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万見
- EMDB-19137: Composite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19137
タイトルComposite structure of the Dictyostelium discoideum nuclear pore complex in cells
マップデータComposite map of the Dictyostelium discoideum NPC
試料
  • 複合体: Nuclear pore complex
キーワードnuclear pore complex / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-heme linkage / COPII-mediated vesicle transport / Amino acids regulate mTORC1 / protein kinase 5 complex / nuclear pore transmembrane ring / bacteriocin transport / mRNA cleavage factor complex / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding ...protein-heme linkage / COPII-mediated vesicle transport / Amino acids regulate mTORC1 / protein kinase 5 complex / nuclear pore transmembrane ring / bacteriocin transport / mRNA cleavage factor complex / Seh1-associated complex / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / protein localization to nuclear inner membrane / nuclear pore inner ring / toxin transmembrane transporter activity / nuclear pore central transport channel / transcription-dependent tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / nuclear pore outer ring / nuclear pore complex assembly / telomere tethering at nuclear periphery / nuclear pore organization / cytochrome complex assembly / COPII vesicle coat / nuclear pore cytoplasmic filaments / post-transcriptional tethering of RNA polymerase II gene DNA at nuclear periphery / NLS-bearing protein import into nucleus / structural constituent of nuclear pore / nuclear localization sequence binding / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / mRNA 3'-end processing / RNA export from nucleus / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / termination of RNA polymerase II transcription / RNA polymerase II complex binding / ribosomal large subunit export from nucleus / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / positive regulation of TORC1 signaling / cellular response to amino acid starvation / phospholipid binding / spindle pole / protein import into nucleus / protein transport / microtubule binding / nuclear membrane / oxidoreductase activity / lysosomal membrane / mRNA binding / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / RNA binding / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Nuclear pore membrane glycoprotein 210-like / : / : / : / : / : / NUP210 Ig-like domain 15 / NUP210 Ig-like domain 7 / NUP210 Ig-like domain 3 ...: / Nuclear pore membrane glycoprotein 210-like / : / : / : / : / : / NUP210 Ig-like domain 15 / NUP210 Ig-like domain 7 / NUP210 Ig-like domain 3 / NUP210 Ig-like domain 1 / NUP210 Ig-like domain 2 / CcmE/CycJ protein / CcmE-like superfamily / Aladin / CcmE domain / Protein PCF11-like / Cyclin-dependent kinase 5 activator / Nucleoporin Nup88 / Nuclear pore component / Tol-Pal system, TolA / Nucleoporin NUP88/NUP82 / Nucleoporin, Nup155-like, C-terminal, subdomain 3 / Nucleoporin Nup54/Nup57/Nup44 / Nucleoporin Nup54, alpha-helical domain / Nucleoporin complex subunit 54 / Nucleoporin, NSP1-like, C-terminal / Nucleoporin NSP1/NUP62 / Nsp1-like C-terminal region / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore protein 84/107 / Nuclear pore protein 84 / 107 / Nuclear pore complex protein Nup133-like / Nucleoporin, Nup155-like / Nucleoporin Nup186/Nup192/Nup205 / Nuclear pore complex scaffold, nucleoporins 186/192/205 / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, C-terminal / Non-repetitive/WGA-negative nucleoporin C-terminal / Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96 / Nucleoporin FG repeat / Nucleoporin FG repeat region / Nucleoporin, Nup133/Nup155-like, N-terminal / Nup133 N terminal like / Sec13/Seh1 family / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96-like, autopeptidase S59 domain superfamily / Nucleoporin peptidase S59-like / Nup98-96 autopeptidase S59 / NUP C-terminal domain profile. / Bacterial Ig-like domain 2 / Invasin/intimin cell-adhesion fragments / Bacterial Ig-like domain, group 2 / Prismane-like superfamily / Serralysin-like metalloprotease, C-terminal / : / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type / G-protein beta WD-40 repeat / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
RanBP2-type zinc finger / Protein SEC13 homolog / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin 155 / WD40-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Nucleoporin 210 / Nucleoporin 133 / Nuclear pore complex protein / Nuclear pore complex protein nup85 ...RanBP2-type zinc finger / Protein SEC13 homolog / Nuclear pore complex protein Nup98-Nup96 / Nucleoporin 155 / WD40-like domain-containing protein / Uncharacterized protein / Nucleoporin 210 / Nucleoporin 133 / Nuclear pore complex protein / Nuclear pore complex protein nup85 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein nup43 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein nup54 / Uncharacterized protein / ELYS-like domain-containing protein / Nuclear pore protein / WD40 repeat-containing protein / Nuclear pore protein / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Hoffmann PC / Kim H / Obarska-Kosinska A / Kreysing J / Andino-Frydman E / Cruz-Leon S / Cernikova L / Kosinski J / Turonova B / Hummer G / Beck M
資金援助 ドイツ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 33-2021European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2025
タイトル: Nuclear pore permeability and fluid flow are modulated by its dilation state.
著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata ...著者: Patrick C Hoffmann / Hyuntae Kim / Agnieszka Obarska-Kosinska / Jan Philipp Kreysing / Eli Andino-Frydman / Sergio Cruz-León / Erica Margiotta / Lenka Cernikova / Jan Kosinski / Beata Turoňová / Gerhard Hummer / Martin Beck /
要旨: Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in ...Changing environmental conditions necessitate rapid adaptation of cytoplasmic and nuclear volumes. We use the slime mold Dictyostelium discoideum, known for its ability to tolerate extreme changes in osmolarity, to assess which role nuclear pore complexes (NPCs) play in achieving nuclear volume adaptation and relieving mechanical stress. We capitalize on the unique properties of D. discoideum to quantify fluid flow across NPCs. D. discoideum has an elaborate NPC structure in situ. Its dilation state affects NPC permeability for nucleocytosolic flow. Based on mathematical concepts adapted from hydrodynamics, we conceptualize this phenomenon as porous flow across NPCs, which is distinct from canonically characterized modes of nucleocytoplasmic transport because of its dependence on pressure. Viral NPC blockage decreased nucleocytosolic flow. Our results may be relevant for any biological conditions that entail rapid nuclear size adaptation, including metastasizing cancer cells, migrating cells, or differentiating tissues.
履歴
登録2023年12月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月25日-
マップ公開2024年12月25日-
更新2025年2月19日-
現状2025年2月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19137.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19137.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map of the Dictyostelium discoideum NPC
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
8.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 2088.96 Å		8.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 2088.96 Å		8.7 Å/pix.
x 240 pix.
= 2088.96 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 8.704 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.0
最小 - 最大-7.92542 - 11.922959000000001
平均 (標準偏差)0.07980484 (±0.60606706)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-28-28-28
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 2088.9602 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Symmetrized map of the whole Dictyostelium discoideum NPC

ファイルemd_19137_additional_1.map
注釈Symmetrized map of the whole Dictyostelium discoideum NPC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nuclear pore complex

全体名称: Nuclear pore complex
要素
  • 複合体: Nuclear pore complex

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超分子 #1: Nuclear pore complex

超分子名称: Nuclear pore complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Dictyostelium discoideum AX2 (キイロタマホコリカビ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.2
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.3 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / 使用したサブトモグラム数: 4921
抽出トモグラム数: 310 / 使用した粒子像数: 5960
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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