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- EMDB-19047: Structure of Integrator-PP2A complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19047
タイトルStructure of Integrator-PP2A complex
マップデータOverall map filtered by local resolution
試料
  • 複合体: Integrator-PP2A complex
    • 複合体: Integrator-PP2A complex
      • タンパク質・ペプチド: x 15種
    • 複合体: DSS1
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
  • リガンド: x 2種
キーワードIntegrator complex / Post-termination complex / RNA Polymerase II / Pol II / RNAPII / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


U2 snRNA 3'-end processing / regulation of fertilization / protein localization to nuclear envelope / meiotic spindle elongation / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation ...U2 snRNA 3'-end processing / regulation of fertilization / protein localization to nuclear envelope / meiotic spindle elongation / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / peptidyl-threonine dephosphorylation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / MASTL Facilitates Mitotic Progression / snRNA processing / protein phosphatase type 2A complex / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / INTAC complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / female meiotic nuclear division / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / eye development / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein phosphatase regulator activity / protein antigen binding / integrator complex / GABA receptor binding / flagellated sperm motility / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / ERKs are inactivated / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / Co-stimulation by CD28 / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / centrosome localization / protein dephosphorylation / inner cell mass cell proliferation / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / protein-serine/threonine phosphatase / ERK/MAPK targets / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / mesoderm development / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / protein serine/threonine phosphatase activity / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / T cell homeostasis / regulation of cell differentiation / regulation of microtubule polymerization / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / chromosome, centromeric region / lateral plasma membrane / DARPP-32 events / negative regulation of hippo signaling / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / spindle assembly / protein localization to chromatin / phosphoprotein phosphatase activity / RNA endonuclease activity / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / embryo implantation / protein tyrosine phosphatase activity / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / regulation of mitotic cell cycle / DNA damage checkpoint signaling / Turbulent (oscillatory, disturbed) flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and integrins in endothelial cells / AURKA Activation by TPX2 / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / mitotic spindle organization / cellular response to ionizing radiation / meiotic cell cycle / chromosome segregation / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / RAF activation / Spry regulation of FGF signaling / mRNA splicing, via spliceosome / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / RHO GTPases Activate Formins / brain development
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal ...Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / : / : / : / : / : / : / Integrator complex subunit 1, RP2B-binding domain / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Integrator subunit 10 / Integrator complex subunit 1, R3 domain / Integrator complex subunit 1, R4 domain / Integrator complex subunit 1, INTS2-binding domain / Integrator complex subunit 7, C-terminal domain / Integrator complex subunit 7, N-terminal / Integrator complex subunit 7 helical bundle / Cell cycle regulator Mat89Bb / : / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / INTS6 beta-barrel domain / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 5 / : / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / INTS8, TPR repeats / : / : / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / Beta-Casp domain / : / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / : / Phosphatase 2A Regulatory Subunit A, helical domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Metallo-beta-lactamase superfamily / VWFA domain profile. / Metallo-beta-lactamase / von Willebrand factor, type A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Armadillo-like helical / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 2 ...Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 13 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Fianu I / Ochmann M / Walshe JL / Cramer P
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
European Research Council (ERC)EXC 2067/1-390729940European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Integrator-dependent RNA polymerase II termination.
著者: Isaac Fianu / Moritz Ochmann / James L Walshe / Olexandr Dybkov / Joseph Neos Cruz / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex ...The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex consisting of Pol II, the DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and the negative elongation factor (NELF) and how it cleaves the nascent RNA transcript, but has not explained how Integrator removes Pol II from the DNA template. Here we present three cryo-electron microscopy structures of the complete Integrator-PP2A complex in different functional states. The structure of the pre-termination complex reveals a previously unresolved, scorpion-tail-shaped INTS10-INTS13-INTS14-INTS15 module that may use its 'sting' to open the DSIF DNA clamp and facilitate termination. The structure of the post-termination complex shows that the previously unresolved subunit INTS3 and associated sensor of single-stranded DNA complex (SOSS) factors prevent Pol II rebinding to Integrator after termination. The structure of the free Integrator-PP2A complex in an inactive closed conformation reveals that INTS6 blocks the PP2A phosphatase active site. These results lead to a model for how Integrator terminates Pol II transcription in three steps that involve major rearrangements.
履歴
登録2023年12月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月7日-
マップ公開2024年2月7日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Overall map filtered by local resolution
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1.05 Å/pix.
x 480 pix.
= 504. Å		1.05 Å/pix.
x 480 pix.
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x 480 pix.
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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
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最小 - 最大-0.04848474 - 0.18516389
平均 (標準偏差)0.00011079769 (±0.0047650365)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 503.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19047_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Focused refined map around INTS1, INTS2 INTS7 and DSS1

