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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated conformation - symmetry expanded unneddylated dimer | |||||||||
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![]() | Cullin-RING RBR E3 Ligase / ![]() | |||||||||
機能・相同性 | ![]() cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / NEDD8 ligase activity ...cullin-RING-type E3 NEDD8 transferase / cellular response to chemical stress / NEDD8 transferase activity / cullin-RING ubiquitin ligase complex / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-dependent protein catabolic process via the C-end degron rule pathway / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / positive regulation of protein autoubiquitination / protein neddylation / NEDD8 ligase activity / Cul5-RING ubiquitin ligase complex / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Hopf LVM / Horn-Ghetko D / Prabu JR / Schulman BA | |||||||||
資金援助 | European Union, ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Noncanonical assembly, neddylation and chimeric cullin-RING/RBR ubiquitylation by the 1.8 MDa CUL9 E3 ligase complex. 著者: Daniel Horn-Ghetko / Linus V M Hopf / Ishita Tripathi-Giesgen / Jiale Du / Sebastian Kostrhon / D Tung Vu / Viola Beier / Barbara Steigenberger / J Rajan Prabu / Luca Stier / Elias M Bruss / ...著者: Daniel Horn-Ghetko / Linus V M Hopf / Ishita Tripathi-Giesgen / Jiale Du / Sebastian Kostrhon / D Tung Vu / Viola Beier / Barbara Steigenberger / J Rajan Prabu / Luca Stier / Elias M Bruss / Matthias Mann / Yue Xiong / Brenda A Schulman / ![]() ![]() 要旨: Ubiquitin ligation is typically executed by hallmark E3 catalytic domains. Two such domains, 'cullin-RING' and 'RBR', are individually found in several hundred human E3 ligases, and collaborate with ...Ubiquitin ligation is typically executed by hallmark E3 catalytic domains. Two such domains, 'cullin-RING' and 'RBR', are individually found in several hundred human E3 ligases, and collaborate with E2 enzymes to catalyze ubiquitylation. However, the vertebrate-specific CUL9 complex with RBX1 (also called ROC1), of interest due to its tumor suppressive interaction with TP53, uniquely encompasses both cullin-RING and RBR domains. Here, cryo-EM, biochemistry and cellular assays elucidate a 1.8-MDa hexameric human CUL9-RBX1 assembly. Within one dimeric subcomplex, an E2-bound RBR domain is activated by neddylation of its own cullin domain and positioning from the adjacent CUL9-RBX1 in trans. Our data show CUL9 as unique among RBX1-bound cullins in dependence on the metazoan-specific UBE2F neddylation enzyme, while the RBR domain protects it from deneddylation. Substrates are recruited to various upstream domains, while ubiquitylation relies on both CUL9's neddylated cullin and RBR domains achieving self-assembled and chimeric cullin-RING/RBR E3 ligase activity. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 432 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.1 KB 22.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 16.7 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 122.2 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 460.4 MB 452.7 MB 452.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rhzMC ![]() 8q7eC ![]() 8q7hC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8512 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_19179_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19179_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19179_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylate...
全体 | 名称: Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated conformation - symmetry expanded unneddylated dimer |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylate...
超分子 | 名称: Structure of CUL9-RBX1 ubiquitin E3 ligase complex in unneddylated conformation - symmetry expanded unneddylated dimer タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Cullin-9
