM PDLYFYRNPE EIEQQTAEEE AVASGEQTEE AVDATEEQTE AA EWAEEGQ AQEEEWN

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS2

+
分子 #3: Small ribosomal subunit protein eS1

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 28.971643 KDa
配列文字列: MAVGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYAQSS H IRQIRKVI ...文字列:
MAVGKNKRLS KGKKGLKKRV VDPFTRKEWY DIKAPSTFEN RNVGKTLVNK SVGLKNASDS LKGRVVEVCL ADLQGSEDHS FRKVKLRVD EVQGKNLLTN FHGMDFTTDK LRSMVRKWQT LIEANVTVKT SDDYVLRIFA IAFTRKQANQ VKRTSYAQSS H IRQIRKVI SEILTREVQN STLAQLTSKL IPEVINKEIE NATKDIFPLQ NVHIRKVKLL KQPKFDLGSL LSLHGEASAE EK GKKVAGF KDEILETV

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS1

+
分子 #4: Small ribosomal subunit protein uS5

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 27.649979 KDa
配列文字列: MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG ...文字列:
MSAPQAQGQQ APRRGGFGGA NRGGRGGRRG GRRDQEEKGW VPVTKLGRLV KAGKISSIEE IFLHSLPVKE FQIIDQLLPN LKDEVMNIK PVQKQTRAGQ RTRFKAVVVV GDSNGHVGLG IKTAKEVAGA IRAGIIIAKL SVIPIRRGYW GTNLGQPHSL A TKTSGKCG SVSVRLIPAP RGSGIVASPA VKKLMQLAGV EDVYTSSTGS TRTLENTLKA AFVAIGNTYG FLTPNLWEVQ AL TPSPMDV YADYATASKK KL

UniProtKB: KLLA0F09812p

+
分子 #5: 40S ribosomal protein S4

分子名称: 40S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 29.617514 KDa
配列文字列: MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ...文字列:
MARGPKKHLK RLAAPHHWML DKLSGCYAPR PSAGPHKLRE SLPLIVFLRN RLKYALNGRE VKAILMQRHV KVDGKVRTDT TFPAGFMDV ITLEATNENF RLVYDVKGRF AVHRITDEEA SYKLAKVKKV QLGKKGIPYV VTHDGRTIRY PDPNIKVNDT V KVDLATGT ITDFIKFDTG KLVYVTGGRN LGRVGTIVHR ERHEGGFDLV HIKDSLENTF VTRLNNVFVI GEPGRPWISL PK GKGIKLT ISEERDRRRA QHGL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S4

+
分子 #6: Small ribosomal subunit protein eS6

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 26.970391 KDa
配列文字列: MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS ...文字列:
MKLNISYPIN GTQKCIEIDD EHRVRVFYDK RIGQEVDGES VGDEFKGYVF KIAGGNDKQG FPMKQGVLLP TRVKLLLAKG HSCYRPRRN GERKRKSVRG AIVGPDLAVL ALIITKKGEQ EIEGITNDTV PKRLGPKRAN NIRKFFGLTK EDDVRDYVIR R EVTKGDKS YTKAPKIQRL VTPQRLQRKR QQKSLKIKNA QAQREAAAEY AQLLAKRLSE RKAEKAEVRK RRASSLKA

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS6

+
分子 #7: 40S ribosomal protein S7

分子名称: 40S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 21.735297 KDa
配列文字列: MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES ...文字列:
MSDPQAKILS QAPTELELQV AQAFIDLENN SPELKADLRA LQFKSIREIE VAGGKKALAV FVPVPSLAAY HKVQIKLTRE LEKKFQDRH VIFLAERRIL PKPSRKSRQT QKRPRSRTLT AVHDKILEDL VFPTEIVGKR VRYLVGGNKI QKILLNSKDV Q HIDNKLES FQAVYNKLTG KQIVFEIPSE TH

UniProtKB: 40S ribosomal protein S7

+
分子 #8: 40S ribosomal protein S8

分子名称: 40S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 22.642727 KDa
配列文字列: MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA ...文字列:
MGISRDSRHK RAATGAKRAQ FRKKRKFELG RQAANTKIGT KRIHPVRTRG GNQKFRALRI ETGNFSWASE GVARKTRITG VVYHPSNNE LVRTNTLTKA AIVQIDATPF RQWYESHYGQ SLGKKKNTKA EEETATTSKN TERKWAARAA EAKIEHAVDS Q FGAGRLYA AISSRPGQSG RCDGYILEGE ELAFYLRRLT AKK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S8

