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- EMDB-19052: CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19052
タイトルCryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, overall refinement
マップデータEM map of mTORC1 with the cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication variant.
試料
  • 複合体: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードTarget of Rapamycin / mTOR / Cancer-associated mutants / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC2 signaling ...RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of cytoplasmic translational initiation / regulation of locomotor rhythm / T-helper 1 cell lineage commitment / positive regulation of pentose-phosphate shunt / Activation of the mRNA upon binding of the cap-binding complex and eIFs, and subsequent binding to 43S / positive regulation of wound healing, spreading of epidermal cells / eukaryotic initiation factor 4E binding / TORC2 signaling / TORC2 complex / regulation of membrane permeability / cellular response to leucine starvation / negative regulation of lysosome organization / heart valve morphogenesis / TFIIIC-class transcription factor complex binding / TORC1 complex / voluntary musculoskeletal movement / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / calcineurin-NFAT signaling cascade / positive regulation of odontoblast differentiation / regulation of osteoclast differentiation / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / positive regulation of keratinocyte migration / regulation of lysosome organization / MTOR signalling / Amino acids regulate mTORC1 / cellular response to nutrient / cellular response to L-leucine / energy reserve metabolic process / regulation of autophagosome assembly / Energy dependent regulation of mTOR by LKB1-AMPK / TORC1 signaling / ruffle organization / serine/threonine protein kinase complex / cellular response to methionine / negative regulation of cell size / positive regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / cellular response to osmotic stress / inositol hexakisphosphate binding / anoikis / negative regulation of protein localization to nucleus / cardiac muscle cell development / negative regulation of calcineurin-NFAT signaling cascade / regulation of myelination / positive regulation of transcription by RNA polymerase III / negative regulation of macroautophagy / Macroautophagy / positive regulation of myotube differentiation / regulation of cell size / positive regulation of actin filament polymerization / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / germ cell development / TOR signaling / behavioral response to pain / mTORC1-mediated signalling / oligodendrocyte differentiation / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of translational initiation / protein kinase activator activity / social behavior / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / positive regulation of TOR signaling / HSF1-dependent transactivation / regulation of macroautophagy / enzyme-substrate adaptor activity / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / response to amino acid / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / heart morphogenesis / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / neuronal action potential / positive regulation of lipid biosynthetic process / cellular response to nutrient levels / positive regulation of lamellipodium assembly / regulation of cellular response to heat / cardiac muscle contraction / phagocytic vesicle / T cell costimulation / positive regulation of stress fiber assembly / translation initiation factor binding / translation repressor activity / positive regulation of endothelial cell proliferation / 14-3-3 protein binding / cytoskeleton organization / negative regulation of translational initiation / endomembrane system / negative regulation of autophagy / positive regulation of mitotic cell cycle / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / cellular response to starvation / positive regulation of glycolytic process / positive regulation of translation / protein serine/threonine kinase activator activity / regulation of signal transduction by p53 class mediator / Regulation of PTEN gene transcription
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function ...Eukaryotic translation initiation factor 4E binding / Eukaryotic translation initiation factor 4E binding protein (EIF4EBP) / Raptor, N-terminal CASPase-like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Raptor N-terminal CASPase like domain / Regulatory associated protein of TOR / Target of rapamycin complex subunit LST8 / Domain of unknown function DUF3385, target of rapamycin protein / Serine/threonine-protein kinase mTOR domain / Domain of unknown function / FKBP12-rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase TOR / FKBP12-rapamycin binding domain superfamily / FKBP12-rapamycin binding domain / Rapamycin binding domain / Serine/threonine-protein kinase ATR-like, HEAT repeats / HEAT repeat / HEAT repeat / : / FATC domain / PIK-related kinase, FAT / FAT domain / FATC / FATC domain / PIK-related kinase / FAT domain profile. / FATC domain profile. / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / WD domain, G-beta repeat / Armadillo-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase mTOR / Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1 / Regulatory-associated protein of mTOR / Target of rapamycin complex subunit LST8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å
データ登録者Anandapadamanaban M / Hay IM / Perisic O / Williams RL
資金援助 英国, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UKDRCPGM 100014 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105184308 英国
European Molecular Biology Organization (EMBO)EMBO ALTF 603-2019European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: cryoEM structure of mTORC1 with the cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication variant, overall refinement
著者: Anandapadamanaban M / Hay I / Perisic O / Williams R
履歴
登録2023年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月11日-
マップ公開2024年9月11日-
更新2024年9月11日-
現状2024年9月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19052.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM map of mTORC1 with the cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication variant.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004
最小 - 最大-0.011950643 - 0.024985336
平均 (標準偏差)0.000028504444 (±0.0008312729)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 440.32 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including m...

