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- EMDB-19111: CryoEM structure of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19111
タイトルCryoEM structure of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody.
マップデータMain map: Sharpened map of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12, used for model refinement. Additional map: DeepEMhancer sharpened map, used for model building and map visualization.
試料
  • 複合体: mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.
    • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
    • タンパク質・ペプチド: mFab LMT-12, Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: mFab LMT-12, Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
キーワードGARP / TGF-B1 / ACTIVATION / TREG / IMMUNE SYSTEM / ANTIBODY
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / Syndecan interactions / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / RUNX3 regulates p14-ARF / Molecules associated with elastic fibres / establishment of protein localization to extracellular region / leukocyte proliferation / connective tissue development ...regulation of CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell differentiation / Syndecan interactions / TGFBR3 regulates TGF-beta signaling / CD4-positive, CD25-positive, alpha-beta regulatory T cell lineage commitment / RUNX3 regulates CDKN1A transcription / RUNX3 regulates p14-ARF / Molecules associated with elastic fibres / establishment of protein localization to extracellular region / leukocyte proliferation / connective tissue development / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / cellular response to acetaldehyde / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / adaptive immune response based on somatic recombination of immune receptors built from immunoglobulin superfamily domains / positive regulation of microglia differentiation / regulation of interleukin-23 production / branch elongation involved in mammary gland duct branching / positive regulation of primary miRNA processing / columnar/cuboidal epithelial cell maturation / negative regulation of skeletal muscle tissue development / regulation of branching involved in mammary gland duct morphogenesis / frontal suture morphogenesis / regulation of enamel mineralization / regulation of cartilage development / regulation of striated muscle tissue development / regulatory T cell differentiation / tolerance induction to self antigen / Regulation of RUNX3 expression and activity / regulation of protein import into nucleus / response to laminar fluid shear stress / embryonic liver development / extracellular matrix assembly / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / negative regulation of hyaluronan biosynthetic process / type III transforming growth factor beta receptor binding / positive regulation of cardiac muscle cell differentiation / odontoblast differentiation / positive regulation of odontogenesis / Langerhans cell differentiation / positive regulation of smooth muscle cell differentiation / mononuclear cell proliferation / positive regulation of exit from mitosis / secondary palate development / negative regulation of macrophage cytokine production / positive regulation of isotype switching to IgA isotypes / positive regulation of mesenchymal stem cell proliferation / Cell surface interactions at the vascular wall / membrane protein intracellular domain proteolysis / positive regulation of receptor signaling pathway via STAT / T-helper 17 cell lineage commitment / retina vasculature development in camera-type eye / heart valve morphogenesis / mammary gland branching involved in thelarche / bronchiole development / hyaluronan catabolic process / positive regulation of vasculature development / regulation of regulatory T cell differentiation / Platelet degranulation / negative regulation of T cell activation / lens fiber cell differentiation / positive regulation of extracellular matrix assembly / transforming growth factor beta receptor binding / ATP biosynthetic process / positive regulation of branching involved in ureteric bud morphogenesis / type II transforming growth factor beta receptor binding / receptor catabolic process / positive regulation of chemotaxis / cell activation / receptor ligand inhibitor activity / type I transforming growth factor beta receptor binding / germ cell migration / negative regulation of biomineral tissue development / positive regulation of mononuclear cell migration / phospholipid homeostasis / response to salt / endoderm development / negative regulation of myoblast differentiation / negative regulation of cell-cell adhesion mediated by cadherin / positive regulation of vascular permeability / mammary gland development / response to cholesterol / oligodendrocyte development / negative regulation of interleukin-17 production / surfactant homeostasis / deubiquitinase activator activity / phosphate-containing compound metabolic process / transforming growth factor beta binding / response to vitamin D / sprouting angiogenesis / negative regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / positive regulation of chemokine (C-X-C motif) ligand 2 production / positive regulation of fibroblast migration / cell-cell junction organization / aortic valve morphogenesis / negative regulation of ossification / digestive tract development / face morphogenesis / neural tube development / positive regulation of regulatory T cell differentiation
類似検索 - 分子機能
Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain ...Transforming growth factor beta-1 proprotein / Transforming growth factor-beta / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Leucine rich repeat, ribonuclease inhibitor type / Leucine-rich repeats, bacterial type / Cystine-knot cytokine / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transforming growth factor beta activator LRRC32 / Transforming growth factor beta-1 proprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Felix J / Lambert F / Marien L / van der Woning B / Savvides SN / Lucas S
資金援助 ベルギー, 5件
OrganizationGrant number国
Other privateFondation contre le Cancer / 2020-079
Other governmentARC / 19/24-098
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)PDR / T.0145.21 ベルギー
Fonds National de la Recherche Scientifique (FNRS)WELBIO / CR2019A-02R ベルギー
Other privateSalus Sanguinis
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TGF-beta1 activating antibodies as novel immunotherapeutics for graft-versus-host disease.
著者: Lambert F / Felix J / Wautier S / Gaignage M / Dupre E / Marien L / Lesage M / van der Woning B / Coulie PG / Savvides SN / Lucas S
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年6月25日-
マップ公開2025年6月25日-
更新2025年6月25日-
現状2025年6月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19111.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19111.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map: Sharpened map of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12, used for model refinement. Additional map: DeepEMhancer sharpened map, used for model building and map visualization.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å		0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å		0.72 Å/pix.
x 440 pix.
= 316.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.72 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.06
最小 - 最大-0.3829911 - 0.6301
平均 (標準偏差)0.00006955558 (±0.009160325)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 316.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19111_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: DeepEMhancer sharpened map of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex...