+
分子 #9: KLLA0E23673p

分子名称: KLLA0E23673p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 21.587049 KDa
配列文字列:
MPRAPRTYSK TYSTPKRPYE SARLDAELKL AGEYGLKNKR EIYRISFQLS KIRRAARDLL TRDEKDPKRL FEGNALIRRL VRIGVLSED KKKLDYVLAL KVEDFLERRL QTQVYKLGLA KSVHHARVLI SQRHIAVGKQ IVNIPSFMVR LESEKHIDFA R TSPFGGAR PGRVARKRAA AAGGEEADEE

UniProtKB: KLLA0E23673p

+
分子 #10: KLLA0A10483p

分子名称: KLLA0A10483p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 17.84393 KDa
配列文字列:
MSTELTVQSE RAFQKQPHIF TNPKAKANRK TKRWYKNVGL GFKTPKTAIE GSYIDKKCPF TGLVSIRGKI LTGTVVSTRM HRTIVIRRD YLHYVPKYNR YEKRHKNVPA HVSPAFRVQV GDIVTVGQCR PISKTVRFNV LKVASATGKA NKQFAKF

UniProtKB: KLLA0A10483p

+
分子 #11: KLLA0F18040p

分子名称: KLLA0F18040p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 16.989875 KDa
配列文字列:
MGRMHSKGKG MSSSAIPYSR NAPAWFKGSS DGVVEQIIKY ARKGLTPSQI GVLLRDAHGV TQAKVITGNK ILRILKSNGL APEIPEDLY FLIKKAVSVR KHLERNRKDK DAKFRLILIE SRIHRLARYY RTVSVLPPNW KYESATASAL VN

UniProtKB: KLLA0F18040p

+
分子 #12: Small ribosomal subunit protein uS11

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 14.530655 KDa
配列文字列:
MANVVQAKDN SQVFGVARIF ASFNDTFVHV TDLSGRETIA RVTGGMKVKA DRDESSPYAA MLAAQDVAAK CKEVGITAVH IKIRATGGT RSKTPGPGGQ AALRALARSG LRIGRIEDVT PVPSDSTRKK GGRRGRRL

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS11

+
分子 #13: 40S ribosomal protein S21

分子名称: 40S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 9.797949 KDa
配列文字列:
MENDKGQLVE LYVPRKCSAT NRIIKAKDHS SVQINIAQVD EEGRAIPGEY VTYALSGYIR ARGEADDSLN RLAQQDGLLK NVWSYSR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS21

+
分子 #14: Small ribosomal subunit protein uS8

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 14.645041 KDa
配列文字列:
MTRTSVLADA LNAINNAEKT GKRQVLIRPS SKVIIKFLQV MQKHGYIGEF EYIDDHRSGK IVVQLNGRLN KCGVISPRFN VKIADVEKW TANLLPARQF GYVILTTSAG IMDHEEAHRK HVSGKILGFV Y

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS8

+
分子 #15: KLLA0B11231p

分子名称: KLLA0B11231p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 16.047897 KDa
配列文字列:
MGKGKPRGLN SARKLRVHRR NNRWAETTYK KRLLGTAFKS SPFGGSSHAK GIVLEKIGIE SKQPNSAIRK CVRVQLIKNG KKVTAFVPN DGCLNFVDEN DEVLLAGFGR KGKAKGDIPG VRFKVVKVSG VSLLALWKEK KEKPRS

UniProtKB: KLLA0B11231p

+
分子 #16: 40S ribosomal protein S24

分子名称: 40S ribosomal protein S24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 15.194549 KDa
配列文字列:
MSDAITIRTR KVISNPLLAR KQFVVDVLHP NRANVSKDEL REKLAEAYKA EKDAVSVFGF RTQYGGGKST GFGLVYNSVA DAKKFEPAY RLVRYGLAEK VEKASRQQRK QRKNRGKKIF GTGKSIAKKA ARRNAD

UniProtKB: 40S ribosomal protein S24

+
分子 #17: 40S ribosomal protein S26

分子名称: 40S ribosomal protein S26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 13.539957 KDa
配列文字列:
MPKKRASNGR NKKGRGHVKP VRCVNCSRSV PKDKAIKRMA IRNIVEAAAI RDLSEASVYA EYALPKTYNK LHYCISCAIH ARIVRVRSR TDRRIRAPPQ RPRFNRDNKV SPADAAKKAL

