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万見
- EMDB-19189: Human RAD52 closed ring -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19189
タイトルHuman RAD52 closed ring
マップデータhuman RAD52_closed_ring
試料
  • 複合体: Closed ring conformation of human RAD52
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 homolog
キーワードssDNA binding protein / DNA damage repair / Single-strand annealing / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination ...double-strand break repair via single-strand annealing / DNA double-strand break processing involved in repair via single-strand annealing / DNA recombinase assembly / mitotic recombination / regulation of nucleotide-excision repair / HDR through MMEJ (alt-NHEJ) / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / protein-DNA complex / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair / single-stranded DNA binding / cellular response to oxidative stress / DNA recombination / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein Rad52 / DNA repair protein Rad52/59/22 / Rad52 family / DNA repair protein Rad52/59/22 superfamily / Rad52/22 family double-strand break repair protein
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein RAD52 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Liang CC / West SC
資金援助 英国, European Union, スイス, 8件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteCC2098 英国
Cancer Research UKCC2098 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)CC2098 英国
Wellcome TrustCC2098 英国
European Research Council (ERC)ERC-ADG-666400European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/W01355X/1 英国
Louis-Jeantet Foundation スイス
Wellcome Trust206175/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Mechanism of single-stranded DNA annealing by RAD52-RPA complex.
著者: Chih-Chao Liang / Luke A Greenhough / Laura Masino / Sarah Maslen / Ilirjana Bajrami / Marcel Tuppi / Mark Skehel / Ian A Taylor / Stephen C West /
要旨: RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of ...RAD52 is important for the repair of DNA double-stranded breaks, mitotic DNA synthesis and alternative telomere length maintenance. Central to these functions, RAD52 promotes the annealing of complementary single-stranded DNA (ssDNA) and provides an alternative to BRCA2/RAD51-dependent homologous recombination repair. Inactivation of RAD52 in homologous-recombination-deficient BRCA1- or BRCA2-defective cells is synthetically lethal, and aberrant expression of RAD52 is associated with poor cancer prognosis. As a consequence, RAD52 is an attractive therapeutic target against homologous-recombination-deficient breast, ovarian and prostate cancers. Here we describe the structure of RAD52 and define the mechanism of annealing. As reported previously, RAD52 forms undecameric (11-subunit) ring structures, but these rings do not represent the active form of the enzyme. Instead, cryo-electron microscopy and biochemical analyses revealed that ssDNA annealing is driven by RAD52 open rings in association with replication protein-A (RPA). Atomic models of the RAD52-ssDNA complex show that ssDNA sits in a positively charged channel around the ring. Annealing is driven by the RAD52 N-terminal domains, whereas the C-terminal regions modulate the open-ring conformation and RPA interaction. RPA associates with RAD52 at the site of ring opening with critical interactions occurring between the RPA-interacting domain of RAD52 and the winged helix domain of RPA2. Our studies provide structural snapshots throughout the annealing process and define the molecular mechanism of ssDNA annealing by the RAD52-RPA complex.
履歴
登録2023年12月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年4月24日-
マップ公開2024年4月24日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19189.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19189.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈human RAD52_closed_ring
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.6 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.6 Å		1.09 Å/pix.
x 240 pix.
= 261.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.736
最小 - 最大-4.161617 - 7.3172784
平均 (標準偏差)0.0023902182 (±0.16003491)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 261.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: human RAD52 closed ring

ファイルemd_19189_half_map_1.map
注釈human RAD52_closed_ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: human RAD52 closed ring

ファイルemd_19189_half_map_2.map
注釈human RAD52_closed_ring
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Closed ring conformation of human RAD52

全体名称: Closed ring conformation of human RAD52
要素
  • 複合体: Closed ring conformation of human RAD52
    • タンパク質・ペプチド: DNA repair protein RAD52 homolog

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超分子 #1: Closed ring conformation of human RAD52

超分子名称: Closed ring conformation of human RAD52 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Recombinant RAD52 purified from E. coli, and the closed ring conformation was separated by cation exchange.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: DNA repair protein RAD52 homolog

分子名称: DNA repair protein RAD52 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 46.232656 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGHR VINLANEMFG YNGWAHSIT QQNVDFVDLN NGKFYVGVCA FVRVQLKDGS YHEDVGYGVS EGLKSKALSL EKARKEAVTD GLKRALRSFG N ALGNCILD ...文字列:
MSGTEEAILG GRDSHPAAGG GSVLCFGQCQ YTAEEYQAIQ KALRQRLGPE YISSRMAGGG QKVCYIEGHR VINLANEMFG YNGWAHSIT QQNVDFVDLN NGKFYVGVCA FVRVQLKDGS YHEDVGYGVS EGLKSKALSL EKARKEAVTD GLKRALRSFG N ALGNCILD KDYLRSLNKL PRQLPLEVDL TKAKRQDLEP SVEEARYNSC RPNMALGHPQ LQQVTSPSRP SHAVIPADQD CS SRSLSSS AVESEATHQR KLRQKQLQQQ FRERMEKQQV RVSTPSAEKS EAAPPAPPVT HSTPVTVSEP LLEKDFLAGV TQE LIKTLE DNSEKWAVTP DAGDGVVKPS SRADPAQTSD TLALNNQMVT QNRTPHSVCH QKPQAKSGSW DLQTYSADQR TTGN WESHR KSQDMKKRKY DPS

UniProtKB: DNA repair protein RAD52 homolog

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.25 mMC9H15O6PTCEP
5e-05 %C58H114O26Tween-20
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 平均電子線量: 32.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1908147
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: RELION 3D initial model
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 309471
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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