ファイルemd_19047_additional_1.map
注釈Focused refined map around INTS1, INTS2 INTS7 and DSS1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

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追加マップ: Focused refined map around Integrator cleavage module (INTS4,...

ファイルemd_19047_additional_2.map
注釈Focused refined map around Integrator cleavage module (INTS4, INTS9 and INTS11)
投影像・断面図
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追加マップ: Focused refined map around INTS1 c-terminus and central...

ファイルemd_19047_additional_3.map
注釈Focused refined map around INTS1 c-terminus and central core of Integrator
投影像・断面図
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追加マップ: Focused refined map around INTS6 and PP2A

ファイルemd_19047_additional_4.map
注釈Focused refined map around INTS6 and PP2A
投影像・断面図
軸ZYX

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追加マップ: Focused refined map around PP2A

ファイルemd_19047_additional_5.map
注釈Focused refined map around PP2A
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追加マップ: Focused refined map around Integrator tail module (INTS10,...

ファイルemd_19047_additional_6.map
注釈Focused refined map around Integrator tail module (INTS10, INTS13 , INTS14 and INTS15)
投影像・断面図
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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19047_half_map_1.map
投影像・断面図
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密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19047_half_map_2.map
投影像・断面図
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投影像

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密度ヒストグラム

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ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Integrator-PP2A complex

全体名称: Integrator-PP2A complex
要素
  • 複合体: Integrator-PP2A complex
    • 複合体: Integrator-PP2A complex
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
      • タンパク質・ペプチド: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 4
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 5
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 6
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 7
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 8
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 9
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 11
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 13
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 10
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 14
      • タンパク質・ペプチド: Integrator complex subunit 15
    • 複合体: DSS1
      • タンパク質・ペプチド: DSS1
  • リガンド: MANGANESE (II) ION
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Integrator-PP2A complex

超分子名称: Integrator-PP2A complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16 / 詳細: Integrator, PP2A
分子量理論値: 1.5 MDa

+
超分子 #2: Integrator-PP2A complex

超分子名称: Integrator-PP2A complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2, #4-#16
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: DSS1

超分子名称: DSS1 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

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分子 #1: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 65.579531 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMAAADGDD SLYPIAVLID ELRNEDVQLR LNSIKKLSTI ALALGVERTR SELLPFLTDT IYDEDEVLLA LAEQLGTFTT LVGGPEYVH CLLPPLESLA TVEETVVRDK AVESLRAISH EHSPSDLEAH FVPLVKRLAG GDWFTSRTSA CGLFSVCYPR V SSAVKAEL ...文字列:
SNMAAADGDD SLYPIAVLID ELRNEDVQLR LNSIKKLSTI ALALGVERTR SELLPFLTDT IYDEDEVLLA LAEQLGTFTT LVGGPEYVH CLLPPLESLA TVEETVVRDK AVESLRAISH EHSPSDLEAH FVPLVKRLAG GDWFTSRTSA CGLFSVCYPR V SSAVKAEL RQYFRNLCSD DTPMVRRAAA SKLGEFAKVL ELDNVKSEII PMFSNLASDE QDSVRLLAVE ACVNIAQLLP QE DLEALVM PTLRQAAEDK SWRVRYMVAD KFTELQKAVG PEITKTDLVP AFQNLMKDCE AEVRAAASHK VKEFCENLSA DCR ENVIMS QILPCIKELV SDANQHVKSA LASVIMGLSP ILGKDNTIEH LLPLFLAQLK DECPEVRLNI ISNLDCVNEV IGIR QLSQS LLPAIVELAE DAKWRVRLAI IEYMPLLAGQ LGVEFFDEKL NSLCMAWLVD HVYAIREAAT SNLKKLVEKF GKEWA HATI IPKVLAMSGD PNYLHRMTTL FCINVLSEVC GQDITTKHML PTVLRMAGDP VANVRFNVAK SLQKIGPILD NSTLQS EVK PILEKLTQDQ DVDVKYFAQE ALTVLSLA

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform

+
分子 #2: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha i...