UniProtKB: 40S ribosomal protein S26

+
分子 #18: 40S ribosomal protein S27

分子名称: 40S ribosomal protein S27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 8.884362 KDa
配列文字列:
MVLVQDLLHP TAASEARKHK LKTLVQSPRS HFLDVKCPGC LNITTVFSHA QTAVTCESCS TVLCTPTGGK AKLSEGTSFR RK

UniProtKB: 40S ribosomal protein S27

+
分子 #19: 40S ribosomal protein S30

分子名称: 40S ribosomal protein S30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 7.141421 KDa
配列文字列:
MGKVHGSLAR AGKVKSQTPK VEKQEKPKQP KGRAYKRLLY TRRFVNVTLT NGKRKMNPSP SSQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S30

+
分子 #20: 40S ribosomal protein L41-A

分子名称: 40S ribosomal protein L41-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 3.354243 KDa
配列文字列:
MRAKWRKKRT RRLKRKRRKV RARSK

+
分子 #21: 40S ribosomal protein S3

分子名称: 40S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 26.300535 KDa
配列文字列: MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ...文字列:
MVAIISKKRK LVADGVFYAE LNEFFTRELA EEGYSGVEVR VTPTKTEIII RATKVQDVVG ENGRRINELT LLIEKRFKYK RGTIALYAE RVHDRGLSAV AQAESMKFKL LNGLAIRRAA YGVVRYVMES GAKGCEVVIS GKLRAARAKS MKFADGFLIH S GQPVNDFI ETATRHVLLR QGVLGIKVKI MKDPSRNTSG PKALPDAVTI IEPKEEEPVL EPSVKDYRPT EPVEAAESA

UniProtKB: 40S ribosomal protein S3

+
分子 #22: KLLA0D10659p

分子名称: KLLA0D10659p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 25.385975 KDa
配列文字列: MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR ...文字列:
MSEHEAQVEV EVQEDFEVVQ EFVPVELATT IPVEIQQAQQ EIKLFNKWSF EDVEVKDASL VDYIQISKPI YVAHTAGRYA NKRFRKAQC PIVERLTNSL MMNGRNNGKK LKAVRIVKHT LEIINVLTDQ NPLQVVVDAI INSGPREDTT RVGGGGAARR Q AVDVSPLR RVNQSIALLT IGAREAAFRN IKTIAETLAE ELINAAKGSS TSYAIKKKDE LERVAKSNR

UniProtKB: KLLA0D10659p

+
分子 #23: KLLA0B08173p

分子名称: KLLA0B08173p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 12.584377 KDa
配列文字列:
MLIPKEDRKK IYQHLFQEGV LVAKKDFNQP KHEEIDTKNL FVIKALQSLT SKGFVKTQFS WQYYYYTLTE EGVVYLREYL NLPEHIFPA TYLAGQSGDQ RPQGKKY

UniProtKB: KLLA0B08173p

+
分子 #24: 40S ribosomal protein S12

分子名称: 40S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 14.466398 KDa
配列文字列:
MSDVEEVQQV PVAELTIEDA LKVVLRTSLV HDGLARGLRE SAKALTRGEG QLAVLVESVT EEAISKLVQG LATENNVPLI KVADAKQLG EWAGLGKIDR DGNARKVVGA SVVVVKNWGA DTQEREILLE HFSQQ

UniProtKB: 40S ribosomal protein S12

+
分子 #25: KLLA0F07843p

分子名称: KLLA0F07843p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 15.986796 KDa
配列文字列:
MSEAAAPRKR SFKTYSYKGV DLEKLLEMPT EDFVKLAPAR VRRKFARGLS EKPAGLMKKL RAAKLSAPEN EKPAVVRTHL RNMIIVPEM IGSVVGVYNG KVFNQVEIRP EMVGHYLGEF SITYTPVRHG RAGATTSRFI PLR

UniProtKB: KLLA0F07843p

+
分子 #26: Small ribosomal subunit protein uS9

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 15.874531 KDa
配列文字列:
MSTVPSVQTF GKKKSATAVA HVKAGKGLIK VNGSPITLVQ PEILRFKVYE PLLLVGLDKF ANIDIRVKVT GGGHVSQVYA IRQAIAKGL VAYHQKFVDE QSKNELKKAF TSYDRTLLIA DSRRPEPKKF GGRGARSRFQ KSYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS9

+
分子 #27: KLLA0B01474p

分子名称: KLLA0B01474p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 15.722216 KDa
配列文字列:
MGRVRTKTVK RASKALIEKY YPKLTMDFQT NKRLCDEIAT IQSKRLRNKI AGYTTHLMKR IQKGPVRGIS FKLQEEERER KDQYVPDVS ALDLSHSNDV LNVDTQTAEL VNSLGLKLPL SVSSVSAVRD RRFRKRN