ファイルemd_19111_additional_1.map
注釈DeepEMhancer sharpened map of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12, used for model building and map visualization.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 2 of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.

ファイルemd_19111_half_map_1.map
注釈Half map 2 of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map 1 of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.

ファイルemd_19111_half_map_2.map
注釈Half map 1 of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.

全体名称: mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.
要素
  • 複合体: mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.
    • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta activator LRRC32
    • タンパク質・ペプチド: mFab LMT-12, Light Chain
    • タンパク質・ペプチド: mFab LMT-12, Heavy Chain
  • タンパク質・ペプチド: Transforming growth factor beta-1 proprotein
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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超分子 #1: mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12.

超分子名称: mouse GAPR-lTGFbeta1 in complex with Fab LMT-12. / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#4
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 259.9 KDa

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分子 #1: Transforming growth factor beta-1 proprotein

分子名称: Transforming growth factor beta-1 proprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 44.369926 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MPPSGLRLLP LLLPLPWLLV LTPGRPAAGL STCKTIDMEL VKRKRIEAIR GQILSKLRLA SPPSQGEVPP GPLPEAVLAL YNSTRDRVA GESADPEPEP EADYYAKEVT RVLMVDRNNA IYEKTKDISH SIYMFFNTSD IREAVPEPPL LSRAELRLQR L KSSVEQHV ...文字列:
MPPSGLRLLP LLLPLPWLLV LTPGRPAAGL STCKTIDMEL VKRKRIEAIR GQILSKLRLA SPPSQGEVPP GPLPEAVLAL YNSTRDRVA GESADPEPEP EADYYAKEVT RVLMVDRNNA IYEKTKDISH SIYMFFNTSD IREAVPEPPL LSRAELRLQR L KSSVEQHV ELYQKYSNNS WRYLGNRLLT PTDTPEWLSF DVTGVVRQWL NQGDGIQGFR FSAHCSCDSK DNKLHVEING IS PKRRGDL GTIHDMNRPF LLLMATPLER AQHLHSSRHR RALDTNYCFS STEKNCCVRQ LYIDFRKDLG WKWIHEPKGY HAN FCLGPC PYIWSLDTQY SKVLALYNQH NPGASASPCC VPQALEPLPI VYYVGRKPKV EQLSNMIVRS CKCS

UniProtKB: Transforming growth factor beta-1 proprotein

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分子 #2: Transforming growth factor beta activator LRRC32