分子名称: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.836348 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMDEKVFTK ELDQWIEQLN ECKQLSESQV KSLCEKAKEI LTKESNVQEV RCPVTVCGDV HGQFHDLMEL FRIGGKSPDT NYLFMGDYV NRGYYSVETV TLLVALKVRY RERITILRGN HESRQITQVY GFYDECLRKY GNANVWKYFT DLFDYLPLTA L VDGQIFCL ...文字列:
SNMDEKVFTK ELDQWIEQLN ECKQLSESQV KSLCEKAKEI LTKESNVQEV RCPVTVCGDV HGQFHDLMEL FRIGGKSPDT NYLFMGDYV NRGYYSVETV TLLVALKVRY RERITILRGN HESRQITQVY GFYDECLRKY GNANVWKYFT DLFDYLPLTA L VDGQIFCL HGGLSPSIDT LDHIRALDRL QEVPHEGPMC DLLWSDPDDR GGWGISPRGA GYTFGQDISE TFNHANGLTL VS RAHQLVM EGYNWCHDRN VVTIFSAPNY CYRCGNQAAI MELDDTLKYS FLQFDPAPRR GEPHVTRRTP DYFL

UniProtKB: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform

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分子 #3: DSS1

分子名称: DSS1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
分子量理論値: 3.753969 KDa
配列文字列:
AAADVSVWEE NWEDDIVQDD FNQQLRLEME R

+
分子 #4: Integrator complex subunit 1

分子名称: Integrator complex subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 244.776078 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMNRAKPTT VRRPSAAAKP SGHPPPGDFI ALGSKGQANE SKTASTLLKP APSGLPSERK RDAAAALSSA SALTGLTKRP KLSSTPPLS ALGRLAEAAV AEKRAISPSI KEPSVVPIEV LPTVLLDEIE AAELEGNDDR IEGVLCGAVK QLKVTRAKPD S TLYLSLMY ...文字列:
SNMNRAKPTT VRRPSAAAKP SGHPPPGDFI ALGSKGQANE SKTASTLLKP APSGLPSERK RDAAAALSSA SALTGLTKRP KLSSTPPLS ALGRLAEAAV AEKRAISPSI KEPSVVPIEV LPTVLLDEIE AAELEGNDDR IEGVLCGAVK QLKVTRAKPD S TLYLSLMY LAKIKPNIFA TEGVIEALCS LLRRDASINF KAKGNSLVSV LACNLLMAAY EEDENWPEIF VKVYIEDSLG ER IWVDSPH CKTFVDNIQT AFNTRMPPRS VLLQGEAGRV AGDLGAGSSP HPSLTEEEDS QTELLIAEEK LSPEQEGQLM PRY EELAES VEEYVLDMLR DQLNRRQPID NVSRNLLRLL TSTCGYKEVR LLAVQKLEMW LQNPKLTRPA QDLLMSVCMN CNTH GSEDM DVISHLIKIR LKPKVLLNHF MLCIRELLSA HKDNLGTTIK LVIFNELSSA RNPNNMQVLY TALQHSSELA PKFLA MVFQ DLLTNKDDYL RASRALLREI IKQTKHEINF QAFCLGLMQE RKEPQYLEME FKERFVVHIT DVLAVSMMLG ITAQVK EAG IAWDKGEKRN LEVLRSFQNQ IAAIQRDAVW WLHTVVPSIS KLAPKDYVHC LHKVLFTEQP ETYYKWDNWP PESDRNF FL RLCSEVPILE DTLMRILVIG LSRELPLGPA DAMELADHLV KRAAAVQADD VEVLKVGRTQ LIDAVLNLCT YHHPENIQ L PPGYQPPNLA ISTLYWKAWP LLLVVAAFNP ENIGLAAWEE YPTLKMLMEM VMTNNYSYPP CTLTDEETRT EMLNRELQT AQREKQEILA FEGHLAAAST KQTITESSSL LLSQLTSLDP QGPPRRPPPH ILDQVKSLNQ SLRLGHLLCR SRNPDFLLHI IQRQASSQS MPWLADLVQS SEGSLDVLPV QCLCEFLLHD AVDDAASGEE DDEGESKEQK AKKRQRQQKQ RQLLGRLQDL L LGPKADEQ TTCEVLDYFL RRLGSSQVAS RVLAMKGLSL VLSEGSLRDG EEKEPPMEED VGDTDVLQGY QWLLRDLPRL PL FDSVRST TALALQQAIH METDPQTISA YLIYLSQHTP VEEQAQHSDL ALDVARLVVE RSTIMSHLFS KLSPSAASDA VLS ALLSIF SRYVRRMRQS KEGEEVYSWS ESQDQVFLRW SSGETATMHI LVVHAMVILL TLGPPRADDS EFQALLDIWF PEEK PLPTA FLVDTSEEAL LLPDWLKLRM IRSEVLRLVD AALQDLEPQQ LLLFVQSFGI PVSSMSKLLQ FLDQAVAHDP QTLEQ NIMD KNYMAHLVEV QHERGASGGQ TFHSLLTASL PPRRDSTEAP KPKSSPEQPI GQGRIRVGTQ LRVLGPEDDL AGMFLQ IFP LSPDPRWQSS SPRPVALALQ QALGQELARV VQGSPEVPGI TVRVLQALAT LLSSPHGGAL VMSMHRSHFL ACPLLRQ LC QYQRCVPQDT GFSSLFLKVL LQMLQWLDSP GVEGGPLRAQ LRMLASQASA GRRLSDVRGG LLRLAEALAF RQDLEVVS S TVRAVIATLR SGEQCSVEPD LISKVLQGLI EVRSPHLEEL LTAFFSATAD AASPFPACKP VVVVSSLLLQ EEEPLAGGK PGADGGSLEA VRLGPSSGLL VDWLEMLDPE VVSSCPDLQL RLLFSRRKGK GQAQVPSFRP YLLTLFTHQS SWPTLHQCIR VLLGKSREQ RFDPSASLDF LWACIHVPRI WQGRDQRTPQ KRREELVLRV QGPELISLVE LILAEAETRS QDGDTAACSL I QARLPLLL SCCCGDDESV RKVTEHLSGC IQQWGDSVLG RRCRDLLLQL YLQRPELRVP VPEVLLHSEG AASSSVCKLD GL IHRFITL LADTSDSRAL ENRGADASMA CRKLAVAHPL LLLRHLPMIA ALLHGRTHLN FQEFRQQNHL SCFLHVLGLL ELL QPHVFR SEHQGALWDC LLSFIRLLLN YRKSSRHLAA FINKFVQFIH KYITYNAPAA ISFLQKHADP LHDLSFDNSD LVML KSLLA GLSLPSRDDR TDRGLDEEGE EESSAGSLPL VSVSLFTPLT AAEMAPYMKR LSRGQTVEDL LEVLSDIDEM SRRRP EILS FFSTNLQRLM SSAEECCRNL AFSLALRSMQ NSPSIAAAFL PTFMYCLGSQ DFEVVQTALR NLPEYALLCQ EHAAVL LHR AFLVGMYGQM DPSAQISEAL RILHMEAVM

UniProtKB: Integrator complex subunit 1

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分子 #5: Integrator complex subunit 2