UniProtKB: KLLA0B01474p

+
分子 #28: KLLA0B01562p

分子名称: KLLA0B01562p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 17.084602 KDa
配列文字列:
MSLVVQEQGS FQHILRLLNT NVDGNINVVY ALTTIRGVGR RYANLVCKKA DVDLHKRAGE LTQEELERIV QIMQNPTHYK IPAWFLNRQ KDVNDGKDYH SLANNLESKL RDDLERLKKI RSHRGIRHFW GLRVRGQHTK TTGRRRA

UniProtKB: KLLA0B01562p

+
分子 #29: KLLA0A07194p

分子名称: KLLA0A07194p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 15.87901 KDa
配列文字列:
MPGVSVRDVP AQDFINNYAS FLQRQGKLEV PGYVDIVKTS AGNELPPQDS EGWFYKRAAS VARHIYLRKQ VGVGKLNKLY GGAKNRGVR PHKHVDASGS INRKVLQSLE KLGVVEISPK GGRRISDNGL RDLDRIAAAT LEDEE

UniProtKB: KLLA0A07194p

+
分子 #30: Small ribosomal subunit protein uS10

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 13.337604 KDa
配列文字列:
MSQVEKKSEQ QQEVVIHKIR INLTSTKVKQ LENVSANIIK NAETFKLVKK GPVRLPTKVL KISTRKTPNG EGSKTWDTYE MRIHKRYID LEAPAHIVKR ITQITIEPGV DVEVIIAA

UniProtKB: KLLA0F25542p

+
分子 #31: 40S ribosomal protein S25

分子名称: 40S ribosomal protein S25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 12.002116 KDa
配列文字列:
MPPKQQLSKA AKAAAAMAGG KKSKKKWSKK SHKDKAKHAV VLDQDKFDRI MKEAPTYRYV SVSVLVDRFK LGGSLARVAL RHLENEGII KPVSKHSKQA IYTRATASE

UniProtKB: 40S ribosomal protein S25

+
分子 #32: Small ribosomal subunit protein eS28

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 7.549824 KDa
配列文字列:
MDTKTPVTLA KVIKVLGRTG SRGGVTQVRV EFLEDTTRTI VRNVKGPVRE GDILVLMESE REARRLR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS28

+
分子 #33: Small ribosomal subunit protein uS14

分子名称: Small ribosomal subunit protein uS14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 6.66257 KDa
配列文字列:
MAHENVWYSH PRKFGKGSRQ CRISGSHSGL IRKYGLNIDR QSFREKANDI GFYKYR

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein uS14

+
分子 #34: Small ribosomal subunit protein eS31

分子名称: Small ribosomal subunit protein eS31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 17.110977 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKSKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGGGKKR KKKVYTTPK KIRHKHKKVK LAVLNYYKVD DEGKVAKLRK ECPNCGPGIF LANHGDRFYC GKCHSTFATQ K

UniProtKB: Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein

+
分子 #35: KLLA0E12277p

分子名称: KLLA0E12277p / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis NRRL Y-1140 (酵母)
分子量理論値: 35.830945 KDa
配列文字列: MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD ...文字列:
MSSSNIMLVL RGTLEGHNGW VTSLSTSAAQ PNLLVSGSRD KTLISWRLTE NEQQFGVPVR SYKGHSHIVQ DVVVSADGNY AVSASWDKT LRLWNLATGN SEARFVGHTG DVLSVAIDAN SSKIISASRD KTIRVWNTVG DCAYVLLGHT DWVTKVRVAP K NLEDGEVD DGRITFVSAG MDKIVRSWSL NEDSYRIEAD FIGHNNYINV VQPSPDGSLA ASAGKDGQIY VWNLKHKSAF MN FDAKDEV FALAFSPSRF WLTAATASGI KIYDLENEVL IDELKPEFAG YTKAQDPHAV SLAWSADGQT LFAGYTDNVI RVW QVMTAN

UniProtKB: KLLA0E12277p

+
分子 #36: Eukaryotic translation initiation factor 1A

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 17.462168 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列:
MGKKNTKGGK KGRRGKNDSD GPKRELIYKE EGQEYAQITK MLGNGRVEAS CFDGNKRMAH IRGKLRKKVW MGQGDIILVS LRDFQDDQC DVVHKYNLDE ARTLKNQGEL PENAKINETD NFGFESDEDV NFEFGNADED DEEGEDEELD IDDI

