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- EMDB-19114: WT-CGS sample in nanodisc -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19114
タイトルWT-CGS sample in nanodisc
マップデータ
試料
  • 複合体: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE
キーワードcgs / cyclic glucan / ANTIBIOTIC
機能・相同性
機能・相同性情報


glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / membrane
類似検索 - 分子機能
NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain ...NdvB, GH94N domain 1 / NdvB, GH94N domain 2 / Glycoamylase-like, conserved domain / Putative glucoamylase / Putative carbohydrate binding domain / Putative carbohydrate binding domain / Glycosyl hydrolase 94 / Glycosyltransferase family 36 / Glycosyl hydrolase 36, catalytic domain / Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 65, N-terminal domain superfamily / Galactose mutarotase-like domain superfamily / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Nucleotide-diphospho-sugar transferases
類似検索 - ドメイン・相同性
Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Sedzicki J / Ni D / Lehmann F / Stahlberg H / Dehio C
資金援助 スイス, 4件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation310030B_201273 スイス
Swiss National Science FoundationNCCR AntiResist grant 180541 スイス
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationSino-Swiss Science and Technology Cooperation SSSTC grant スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure-function analysis of the cyclic β-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens.
著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Henning Stahlberg / Christoph Dehio /
要旨: The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major ...The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major pathogens of humans (Brucella) and plants (Agrobacterium). CβG is produced by the cyclic glucan synthase (Cgs), a multi-domain membrane protein. So far, its structure as well as the mechanism underlining the synthesis have not been clarified. Here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) and functional approaches to study Cgs from A. tumefaciens. We determine the structure of this complex protein machinery and clarify key aspects of CβG synthesis, revealing a distinct mechanism that uses a tyrosine-linked oligosaccharide intermediate in cycles of polymerization and processing of the glucan chain. Our research opens possibilities for combating pathogens that rely on polysaccharide virulence factors and may lead to synthetic biology approaches for producing complex cyclic sugars.
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月20日-
マップ公開2024年3月20日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19114.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19114.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.316 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.30495772 - 0.63722056
平均 (標準偏差)0.000008446075 (±0.019264724)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 394.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_19114_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19114_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19114_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens

全体名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
要素
  • 複合体: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB
  • リガンド: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE

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超分子 #1: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens

超分子名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)

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分子 #1: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB

分子名称: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
分子量理論値: 315.448031 KDa
組換発現生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
配列文字列: MSFHITPTAA ARDSETKQID HNDSIRASYM TIEELHDAGA ALSRDGADSL PGFMEFDFFE RHRENEKEIL RVYRTTAVDA ENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVRR DFPRKFYRQL PTMTVGGVTI PRVMALGWLY VAHTHSTVSR ENMTALVDGY Q TSQTLQIG ...文字列:
MSFHITPTAA ARDSETKQID HNDSIRASYM TIEELHDAGA ALSRDGADSL PGFMEFDFFE RHRENEKEIL RVYRTTAVDA ENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVRR DFPRKFYRQL PTMTVGGVTI PRVMALGWLY VAHTHSTVSR ENMTALVDGY Q TSQTLQIG ELWALPSIIR FVLIENLRRI SIRVERSRRM RQKANEVVDE IIRLNDAEAS AALLKQVDSL VDDPTFATQF LY RLRNGSQ TSGFAVAWLE ERLHAAGTDA ENVMMSEHNR LASGNVTMGN IVKSLREIDD TEWSVWFEEV SHIDKVLREE TDY EILDFG SRNTYRNTIE LLARRSPRTE VEVARAAVEM ARSDLPAGAD ENHRVNVGSV LVGQRRFELE KALGYRPLAS QHIV RSMRK FNWLAIAAPV LLITAVAMLA VGWFLAKAGM PWYVVTAFLL MFALPASEGA TGLFNTLVTF FVKPFRLVGY EFKNG IPED ARTLVAVPCM LTSRDSVDEM MRNIEVHYLA NPHGEIYFSL VSDWRDAPYE QSDEDLEILD YAKRELAALN SRYAFD GKT RFYLLHRRRI YNSAEECWMG WERKRGKLHE LNMLLRGDKD TTFLGGSNIV PADVKYVMTL DADTRLMRDA VTKLVGK MH HPINRPKIDP VSGRVVEGYG LLQPRVTPSL TTGKDASVFQ RVFSINRGID PYVFTVSDVY QDLTSEGTFT GKGLYDVD A FEAALKGRIE ENSILSHDLL EGSFARCALV TDVELVEDFP TRYEVEVSRQ HRWARGDWQL LPFIIDRARG VTAIGRWKM VDNLRRSLTP IAWFFASILG WYFMDPLGAL IWQILLIFSL FVAPTLSLLS GLVPRSTDIV PQAHFFTIWS EIRATNAQVA LRIVFIADA ACMMTDAIVR SLYRLLVSHK LMLEWRTAAS MQSSAQGSIV DYYRQMWHAP VVAMLGLLFA ALPGDNAFLI G IPFTLLWV LSPAVAWYVS QSAETEDRLF VSEHVSFELR KIARRTWRYY EAFVTPQENH LPPDNFQETP EPIVASRTSP TN IGVYLLS VISARQFGWI SFADTLERIE NTIQTVEKME KHRGHLYNWY HTDTLQTLGP RYVSAVDSGN LAGHLIAVSS ACR DWAEAP SAHLQGNLDG IGDVAGILRE TLKALPDNRK TLRPLHRRLE ERIIGFSNAL ASVKREHEFA SIRVINLAVL ARDI QKLAT NVDHEVKSAQ SAEVTRWAQL LVESCEAHIS DSAIDLTNME PLRQRLASLR DRSRNLAFSM DFTFLYRKDR RLLSI GYRV ESKELDEACY DLLASECRLT SLFAIAKGDL PTEHWYRLGR QVVPIGAQGA LVSWSGSMFE YLMPPLVMQE RQGGIL NQT NNLIVKEQMN HGRRLGTPWG ISEAAFNARD HNMNYQYTNF GVPTLGLKRG LGQNAVIAPY ASILASQYDP DGALENL DK LRKLGALGQY GFHDAVDFTP TRVPDGKVCA VVYNYYAHHH GMSIAAVANV AFDGVLRELF HSDPVIEAAE LLLQEKAP R EVPVMSAKYE PETPGKEQAD LLRAEVRSIA DPAVRDREVV FLSNGHYSTM LTSTGAGYSK WNGQAISRWK ADPTDDRWG TFIFLRDTTN GQWWSATAEP RVIEGEKTKT IFTDDKAEFH KTIGDLQSVV ECIVATEHDA EGRRITLLNV GSEDRYIEVT SYMEPVIAS EDDDNAHPLF SRMFVQTEIG RRGDVIRAWR NRRSQNEPGT VIAHLAADNA GPSRPTEFET DRAKFIGRGR S LREAAAFD AGATLSSSDG FTLDPILSLR RTVRVPAGKK VSVIFWTIAA PSREEVDKAI DRYRHPDAFA HELVHAWTRT QV QMRHVGV TSQQAAAFQH LGRYLTYPDM HLRADSETLK TGLASQRALW PLAISGDFPI FSLRINDDMD MDIAREALSA HEY LRSRGV IFDLVIVNER AASYAQDMQH ALDHISETQR RINPADGGRP HVFSVRRDLM DEETWSALLA ASRVVLHVRN GKIV DQINR AVSLFAANRG PDGSSDAAQA RLPVPAFPVA EPVEDAGDLD FWNGFGGFAK NGQEYVVRLN GGQSTPHPWI NVISN ENFG FHISAEGAGF SWSRNSRDYQ LTPWTNDPVI NRPGEAFYVA DVETGKLYTP CAALSRDPEA MFETRHGLGY SILTGV ADT LEVELTQTVD REKPVKFSQV IVRNKGSKSR RLKVYAYVEW VLGNNGQKSA PFILSRHDAG SNAIFASNPY SIDYSAR TS FLTLDSEASG FTTSRREFIG RFGSAQAPQG IVAGAALSGT TEVDGDPCAA LMQEIHLKPG EERHMTFILG DADNAEEA E ALVKDVRQAD FLSVLEESKK FWTGFTGQLQ VSTPDAGFNH MVNNWLPYQA LACRILARTA FYQSSGAFGF RDQLQDTLA FLLYQPDLAR TQILRAAGRQ FPEGDVQHWW LPLTGAGVRT TISDDVVWLA YAINQYVSAT GDAAILDESI PFLKGPALMP GQHDAFFQP ETSERSATLY EHAALALDLA IHRTGENGLP LILGGDWNDG MNRVGVGGKG TSVWLGWFLA GALRDFIEIA E KRGDTDRV GKWASHREKL RHVLETAGWD GSYYRRGYFD DGTPLGSASS EECQIDSLGQ SWSVLSGEGE EGRSRQAMDA VM EHLVDEK TGIIRLFTPP FSRASHDPGY IKGYPPGVRE NGGQYTHAAT WVVLALAKQG RAQEAWNCFK LLNPVNHALD AAS SETYRV EPYVVTADVY GEGAYAGRGG WSWYTGSAGW LYRAAVEGIL GITRTDGKLH VSPSLPEDWS GFSIRITLDG KARD IAVSR KAGTADVSVS VDG

UniProtKB: Cyclic beta-(1,2)-glucan synthase NdvB

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分子 #4: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE

分子名称: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: UPG
分子量理論値: 566.302 Da
Chemical component information

ChemComp-UPG:
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE-GLUCOSE / UDP-グルコ-ス

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 50000
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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