分子名称: Integrator complex subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 134.451625 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKDQQTVIMT ECTSLQFVSP FAFEAMQKVD VVCLASLSDP ELRLLLPCLV RMALCAPADQ SQSWAQDKKL ILRLLSGVEA VNSIVALLS VDFHALEQDA SKEQQLRHKL GGGSGESILV SQLQHGLTLE FEHSDSPRRL RLVLSELLAI MNKVSESNGE F FFKSSELF ...文字列:
MKDQQTVIMT ECTSLQFVSP FAFEAMQKVD VVCLASLSDP ELRLLLPCLV RMALCAPADQ SQSWAQDKKL ILRLLSGVEA VNSIVALLS VDFHALEQDA SKEQQLRHKL GGGSGESILV SQLQHGLTLE FEHSDSPRRL RLVLSELLAI MNKVSESNGE F FFKSSELF ESPVYLEEAA DVLCILQAEL PSLLPIVDVA EALLHVRNGA WFLCLLVANV PDSFNEVCRG LIKNGERQDE ES LGGRRRT DALRFLCKMN PSQALKVRGM VVEECHLPGL GVALTLDHTK NEACEDGVSD LVCFVSGLLL GTNAKVRTWF GTF IRNGQQ RKRETSSSVL WQMRRQLLLE LMGILPTVRS TRIVEEADVD MEPNVSVYSG LKEEHVVKAS ALLRLYCALM GIAG LKPTE EEAEQLLQLM TSRPPATPAG VRFVSLSFCM LLAFSTLVST PEQEQLMVVW LSWMIKEEAY FESTSGVSAS FGEML LLVA MYFHSNQLSA IIDLVCSTLG MKIVIKPSSL SRMKTIFTQE IFTEQVVTAH AVRVPVTSNL SANITGFLPI HCIYQL LRS RSFTKHKVSI KDWIYRQLCE TSTPLHPQLL PLIDVYINSI LTPASKSNPE ATNQPVTEQE ILNIFQGVIG GDNIRLN QR FSITAQLLVL YYILSYEEAL LANTKTLAAM QRKPKSYSSS LMDQIPIKFL IRQAQGLQQE LGGLHSALLR LLATNYPH L CIVDDWICEE EITGTDALLR RMLLTNNAKN HSPKQLQEAF SAVPVNNTQV MQIIEHLTLL SASELIPYAE VLTSNMSQL LNSGVPRRIL QTVNKLWMVL NTVMPRRLWV MTVNALQPSI KFVRQQKYTQ NDLMIDPLIV LRCDQRVHRC PPLMDITLHM LNGYLLASK AYLSAHLKET EQDRPSQNNT IGLVGQTDAP EVTREELKNA LLAAQDSAAV QILLEICLPT EEEKANGVNP D SLLRNVQS VITTSAPNKG MEEGEDNLLC NLREVQCLIC CLLHQMYIAD PNIAKLVHFQ GYPCELLPLT VAGIPSMHIC LD FIPELIA QPELEKQIFA IQLLSHLCIQ YALPKSLSVA RLAVNVMGTL LTVLTQAKRY AFFMPTLPSL VSFCRAFPPL YED IMSLLI QIGQVCASDV ATQTRDIDPI ITRLQQIKEK PSGWSQICKD SSYKNGSRDT GSMDPDVQLC HCIERTVIEI INMS VSGI

UniProtKB: Integrator complex subunit 2

+
分子 #6: Integrator complex subunit 4

分子名称: Integrator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.306758 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEHY YKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM RLVDVACKHL T DTSHGVRN ...文字列:
MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEHY YKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM RLVDVACKHL T DTSHGVRN KCLQLLGNLG SLEKSVTKDA EGLAARDVQK IIGDYFSDQD PRVRTAAIKA MLQLHERGLK LHQTIYNQAC KL LSDDYEQ VRSAAVQLIW VVSQLYPESI VPIPSSNEEI RLVDDAFGKI CHMVSDGSWV VRVQAAKLLG SMEQVSSHFL EQT LDKKLM SDLRRKRTAH ERAKELYSSG EFSSGRKWGD DAPKEEVDTG AVNLIESGAC GAFVHGLEDE MYEVRIAAVE ALCM LAQSS PSFAEKCLDF LVDMFNDEIE EVRLQSIHTM RKISNNITLR EDQLDTVLAV LEDSSRDIRE ALHELLCCTN VSTKE GIHL ALVELLKNLT KYPTDRDSIW KCLKFLGSRH PTLVLPLVPE LLSTHPFFDT AEPDMDDPAY IAVLVLIFNA AKTCPT MPA LFSDHTFRHY AYLRDSLSHL VPALRLPGRK LVSSAVSPSI IPQEDPSQQF LQQSLERVYS LQHLDPQGAQ ELLEFTI RD LQRLGELQSE LAGVADFSAT YLRCQLLLIK ALQEKLWNVA APLYLKQSDL ASAAAKQIME ETYKMEFMYS GVENKQVV I IHHMRLQAKA LQLIVTARTT RGLDPLFGMC EKFLQEVDFF QRYFIADLPH LQDSFVDKLL DLMPRLMTSK PAEVVKILQ TMLRQSAFLH LPLPEQIHKA SATIIEPAGE SDNPLRFTSG LVVALDVDAT LEHVQDPQNT VKVQVLYPDG QAQMIHPKPA DFRNPGPGR HRLITQVYLS HTAWTEACQV EVRLLLAYNS SARIPKCPWM EGGEMSPQVE TSIEGTIPFS KPVKVYIMPK P ARR