分子 | 名称: Cullin-9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 281.686062 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPMVGERHAG DLMVPLGPRL QAYPEELIRQ RPGHDGHPEY LIRWSVLKCG EVGKVGVEEG KAEHILMWLS APEVYANCPG LLGERALSK GLQHEPAGVS GSFPRDPGGL DEVAMGEMEA DVQALVRRAA RQLAESGTPS LTAAVLHTIH VLSAYASIGP L TGVFRETG ...文字列: GPMVGERHAG DLMVPLGPRL QAYPEELIRQ RPGHDGHPEY LIRWSVLKCG EVGKVGVEEG KAEHILMWLS APEVYANCPG LLGERALSK GLQHEPAGVS GSFPRDPGGL DEVAMGEMEA DVQALVRRAA RQLAESGTPS LTAAVLHTIH VLSAYASIGP L TGVFRETG ALDLLMHMLC NPEPQIRRSA GKMLQALAAH DAGSRAHVLL SLSQQDGIEQ HMDFDSRYTL LELFAETTSS EE HCMAFEG IHLPQIPGKL LFSLVKRYLC VTSLLDQLNS SPELGAGDQS SPCATREKSR GQRELEFSMA VGNLISELVR SMG WARNLS EQGMSPPRPT RSIFQPYISG PSLLLPTIVT TPRRQGWVFR QRSEFSSRSG YGEYVQQTLQ PGMRVRMLDD YEEI SAGDE GEFRQSNNGI PPVQVFWQST GRTYWVHWHM LEILGPEEAT EDKASAAVEK GAGATVLGTA FPSWDWNPMD GLYPL PYLQ PEPQKNERVG YLTQAEWWEL LFFIKKLDLC EQQPIFQNLW KNLDETLGEK ALGEISVSVE MAESLLQVLS SRFEGS TLN DLLNSQIYTK YGLLSNEPSS SSTSRNHSCT PDPEEESKSE ASFSEEETES LKAKAEAPKT EAEPTKTRTE TPMAQSD SQ LFNQLLVTEG MTLPTEMKEA ASEMARALRG PGPRSSLDQH VAAVVATVQI SSLDTNLQLS GLSALSQAVE EVTERDHP L VRPDRSLREK LVKMLVELLT NQVGEKMVVV QALRLLYLLM TKHEWRPLFA REGGIYAVLV CMQEYKTSVL VQQAGLAAL KMLAVASSSE IPTFVTGRDS IHSLFDAQMT REIFASIDSA TRPGSESLLL TVPAAVILML NTEGCSSAAR NGLLLLNLLL CNHHTLGDQ IITQELRDTL FRHSGIAPRT EPMPTTRTIL MMLLNRYSEP PGSPERAALE TPIIQGQDGS PELLIRSLVG G PSAELLLD LERVLCREGS PGGAVRPLLK RLQQETQPFL LLLRTLDAPG PNKTLLLSVL RVITRLLDFP EAMVLPWHEV LE PCLNCLS GPSSDSEIVQ ELTCFLHRLA SMHKDYAVVL CCLGAKEILS KVLDKHSAQL LLGCELRDLV TECEKYAQLY SNL TSSILA GCIQMVLGQI EDHRRTHQPI NIPFFDVFLR HLCQGSSVEV KEDKCWEKVE VSSNPHRASK LTDHNPKTYW ESNG STGSH YITLHMHRGV LVRQLTLLVA SEDSSYMPAR VVVFGGDSTS CIGTELNTVN VMPSASRVIL LENLNRFWPI IQIRI KRCQ QGGIDTRVRG VEVLGPKPTF WPLFREQLCR RTCLFYTIRA QAWSRDIAED HRRLLQLCPR LNRVLRHEQN FADRFL PDD EAAQALGKTC WEALVSPLVQ NITSPDAEGV SALGWLLDQY LEQRETSRNP LSRAASFASR VRRLCHLLVH VEPPPGP SP EPSTRPFSKN SKGRDRSPAP SPVLPSSSLR NITQCWLSVV QEQVSRFLAA AWRAPDFVPR YCKLYEHLQR AGSELFGP R AAFMLALRSG FSGALLQQSF LTAAHMSEQF ARYIDQQIQG GLIGGAPGVE MLGQLQRHLE PIMVLSGLEL ATTFEHFYQ HYMADRLLSF GSSWLEGAVL EQIGLCFPNR LPQLMLQSLS TSEELQRQFH LFQLQRLDKL FLEQEDEEEK RLEEEEEEEE EEEAEKELF IEDPSPAISI LVLSPRCWPV SPLCYLYHPR KCLPTEFCDA LDRFSSFYSQ SQNHPVLDMG PHRRLQWTWL G RAELQFGK QILHVSTVQM WLLLKFNQTE EVSVETLLKD SDLSPELLLQ ALVPLTSGNG PLTLHEGQDF PHGGVLRLHE PG PQRSGEA LWLIPPQAYL NVEKDEGRTL EQKRNLLSCL LVRILKAHGE KGLHIDQLVC LVLEAWQKGP NPPGTLGHTV AGG VACTST DVLSCILHLL GQGYVKRRDD RPQILMYAAP EPMGPCRGQA DVPFCGSQSE TSKPSPEAVA TLASLQLPAG RTMS PQEVE GLMKQTVRQV QETLNLEPDV AQHLLAHSHW GAEQLLQSYS EDPEPLLLAA GLCVHQAQAV PVRPDHCPVC VSPLG CDDD LPSLCCMHYC CKSCWNEYLT TRIEQNLVLN CTCPIADCPA QPTGAFIRAI VSSPEVISKY EKALLRGYVE SCSNLT WCT NPQGCDRILC RQGLGCGTTC SKCGWASCFN CSFPEAHYPA SCGHMSQWVD DGGYYDGMSV EAQSKHLAKL ISKRCPS CQ APIEKNEGCL HMTCAKCNHG FCWRCLKSWK PNHKDYYNCS AMVSKAARQE KRFQDYNERC TFHHQAREFA VNLRNRVS A IHEVPPPRSF TFLNDACQGL EQARKVLAYA CVYSFYSQDA EYMDVVEQQT ENLELHTNAL QILLEETLLR CRDLASSLR LLRADCLSTG MELLRRIQER LLAILQHSAQ DFRVGLQSPS VEAWEAKGPN MPGSQPQASS GPEAEEEEED DEDDVPEWQQ DEFDEELDN DSFSYDESEN LDQETFFFGD EEEDEDEAYD UniProtKB: ![]() |
-分子 #2: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子 | 名称: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 12.289977 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAAAMDVDTP SGTNSGAGKK RFEVKKWNAV ALWAWDIVVD NCAICRNHIM DLCIECQANQ ASATSEECTV AWGVCNHAFH FHCISRWLK TRQVCPLDNR EWEFQKYGH UniProtKB: E3 ubiquitin-protein ligase RBX1 |
-分子 #3: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | ![]() |
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![]() | ![]() |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 3 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD![]() 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |