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- EMDB-19262: Baseplate core of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19262
タイトルBaseplate core of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry
マップデータmain_map
試料
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: DUF2163 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Tip attachment protein J domain-containing protein
  • リガンド: FE (III) ION
キーワードBacteriophage JBD30 / virion / baseplate core / baseplate upper protein / distal tail protein / baseplate hub protein / VIRUS
機能・相同性Bacteriophage phiJL001, Gp84 / Bacteriophage phiJL001, Gp84, C-terminal / Phage conserved hypothetical protein BR0599 / Bacteriophage phiJL001 Gp84 C-terminal domain-containing protein / Uncharacterized protein / Virion structural protein
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Valentova L / Fuzik T / Plevka P
資金援助 チェコ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Ministry of Education, Youth and Sports of the Czech RepublicLX22NPO5103 チェコ
European Research Council (ERC)101043452European Union
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2024
タイトル: Structure and replication of Pseudomonas aeruginosa phage JBD30
著者: Valentova L / Plevka P / Fuzik T / Novacek J / Pospisil J
履歴
登録2023年12月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19262.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19262.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈main_map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8336 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.022
最小 - 最大-0.0502773 - 0.11679827
平均 (標準偏差)0.00008879718 (±0.0018415484)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 450.14398 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19262_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Pseudomonas phage JBD30

全体名称: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: DUF2163 domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Virion structural protein
    • タンパク質・ペプチド: Tip attachment protein J domain-containing protein
  • リガンド: FE (III) ION

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超分子 #1: Pseudomonas phage JBD30

超分子名称: Pseudomonas phage JBD30 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Phage JBD30 was propagated in P. aeruginosa strain BAA-28 and purified using CsCl gradient.
NCBI-ID: 1223260 / 生物種: Pseudomonas phage JBD30 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: BAA-28
分子量理論値: 516 KDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: JBD30 capsid / 直径: 640.0 Å / T番号(三角分割数): 7

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分子 #1: DUF2163 domain-containing protein

分子名称: DUF2163 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 29.979053 KDa
配列文字列: MSFNSRESSL ADGQPVRLYQ FSRGAIRWSY NSSDRDITYQ NQIFRTVPGG ITDNGIICSG DPQSDQFVIT APADLDVALL YKTRSPSDA IDLVVYDMHY GDAEAAVSWV GQIGDVDWPT VDSCRITCVS EDELMDQPGL TDTYCRTCTA IVGDHRCKVN L VPYRVTLT ...文字列:
MSFNSRESSL ADGQPVRLYQ FSRGAIRWSY NSSDRDITYQ NQIFRTVPGG ITDNGIICSG DPQSDQFVIT APADLDVALL YKTRSPSDA IDLVVYDMHY GDAEAAVSWV GQIGDVDWPT VDSCRITCVS EDELMDQPGL TDTYCRTCTA IVGDHRCKVN L VPYRVTLT PQSVSAWVIS SGVVAGYADG WFTGGYVEWQ VDGDNYDRRF IEQHAGADLH ILGGTEGIPA GGQLRVYPGC DG LAQTCDD KFSNLPNFRG FNAMQGKSPF DGDQVW

UniProtKB: Bacteriophage phiJL001 Gp84 C-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Virion structural protein