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 1A

+
分子 #39: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha
タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 34.763652 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE LSRRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRVDKEK GYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWEGIE P PSKDVLDE ...文字列:
MSTSHCRFYE NKYPEIDDIV MVNVQQIAEM GAYVKLLEYD NIEGMILLSE LSRRRIRSIQ KLIRVGKNDV AVVLRVDKEK GYIDLSKRR VSSEDIIKCE EKYQKSKTVH SILRYCAEKF QIPLEELYKT IAWPLSRKFG HAYEAFKLSI IDETVWEGIE P PSKDVLDE LKNYISKRLT PQAVKIRADV EVSCFSYEGI DAIKDALKSA EDMSTEQMQV KVKLVAAPLY VLTTQALDKQ KG IEQLESA IEKITEVITK YGGVCNITMP PKAVTATEDA ELQALLESKE LDNRSDSEDD EDESDDE

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha

+
分子 #40: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma
タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: protein-synthesizing GTPase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 57.942699 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK ...文字列:
MSDLQDQEPS IIINGNLEPV GEPDIVEETE VVAQETQETQ DADKPKKKVA FTGLEEDGET EEEKRKREFE EGGGLPEQPL NPDFSKLNP LSAEIINRQA TINIGTIGHV AHGKSTVVRA ISGVQTVRFK DELERNITIK LGYANAKIYK CQEPTCPEPD C YRSFKSDK EISPKCQRPG CPGRYKLVRH VSFVDCPGHD ILMSTMLSGA AVMDAALLLI AGNESCPQPQ TSEHLAAIEI MK LKHVIIL QNKVDLMREE SALEHQKSIL KFIRGTIADG APIVPISAQL KYNIDAVNEF IVKTIPVPPR DFMISPRLIV IRS FDVNKP GAEIEDLKGG VAGGSILNGV FKLGDEIEIR PGIVTKDDKG KIQCKPIFSN IVSLFAEQND LKFAVPGGLI GVGT KVDPT LCRADRLVGQ VVGAKGHLPN IYTDIEINYF LLRRLLGVKT DGQKQAKVRK LEPNEVLMVN IGSTATGARV VAVKA DMAR LQLTSPACTE INEKIALSRR IEKHWRLIGW ATIKKGTTLE PIA

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma

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分子 #41: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta
タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
分子量理論値: 31.631309 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
配列文字列: MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD ...文字列:
MSSDLAAELG FDPALKKKKK TKKVIPDDFD AAVNGKENGS GDDLFAGLKK KKKKSKSVSA DAEAEKEPTD DIAEALGELS LKKKKKKTK DSSVDAFEKE LAKAGLDNVD AESKEGTPSA NSSIQQEVGL PYSELLSRFF NILRTNNPEL AGDRSGPKFR I PPPVCLRD GKKTIFSNIQ DIAEKLHRSP EHLIQYLFAE LGTSGSVDGQ KRLVIKGKFQ SKQMENVLRR YILEYVTCKT CK SINTELK REQSNRLFFM VCKSCGSTRS VSSIKTGFQA TVGKRRRM

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta

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分子 #42: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 42 / コピー数: 116 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #43: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 43 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #44: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 44 / コピー数: 1 / 式: GCP
分子量理論値: 521.208 Da
Chemical component information

ChemComp-G2P:
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER / GMPCPP / GMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

+
分子 #45: METHIONINE

分子名称: METHIONINE / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 1 / 式: MET
分子量理論値: 149.211 Da
Chemical component information

ChemComp-MET:
METHIONINE / メチオニン

+
分子 #46: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 3 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMMES
5.0 mMMagnessium acetate
80.0 mMPotassium acetate
10.0 mMAmmonium acetate
2.0 mMDithiothreitol (DTT)
0.001 mMZinc acetate
0.6 mMATP
0.25 mMGDPCP
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 90.0 K / 最高: 100.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 8 / 実像数: 11245 / 平均露光時間: 1.1 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 30 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 59000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細FEI Falcon III
粒子像選択選択した数: 1680000 / 詳細: Selected particles after 2d-classification
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

3jam

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 3 SIGMA CUT-OFF / 使用した粒子像数: 30016
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: OTHER / 当てはまり具合の基準: FSC
得られたモデル

PDB-8s8g:
Structure of a yeast 48S-AUC preinitiation complex in closed conformation (model py48S-AUC-2.1)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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