UniProtKB: Integrator complex subunit 4

+
分子 #7: Integrator complex subunit 5

分子名称: Integrator complex subunit 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 108.316422 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMSALCDPP GAPGPPGPAP ATHGPAPLSA QELSQEIKAF LTGVDPILGH QLSAREHARC GLLLLRSLPP ARAAVLDHLR GVFDESVRA HLAALDETPV AGPPHLRPPP PSHVPAGGPG LEDVVQEVQQ VLSEFIRANP KAWAPVISAW SIDLMGQLSS T YSGQHQRV ...文字列:
SNMSALCDPP GAPGPPGPAP ATHGPAPLSA QELSQEIKAF LTGVDPILGH QLSAREHARC GLLLLRSLPP ARAAVLDHLR GVFDESVRA HLAALDETPV AGPPHLRPPP PSHVPAGGPG LEDVVQEVQQ VLSEFIRANP KAWAPVISAW SIDLMGQLSS T YSGQHQRV PHATGALNEL LQLWMGCRAT RTLMDIYVQC LSALIGSCPD ACVDALLDTS VQHSPHFDWV VAHIGSSFPG TI ISRVLSC GLKDFCVHGG AGGGAGSSGG SSSQTPSTDP FPGSPAIPAE KRVPKIASVV GILGHLASRH GDSIRRELLR MFH DSLAGG SGGRSGDPSL QATVPFLLQL AVMSPALLGT VSGELVDCLK PPAVLSQLQQ HLQGFPREEL DNMLNLAVHL VSQA SGAGA YRLLQFLVDT AMPASVITTQ GLAVPDTVRE ACDRLIQLLL LHLQKLVHHR GGSPGEGVLG PPPPPRLVPF LDALK NHVG ELCGETLRLE RKRFLWQHQL LGLLSVYTRP SCGPEALGHL LSRARSPEEL SLATQLYAGL VVSLSGLLPL AFRSCL ARV HAGTLQPPFT ARFLRNLALL VGWEQQGGEG PAALGAHFGE SASAHLSDLA PLLLHPEEEV AEAAASLLAI CPFPSEA LS PSQLLGLVRA GVHRFFASLR LHGPPGVASA CQLLTRLSQT SPAGLKAVLQ LLVEGALHRG NTELFGGQVD GDNETLSV V SASLASASLL DTNRRHTAAV PGPGGIWSVF HAGVIGRGLK PPKFVQSRNQ QEVIYNTQSL LSLLVHCCSA PGGTECGEC WGAPILSPEA AKAVAVTLVE SVCPDAAGAE LAWPPEEHAR ATVERDLRIG RRFREQPLLF ELLKLVAAAP PALCYCSVLL RGLLAALLG HWEASRHPDT THSPWHLEAS CTLVAVMAEG SLLPPALGNM HEVFSQLAPF EVRLLLLSVW GFLREHGPLP Q KFIFQSER GRFIRDFSRE GGGEGGPHLA VLHSVLHRNI DRLGLFSGRF QAPSPSTLLR QGT