分子名称: Transforming growth factor beta activator LRRC32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 73.699914 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MSHQILLLLA MLTLGLAISQ RREQVPCRTV NKEALCHGLG LLQVPSVLSL DIQALYLSGN QLQSILVSPL GFYTALRHLD LSDNQISFL QAGVFQALPY LEHLNLAHNR LATGMALNSG GLGRLPLLVS LDLSGNSLHG NLVERLLGET PRLRTLSLAE N SLTRLARH ...文字列:
MSHQILLLLA MLTLGLAISQ RREQVPCRTV NKEALCHGLG LLQVPSVLSL DIQALYLSGN QLQSILVSPL GFYTALRHLD LSDNQISFL QAGVFQALPY LEHLNLAHNR LATGMALNSG GLGRLPLLVS LDLSGNSLHG NLVERLLGET PRLRTLSLAE N SLTRLARH TFWGMPAVEQ LDLHSNVLMD IEDGAFEALP HLTHLNLSRN SLTCISDFSL QQLQVLDLSC NSIEAFQTAP EP QAQFQLA WLDLRENKLL HFPDLAVFPR LIYLNVSNNL IQLPAGLPRG SEDLHAPSEG WSASPLSNPS RNASTHPLSQ LLN LDLSYN EIELVPASFL EHLTSLRFLN LSRNCLRSFE ARQVDSLPCL VLLDLSHNVL EALELGTKVL GSLQTLLLQD NALQ ELPPY TFASLASLQR LNLQGNQVSP CGGPAEPGPP GCVDFSGIPT LHVLNMAGNS MGMLRAGSFL HTPLTELDLS TNPGL DVAT GALVGLEASL EVLELQGNGL TVLRVDLPCF LRLKRLNLAE NQLSHLPAWT RAVSLEVLDL RNNSFSLLPG NAMGGL ETS LRRLYLQGNP LSCCGNGWLA AQLHQGRVDV DATQDLICRF GSQEELSLSL VRPEDCEKGG LKNVNLEAAA ENLYFQG AA WSHPQFEKGA AWSHPQFEKG AAWSHPQFEK GAA

UniProtKB: Transforming growth factor beta activator LRRC32

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分子 #3: mFab LMT-12, Light Chain

分子名称: mFab LMT-12, Light Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.713555 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSQ PALTQLSSMS GSPGQTVTIT CTGSSSNIGG GYYLNWYQQL PGAAPKLVIY NANNRASGVP DRFSGSKSG NLASLTITGL QAEDEAVYFC GCYDSSLSSV VFGGGTHLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL I SDFYPGAV ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSQ PALTQLSSMS GSPGQTVTIT CTGSSSNIGG GYYLNWYQQL PGAAPKLVIY NANNRASGVP DRFSGSKSG NLASLTITGL QAEDEAVYFC GCYDSSLSSV VFGGGTHLTV LGQPKAAPSV TLFPPSSEEL QANKATLVCL I SDFYPGAV TVAWKADSSP VKAGVETTTP SKQSNNKYAA SSYLSLTPEQ WKSHRSYSCQ VTHEGSTVEK TVAPTECS

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分子 #4: mFab LMT-12, Heavy Chain

分子名称: mFab LMT-12, Heavy Chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 26.143363 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFTFSS YYMYWVRQAP GKGLEWVSGT SIGGGSTWYA DSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNNLKSED TAVYYCAKDL NSRSYKGMGD WGQGTQVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL ...文字列:
MGWSCIILFL VATATGVHSE VQLVESGGGL VQPGGSLRLS CAASGFTFSS YYMYWVRQAP GKGLEWVSGT SIGGGSTWYA DSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNNLKSED TAVYYCAKDL NSRSYKGMGD WGQGTQVTVS SASTKGPSVF PLAPSSKSTS G GTAALGCL VKDYFPEPVT VSWNSGALTS GVHTFPAVLQ SSGLYSLSSV VTVPSSSLGT QTYICNVNHK PSNTKVDKKV EP KSCDKTH

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.12 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
25.0 mMC8H18N2O4SHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 詳細: Grids were acquired via PUXANO (https://puxano.com)
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13898 / 平均露光時間: 3.37 sec. / 平均電子線量: 61.8 e/Å2
詳細: A total of 6605 untilted movies were collected followed by 3508 movies at 20 degree tilt.
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: Alphafold models of mouse GARP and mouse transforming growth factor beta 1 pro-protein
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 288887
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 2 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

9-f1

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model

2-f1

source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8rex:
CryoEM structure of mouse GARP-lTGFbeta1 in complex with a Fab fragment derived from an activating antibody.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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