分子名称: Virion structural protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 62.163148 KDa
配列文字列: MATFPGFQVP KPVEGIVAGI TPNIDALELN QDISLAAVAA STWGGAYGAH QPVEVIHSTY QAVHQSALEE NYYNRLWLIP TAMELGNVV STQIRPASVW NAYFSPRTLT AIDREAADGI TLSGQASPPL GFAALEERTW TVSIGTDGPP VVNARIVWRL Q GEPNLVLV ...文字列:
MATFPGFQVP KPVEGIVAGI TPNIDALELN QDISLAAVAA STWGGAYGAH QPVEVIHSTY QAVHQSALEE NYYNRLWLIP TAMELGNVV STQIRPASVW NAYFSPRTLT AIDREAADGI TLSGQASPPL GFAALEERTW TVSIGTDGPP VVNARIVWRL Q GEPNLVLV ITGNRIIAWT FAPDWGDSIV ERLSASTNIL QSESAVTQRR AMRLAPRREF DANMYAVDRE RQLLDMTLFG WG ARIWALP IWPDIQLLHQ PLAAGSLGIP CDTAGLDFRD GGLAMLRGED AFTYEVVEVK TVTASGLDLV RPVQAAWGTG SRL YPVRTA QLTEQPTLTR LTDTAQSARV SFLVMEPSAW PELMPATTYR GRPVLEQRPD ESEDLTSSYQ RLLSTLDNGS AIPR VTDVA GMALPVIGHR WIGMGRAERS AFRSLVYALR GQQKPLWVPT HADDLTLVAT VSQLSTALDV RNIGYARFAN GRPGR RDIR IELYDGTVYH RRILTSTELD ADTERVAIDA ALGRLVEPTD VARICFMALC SAASDVVEIE HVTDSEGVAT AALTFK GVR DDEF

UniProtKB: Virion structural protein

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分子 #3: Tip attachment protein J domain-containing protein

分子名称: Tip attachment protein J domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage JBD30 (ファージ)
分子量理論値: 79.898781 KDa
配列文字列: MGAKPKAQTV GWRYYFDIHF ALGKKVDEVC AIRASGKTAW KGSITSNGQV RINAPELFGG DKGEGGLDGT LDVLFGEEDQ GVLPRLAAM LGGLVPAFRG VTTCFYSGLV TSVNPYPKKW EILRRGGNRL WDGNPWYPEK QFVWLADGQI KAMNPAHILY L VYTGRDFR ...文字列:
MGAKPKAQTV GWRYYFDIHF ALGKKVDEVC AIRASGKTAW KGSITSNGQV RINAPELFGG DKGEGGLDGT LDVLFGEEDQ GVLPRLAAM LGGLVPAFRG VTTCFYSGLV TSVNPYPKKW EILRRGGNRL WDGNPWYPEK QFVWLADGQI KAMNPAHILY L VYTGRDFR GLARTRMDEA SWRAAADTLY AEGFGLCFEW TRSDSFKNFC ETVKSHIGAE VYPNRQTGQI SIRLLRDDYN VA DLPLFDE DSGLLEITQE KTGSTSLAPS QLIVKYIDQI DGAQRQIIVN NNAVAASQGR RSSEEIEFLG VPTGELAGRV GER EMRLKT TGLKRYKGVF DRRARSLNPG QPFLIRSTPR GIPETVVRVG RIEDNFLGDG KITLTVVQDQ FNLPATTGVA PPPP GWTPP DRTPRAITVR RLIEAPYREL AGVIDPANLQ LLDVSASYLA ALAEAPTSLS QSYTLTDRVG SSGAFVDRGT GDWCP TGLL AAELPLAAGP NVVTLTNATR LEDVTVGQAA VVDDEIVRVD AVNYASGTVT LARGCADTVP AKHLAGARVW FYDTFE AVD ETVYSQGVTL QARLLTNTSE GQLAPALAAT DSLTLTGRQG KPYPPGQFRI NGSAYPTKVY GALSVSWAKR DRIGQAD QL IDTTVGNIGP EDGATVTLQV YSGTTLKRTY AGLTSSSWSY PLAEDMADGP LQDVRLVLRS VRDGIDSWQQ HDITIERH G LGFRLGEELG GVSA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #4: FE (III) ION

分子名称: FE (III) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: FE
分子量理論値: 55.845 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgSO4magnesium sulphate
50.0 mMTris-HClTris hydrochloride

詳細: 10 mM MgSO4, 10 mM NaCl, 50 mM Tris pH 8
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 詳細: Gatan Solarus II
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: blotting force 0, blotting time 2 s, waiting time 15 s.
詳細phage titer 10^11 PFU

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12356 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 34.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 8376
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: bacteriophage JBD30 baseplate C3 reconstruction
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 1780
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8rk6:
Baseplate core of bacteriophage JBD30 computed in C3 symmetry

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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