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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Conformational Landscape of the Type V-K CRISPR-associated TransposonIntegration Assembly CAST V-K TnsB domain local-refinement map | |||||||||
![]() | CAST V-K TnsB domain local-refinement map | |||||||||
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![]() | CRISPR-associated Transposon genome editing transposition / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.11 Å | |||||||||
![]() | Tenjo-Castano F / Mesa P / Montoya G | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Conformational landscape of the type V-K CRISPR-associated transposon integration assembly. 著者: Francisco Tenjo-Castaño / Nicholas Sofos / Luisa S Stutzke / Piero Temperini / Anders Fuglsang / Tillmann Pape / Pablo Mesa / Guillermo Montoya / ![]() 要旨: CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site ...CRISPR-associated transposons (CASTs) are mobile genetic elements that co-opt CRISPR-Cas systems for RNA-guided DNA transposition. CASTs integrate large DNA cargos into the attachment (att) site independently of homology-directed repair and thus hold promise for eukaryotic genome engineering. However, the functional diversity and complexity of CASTs hinder an understanding of their mechanisms. Here, we present the high-resolution cryoelectron microscopy (cryo-EM) structure of the reconstituted ∼1 MDa post-transposition complex of the type V-K CAST, together with different assembly intermediates and diverse TnsC filament lengths, thus enabling the recapitulation of the integration complex formation. The results of mutagenesis experiments probing the roles of specific residues and TnsB-binding sites show that transposition activity can be enhanced and suggest that the distance between the PAM and att sites is determined by the lengths of the TnsB C terminus and the TnsC filament. This singular model of RNA-guided transposition provides a foundation for repurposing the system for genome-editing applications. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 98.4 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 28.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 152.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 106.1 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 98.6 MB 98.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 991.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 991.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | CAST V-K TnsB domain local-refinement map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 これらの図は立方格子座標系で作成されたものです | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.728 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CAST V-K TnsB domain local refinement, Half-B map
ファイル | emd_19284_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | CAST V-K TnsB domain local refinement, Half-B map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: CAST V-K TnsB domain local refinement, Half-A map
ファイル | emd_19284_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | CAST V-K TnsB domain local refinement, Half-A map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state af...
全体 | 名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (TnsB domain) |
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要素 |
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-超分子 #1: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state af...
超分子 | 名称: Type V-K CRISPR-associated transposon post-transposition state after transesterification (TnsB domain) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#7 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 1 MDa |
-分子 #1: Non-target strand - LE
分子 | 名称: Non-target strand - LE / タイプ: dna / ID: 1 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 20.961504 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC) ...文字列: (DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC) (DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DT) (DA)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT) (DC)(DC) (DA)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA)(DG) (DG) |
-分子 #2: Target strand - LE
分子 | 名称: Target strand - LE / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 40.82216 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DA) (DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) (DT)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA) (DC)(DA) (DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DC)(DC) (DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT) (DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DA)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DG) (DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC) (DA)(DA)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) |
-分子 #3: LE
分子 | 名称: LE / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.238008 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG) ...文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT) (DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT) |
-分子 #4: RE
分子 | 名称: RE / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 22.876809 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA) ...文字列: (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG) (DT) (DT)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA) (DA)(DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DA) (DT)(DC) (DA)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA) (DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DT) |
-分子 #5: Non-target strand - RE
分子 | 名称: Non-target strand - RE / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 24.402717 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG) (DT)(DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DT)(DA) (DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DA)(DC) (DG)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA) (DC)(DG)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DA)(DT)(DG) (DC)(DT) |
-分子 #6: Target strand
分子 | 名称: Target strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 4.559971 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DC)(DT) |
-分子 #7: TnsB
分子 | 名称: TnsB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 66.592945 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQD GLVGLTQTSR ADKGKHRIGE FWENFITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV L APILEKQQ ...文字列: SNSQQNPDLA VHPLAIPMEG LLGESATTLE KNVIATQLSE EAQVKLEVIQ SLLEPCDRTT YGQKLREAAE KLNVSLRTVQ RLVKNWEQD GLVGLTQTSR ADKGKHRIGE FWENFITKTY KEGNKGSKRM TPKQVALRVE AKARELKDSK PPNYKTVLRV L APILEKQQ KAKSIRSPGW RGTTLSVKTR EGKDLSVDYS NHVWQCDHTR VDVLLVDQHG EILSRPWLTT VIDTYSRCIM GI NLGFDAP SSGVVALALR HAILPKRYGS EYKLHCEWGT YGKPEHFYTD GGKDFRSNHL SQIGAQLGFV CHLRDRPSEG GVV ERPFKT LNDQLFSTLP GYTGSNVQER PEDAEKDARL TLRELEQLLV RYIVDRYNQS IDARMGDQTR FERWEAGLPT VPVP IPERD LDICLMKQSR RTVQRGGCLQ FQNLMYRGEY LAGYAGETVN LRFDPRDITT ILVYRQENNQ EVFLTRAHAQ GLETE QLAL DEAEAASRRL RTAGKTISNQ SLLQEVVDRD ALVATKKSRK ERQKLEQTVL RSAAVDESNR ESLPSQIVEP DEVEST ETV HSQYEDIEVW DYEQLREEYG F UniProtKB: TnsB |
-分子 #8: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 実像数: 19936 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: AB INITIO MODEL |
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得られたモデル | ![]() PDB-8rkv: |