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- EMDB-19121: CryoEM structure of the plant helper NLR NRC2 in its resting state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19121
タイトルCryoEM structure of the plant helper NLR NRC2 in its resting state
マップデータPlease use contour for 0.0034 for atom inclusion. This covers all the main chain atoms in the model
試料
  • 複合体: NRC2 heler NLR dimer with ADP
    • タンパク質・ペプチド: NRC2a
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
キーワードNLR protein / Helper NLRl / plant immunity / R-protein / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


defense response to other organism / ADP binding
類似検索 - 分子機能
Virus X resistance protein-like, coiled-coil domain / Rx, N-terminal / Rx N-terminal domain / Disease resistance protein, plants / Apoptotic protease-activating factors, helical domain / NB-ARC / NB-ARC domain / Leucine-rich repeat domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Selvaraj M / Kamoun S / Contreras MP
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)V002937/1 英国
引用ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: Activation of plant immunity through conversion of a helper NLR homodimer into a resistosome
著者: Selvaraj M / Kamoun S / Contreras MP
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月10日-
マップ公開2024年1月10日-
更新2024年1月10日-
現状2024年1月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19121.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19121.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Please use contour for 0.0034 for atom inclusion. This covers all the main chain atoms in the model
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.828 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0034
最小 - 最大-0.012051321 - 0.022530898
平均 (標準偏差)0.000101284684 (±0.0007619272)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 211.968 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19121_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19121_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19121_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : NRC2 heler NLR dimer with ADP

全体名称: NRC2 heler NLR dimer with ADP
要素
  • 複合体: NRC2 heler NLR dimer with ADP
    • タンパク質・ペプチド: NRC2a
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

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超分子 #1: NRC2 heler NLR dimer with ADP

超分子名称: NRC2 heler NLR dimer with ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: This is helper NLR protein NRC2 in inactive state with ADP nucleotide bound state
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: NRC2a

分子名称: NRC2a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) / 組織: leaves
分子量理論値: 107.522398 KDa
組換発現生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科)
配列文字列: MANVAVEFLV QNLMQLLRDN AELIVGVKDS AESLLQDLND FNAFLKQTAK SRTENDVHKE LVKKIKTVVN SAEDAIDKFV IEAKLHKDK GVGRFVDVKH YKRVYDVAGE IKTIRDKVKE IRLNNALDLQ ALQDEDQSAK GVQERKPPVV EEDDVVGFEE E ADKVINRL ...文字列:
MANVAVEFLV QNLMQLLRDN AELIVGVKDS AESLLQDLND FNAFLKQTAK SRTENDVHKE LVKKIKTVVN SAEDAIDKFV IEAKLHKDK GVGRFVDVKH YKRVYDVAGE IKTIRDKVKE IRLNNALDLQ ALQDEDQSAK GVQERKPPVV EEDDVVGFEE E ADKVINRL LGGSSGLEVV PVVGMPGLGK TTLANKIYKH PDIGYQFFTR IWVYVSQSYR RRELFLNIIS KFTRNTKQYH DM CEEDLAD EIEDFLGKGG KYLIVLDDVW SPDAWERIRI AFPNNNKSNR ILLTTRDSKV AKQCKQCIGI PHDLKFLTED ESW ILLEKK VFHKDKCPPE LELSGKSIAK KCNGLPLAIV VIAGALIGKG KTSREWKQVD ESVGEHLINK DQPENCNKLV QLSY DRLSY DLKACFLYCG AFPGGFEIPA WKLIRLWIAE GFIQYKGHLS LECKAEDNLN DLINRNLVMV MQRTSDGQIK TCRLH DMLH EFCRQEAMKE ENLFQEIKLG AEQYFPGKRE LATYRRLCIH SSVLEFISTK PSGEHVRSFL SFSLKKIEMP SVDIPT IPK GFPLLRVFDV ESINFSRFSK EFFQLYHLRY IAFSSDTIKI IPKHIGELWN IQTLIINTQQ RSLDIQANIW NMERLRH LH TNSSAKLPVP VTPRSSKVPL VNQSLQTLST IAPESCTEEV FARTPNLKKL GIRGKIAVLL EPNKSLLKNV KKLESLEN L KLINDSSQTG KGLRLPPSYI FPTKLRKLSL VDTWLEWNDM SILGQMEHLE VLKLKENGFM GECWESVGGF CSLLVLWIE RTDLVSWKAS ADHFPRLKHL VLICCDKLKE IPIGLADIRS FQVMELQNST KTAAISARGI RDKKDKQTQE GTNNNGFKLS IFPPDLGSG SGRGSHHHHH HDYDIPTTAS ENLYFQGELD YKDHDGDYKD HDIDYKDDDD K

UniProtKB: NRC2a

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
100.0 mMTris HCl
150.0 mMNaCl
1.0 mMMagnesium chloride
1.0 mMEDTA
5.0 PercentageGlycerol
グリッドモデル: C-flat / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 詳細: The grids were negatively glow discharged
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: The C-flat grids were coated with grphene oxide, in house and the sample was applied two times inside the vitrobot chamber.
詳細the particles are NRC2 purified from plant after over expression. This was suspended in buffer and cryogrids were made on graphene oxide backing

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6000 / 平均露光時間: 2.6 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Tbhe autopick program picked so many particles including non-protein stuffs
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Abinitio model from Relion
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 229347
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 3次元分類クラス数: 3 / 平均メンバー数/クラス: 200000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Residue range: 1-880 / Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: This is the full length sequence of NRC
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 100 / 当てはまり具合の基準: CC
得られたモデル

PDB-8rfh:
CryoEM structure of the plant helper NLR NRC2 in its resting state

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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