全体名称: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8
要素
  • 複合体: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8
    • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein kinase mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Target of rapamycin complex subunit LST8
    • タンパク質・ペプチド: Regulatory-associated protein of mTOR
    • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including m...

超分子名称: mTORC1 complex is a dimer of a heterotrimeric complex including mTOR, RAPTOR and mLST8
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: This cancer-associated mTORC1 variant consists of mTOR 1455-EWED-1458 duplication, RAPTOR and mLST8 complex and its bound to a substrate 4EBP1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.09 MDa

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分子 #1: Serine/threonine-protein kinase mTOR

分子名称: Serine/threonine-protein kinase mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: non-specific serine/threonine protein kinase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 289.257969 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA ...文字列:
MLGTGPAAAT TAATTSSNVS VLQQFASGLK SRNEETRAKA AKELQHYVTM ELREMSQEES TRFYDQLNHH IFELVSSSDA NERKGGILA IASLIGVEGG NATRIGRFAN YLRNLLPSND PVVMEMASKA IGRLAMAGDT FTAEYVEFEV KRALEWLGAD R NEGRRHAA VLVLRELAIS VPTFFFQQVQ PFFDNIFVAV WDPKQAIREG AVAALRACLI LTTQREPKEM QKPQWYRHTF EE AEKGFDE TLAKEKGMNR DDRIHGALLI LNELVRISSM EGERLREEME EITQQQLVHD KYCKDLMGFG TKPRHITPFT SFQ AVQPQQ SNALVGLLGY SSHQGLMGFG TSPSPAKSTL VESRCCRDLM EEKFDQVCQW VLKCRNSKNS LIQMTILNLL PRLA AFRPS AFTDTQYLQD TMNHVLSCVK KEKERTAAFQ ALGLLSVAVR SEFKVYLPRV LDIIRAALPP KDFAHKRQKA MQVDA TVFT CISMLARAMG PGIQQDIKEL LEPMLAVGLS PALTAVLYDL SRQIPQLKKD IQDGLLKMLS LVLMHKPLRH PGMPKG LAH QLASPGLTTL PEASDVGSIT LALRTLGSFE FEGHSLTQFV RHCADHFLNS EHKEIRMEAA RTCSRLLTPS IHLISGH AH VVSQTAVQVV ADVLSKLLVV GITDPDPDIR YCVLASLDER FDAHLAQAEN LQALFVALND QVFEIRELAI CTVGRLSS M NPAFVMPFLR KMLIQILTEL EHSGIGRIKE QSARMLGHLV