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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19280 | |||||||||
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タイトル | Bacteriophage JBD30 capsid | |||||||||
マップデータ | main_map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Bacteriophage JBD30 / virion / capsid / major capsid protein / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | Bacteriophage Mu, GpT / Mu-like prophage major head subunit gpT / Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Valentova L / Fuzik T / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Embo J. / 年: 2024 タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30 著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19280.map.gz | 2.1 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19280-v30.xml emd-19280.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19280_fsc.xml | 29.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19280.png | 263.6 KB | ||
マスクデータ | emd_19280_msk_1.map | 2.2 GB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19280.cif.gz | 6.1 KB | ||
その他 | emd_19280_half_map_1.map.gz emd_19280_half_map_2.map.gz | 1.8 GB 1.8 GB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19280 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19280 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19280_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19280_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19280_validation.xml.gz | 36 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19280_validation.cif.gz | 49 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19280 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19280 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rknMC 8rk3C 8rk4C 8rk5C 8rk6C 8rk7C 8rk8C 8rk9C 8rkaC 8rkbC 8rkcC 8rkoC 8rkxC 8rqeC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19280.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.2 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | main_map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8336 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19280_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_19280_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half_map_2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_19280_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half_map_1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Pseudomonas phage JBD30
全体 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) |
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要素 |
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-超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30
超分子 | 名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient. NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BAA-28 |
分子量 | 理論値: 14.14 MDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: JBD30 capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7 |
-分子 #1: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein
分子 | 名称: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ) |
分子量 | 理論値: 33.69498 KDa |
配列 | 文字列: MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA ...文字列: MAIITPALIS ALKTSFQKHF QDALATAPST YLQVATVIPS TTASNTYGWL GQFPKLREWI GQRVIKDMAA QGYQITNKLF ESTVGVKRT DIEDDNLGVY GPLMQEMGRA AGAHPDELVF ALLKAGNANL CYDGQNFFDT DHPVYPNVDG TGTATTVSNL F APAADPGA AWYLLDTSRS LKPLIYQERM KPSFTSMTKE DDEQVFMADE YRYGVRSRCN VGFGFWQLAA MSTEELNQVN FE KVYDAMR NQKADGGRPL DIRPNLLVVP TTLRSKAKEV VGVQRLANGA DNPNFELVQV LDTAWLN UniProtKB: Bacteriophage Mu GpT domain-containing protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8 | ||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s. | ||||||||||||
詳細 | phage titer 10^11 PFU |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12356 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-8rkn: |