SNAPRLIRPY MEPILKALIL KLKDPDPDPN PGVINNVLA TIGELAQVSG LEMRKWVDEL FIIIMDMLQD SSLLAKRQVA LWTLGQLVAS TGYVVEPYRK YPTLLEVLLN FLKTEQNQGT RREAIRVLG LLGALDPYKH KVNIGMIDQS RDASAVSLSE SKSSQDSSDY STSEMLVNMG NLPLDEFYPA VSMVALMRIF R DQSLSHHH TMVVQAITFI FKSLGLKCVQ FLPQVMPTFL NVIRVCDGAI REFLFQQLGM LVSFVKSHIR PYMDEIVTLM RE FWVMNTS IQSTIILLIE QIVVALGGEF KLYLPQLIPH MLRVFMHDNS PGRIVSIKLL AAIQLFGANL DDYLHLLLPP IVK LFDAPE APLPSRKAAL ETVDRLTESL DFTDYASRII HPIVRTLDQS PELRSTAMDT LSSLVFQLGK KYQIFIPMVN KVLV RHRIN HQRYDVLICR IVKGYTLADE EEDPLIYQHR MLRSGQGDAL ASGPVETGPM KKLHVSTINL QKAWGAARRV SKDDW LEWL RRLSLELLKD SSSPSLRSCW ALAQAYNPMA RDLFNAAFVS CWSELNEDQQ DELIRSIELA LTSQDIAEVT QTLLNL AEF MEHSDKGPLP LRDDNGIVLL GERAAKCRAY AKALHYKELE FQKGPTPAIL ESLISINNKL QQPEAAAGVL EYAMKHF GE LEIQATWYEK LHEWEDALVA YDKKMDTNKD DPELMLGRMR CLEALGEWGQ LHQQCCEKWT LVNDETQAKM ARMAAAAA W GLGQWDSMEE YTCMIPRDTH DGAFYRAVLA LHQDLFSLAQ QCIDKARDLL DAELTAMAGE SYSRAYGAMV SCHMLSELE EVIQYKLVPE RREIIRQIWW ERLQGCQRIV EDWQKILMVR SLVVSPHEDM RTWLKYASLC GKSGRLALAH KTLVLLLGVD PSRQLDHPL PTVHPQVTYA YMKNMWKSAR KIDAFQHMQH FVQTMQQQAQ HAIATEDQQH KQELHKLMAR CFLKLGEWQL N LQGINEST IPKVLQYYSA ATEHDRSWYK AWHAWAVMNF EAVLHYKHQN QARDEKKKLR HASGANITNA TTAATTAATA TT TASTEGS NSESEAESTE NSPTPSPLQK KVTEDLSKTL LMYTVPAVQG FFRSISLSRG NNLQDTLRVL TLWFDYGHWP DVN EALVEG VKAIQIDTWL QVIPQLIARI DTPRPLVGRL IHQLLTDIGR YHPQALIYPL TVASKSTTTA RHNAANKILK NMCE HSNTL VQQAMMVSEE LIRVAILWHE MWHEGLEEAS RLYFGERNVK GMFEVLEPLH AMMERGPQTL KETSFNQAYG RDLME AQEW CRKYMKSGNV KDLTQAWDLY YHVFRRISKQ LPQLTSLELQ YVSPKLLMCR DLELAVPGTY DPNQPIIRIQ SIAPSL QVI TSKQRPRKLT LMGSNGHEFV FLLKGHEDLR QDERVMQLFG LVNTLLANDP TSLRKNLSIQ RYAVIPLSTN SGLIGWV PH CDTLHALIRD YREKKKILLN IEHRIMLRMA PDYDHLTLMQ KVEVFEHAVN NTAGDDLAKL LWLKSPSSEV WFDRRTNY T RSLAVMSMVG YILGLGDRHP SNLMLDRLSG KILHIDFGDC FEVAMTREKF PEKIPFRLTR MLTNAMEVTG LDGNYRITC HTVMEVLREH KDSVMAVLEA FVYDPLLNWR LMDTNTKGNK RSRTRTDSYS AGQSVEILDG VELGEPAHKK TGTTVPESIH SFIGDGLVK PEALNKKAIQ IINRVRDKLT GRDFSHDDTL DVPTQVELLI KQATSHENLC QCYIGWCPFW

UniProtKB: Serine/threonine-protein kinase mTOR

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分子 #2: Target of rapamycin complex subunit LST8

分子名称: Target of rapamycin complex subunit LST8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.91009 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE ...文字列:
MNTSPGTVGS DPVILATAGY DHTVRFWQAH SGICTRTVQH QDSQVNALEV TPDRSMIAAA GYQHIRMYDL NSNNPNPIIS YDGVNKNIA SVGFHEDGRW MYTGGEDCTA RIWDLRSRNL QCQRIFQVNA PINCVCLHPN QAELIVGDQS GAIHIWDLKT D HNEQLIPE PEVSITSAHI DPDASYMAAV NSTGNCYVWN LTGGIGDEVT QLIPKTKIPA HTRYALQCRF SPDSTLLATC SA DQTCKIW RTSNFSLMTE LSIKSGNPGE SSRGWMWGCA FSGDSQYIVT ASSDNLARLW CVETGEIKRE YGGHQKAVVC LAF NDSVLG

UniProtKB: Target of rapamycin complex subunit LST8

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分子 #3: Regulatory-associated protein of mTOR

分子名称: Regulatory-associated protein of mTOR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 149.200016 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN ...文字列:
MESEMLQSPL LGLGEEDEAD LTDWNLPLAF MKKRHCEKIE GSKSLAQSWR MKDRMKTVSV ALVLCLNVGV DPPDVVKTTP CARLECWID PLSMGPQKAL ETIGANLQKQ YENWQPRARY KQSLDPTVDE VKKLCTSLRR NAKEERVLFH YNGHGVPRPT V NGEVWVFN KNYTQYIPLS IYDLQTWMGS PSIFVYDCSN AGLIVKSFKQ FALQREQELE VAAINPNHPL AQMPLPPSMK NC IQLAACE ATELLPMIPD LPADLFTSCL TTPIKIALRW FCMQKCVSLV PGVTLDLIEK IPGRLNDRRT PLGELNWIFT AIT DTIAWN VLPRDLFQKL FRQDLLVASL FRNFLLAERI MRSYNCTPVS SPRLPPTYMH AMWQAWDLAV DICLSQLPTI IEEG TAFRH SPFFAEQLTA FQVWLTMGVE NRNPPEQLPI VLQVLLSQVH RLRALDLLGR FLDLGPWAVS LALSVGIFPY VLKLL QSSA RELRPLLVFI WAKILAVDSS CQADLVKDNG HKYFLSVLAD PYMPAEHRTM TAFILAVIVN SYHTGQEACL QGNLIA ICL EQLNDPHPLL RQWVAICLGR IWQNFDSARW CGVRDSAHEK LYSLLSDPIP EVRCAAVFAL GTFVGNSAER TDHSTTI DH NVAMMLAQLV SDGSPMVRKE LVVALSHLVV QYESNFCTVA LQFIEEEKNY ALPSPATTEG GSLTPVRDSP CTPRLRSV S SYGNIRAVAT ARSLNKSLQN LSLTEESGGA VAFSPGNLST SSSASSTLGS PENEEHILSF ETIDKMRRAS SYSSLNSLI GVSFNSVYTQ IWRVLLHLAA DPYPEVSDVA MKVLNSIAYK ATVNARPQRV LDTSSLTQSA PASPTNKGVH IHQAGGSPPA SSTSSSSLT NDVAKQPVSR DLPSGRPGTT GPAGAQYTPH SHQFPRTRKM FDKGPEQTAD DADDAAGHKS FISATVQTGF C DWSARYFA QPVMKIPEEH DLESQIRKER EWRFLRNSRV RRQAQQVIQK GITRLDDQIF LNRNPGVPSV VKFHPFTPCI AV ADKDSIC FWDWEKGEKL DYFHNGNPRY TRVTAMEYLN GQDCSLLLTA TDDGAIRVWK NFADLEKNPE MVTAWQGLSD MLP TTRGAG MVVDWEQETG LLMSSGDVRI VRIWDTDREM KVQDIPTGAD SCVTSLSCDS HRSLIVAGLG DGSIRVYDRR MALS ECRVM TYREHTAWVV KASLQKRPDG HIVSVSVNGD VRIFDPRMPE SVNVLQIVKG LTALDIHPQA DLIACGSVNQ FTAIY NSSG ELINNIKYYD GFMGQRVGAI SCLAFHPHWP HLAVGSNDYY ISVYSVEKRV R

UniProtKB: Regulatory-associated protein of mTOR

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分子 #4: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

分子名称: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 12.592968 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
MSGGSSCSQT PSRAIPATRR VVLGDGVQLP PGDYSTTPGG TLFSTTPGGT RIIYDRKFLM ECRNSPVTKT PPRDLPTIPG VTSPSSDEP PMEASQSHLR NSPEDKRAGG EESQFEMDI

UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 4E-binding protein 1

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分子 #5: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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分子 #6: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.6 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6bcx


詳細: Startup model was apo state of mTORC1 wildtype
最終 再構成使用したクラス数: 3 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 詳細: RELION was used for final reconstructions. / 使用した粒子像数: 264890
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: RELION was used

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原子モデル構築 1

詳細Initial local fitting was done in Coot and Chimera and then subjected to ROSETTA for model rebuilding. Finally, in Phenix real-space refine was performed for the final model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 122.3
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient
得られたモデル

PDB-8rch:
CryoEM structure of mTORC1 with a paediatric kidney cancer-associated 1455-EWED-1458 duplication in mTOR, overall refinement

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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