UniProtKB: Integrator complex subunit 5

+
分子 #8: Integrator complex subunit 6

分子名称: Integrator complex subunit 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 101.166734 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia (蝶・蛾)
配列文字列: YFQSNMPILL FLIDTSASMN QRSHLGTTYL DTAKGAVETF MKLRARDPAS RGDRYMLVTF EEPPYAIKAG WKENHATFMN ELKNLQAEG LTTLGQSLRT AFDLLNLNRL VTGIDNYGQG RNPFFLEPAI IITITDGSKL TTTSGVQDEL HLPLNSPLPG S ELTKEPFR ...文字列:
YFQSNMPILL FLIDTSASMN QRSHLGTTYL DTAKGAVETF MKLRARDPAS RGDRYMLVTF EEPPYAIKAG WKENHATFMN ELKNLQAEG LTTLGQSLRT AFDLLNLNRL VTGIDNYGQG RNPFFLEPAI IITITDGSKL TTTSGVQDEL HLPLNSPLPG S ELTKEPFR WDQRLFALVL RLPGTMSVES EQLTGVPLDD SAITPMCEVT GGRSYSVCSP RMLNQCLESL VQKVQSGVVI NF EKAGPDP SPVEDGQPDI SRPFGSQPWH SCHKLIYVRP NPKTGVPIGH WPVPESFWPD QNSPTLPPRT SHPVVKFSCT DCE PMVIDK LPFDKYELEP SPLTQFILER KSPQTCWQVY VSNSAKYSEL GHPFGYLKAS TALNCVNLFV MPYNYPVLLP LLDD LFKVH KAKPTLKWRQ SFESYLKTMP PYYLGPLKKA VRMMGAPNLI ADSMEYGLSY SVISYLKKLS QQAKIESDRV IGSVG KKVV QETGIKVRSR SHGLSMAYRK DFQQLLQGIS EDVPHRLLDL NMKEYTGFQV ALLNKDLKPQ TFRNAYDIPR RNLLDH LTR MRSNLLKSTR RFLKGQDEDQ VHSVPIAQMG NYQEYLKQVP SPLRELDPDQ PRRLHTFGNP FKLDKKGMMI DEADEFV AG PQNKHKRPGE PNMQGIPKRR RCMSPLLRGR QQNPVVNNHI GGKGPPAPTT QAQPDLIKPL PLHKISETTN DSIIHDVV E NHVADQLSSD ITPNAMDTEF SASSPASLLE RPTNHMEALG HDHLGTNDLT VGGFLENHEE PRDKEQCAEE NIPASSLNK GKKLMHCRSH EEVNTELKAQ IMKEIRKPGR KYERIFTLLK HVQGSLQTRL IFLQNVIKEA SRFKKRMLIE QLENFLDEIH RRANQINHI NSN

UniProtKB: Integrator complex subunit 6

+
分子 #9: Integrator complex subunit 7

分子名称: Integrator complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 107.153805 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMASNSTKS FLADAGYGEQ ELDANSALME LDKGLRSGKL GEQCEAVVRF PRLFQKYPFP ILINSAFLKL ADVFRVGNNF LRLCVLKVT QQSEKHLEKI LNVDEFVKRI FSVIHSNDPV ARAITLRMLG SLASIIPERK NAHHSIRQSL DSHDNVEVEA A VFAAANFS ...文字列:
SNMASNSTKS FLADAGYGEQ ELDANSALME LDKGLRSGKL GEQCEAVVRF PRLFQKYPFP ILINSAFLKL ADVFRVGNNF LRLCVLKVT QQSEKHLEKI LNVDEFVKRI FSVIHSNDPV ARAITLRMLG SLASIIPERK NAHHSIRQSL DSHDNVEVEA A VFAAANFS AQSKDFAVGI CNKISEMIQG LATPVDLKLK LIPILQHMHH DAILASSARQ LLQQLVTSYP STKMVIVSLH TF TLLAASS LVDTPKQIQL LLQYLKNDPR KAVKRLAIQD LKLLANKTPH TWSRENIQAL CECALQTPYD SLKLGMLSVL STL SGTIAI KHYFSIVPGN VSSSPRSSDL VKLAQECCYH NNRGIAAHGV RVLTNITVSC QEKDLLALEQ DAVFGLESLL VLCS QDDSP GAQATLKIAL NCMVKLAKGR PHLSQSVVET LLTQLHSAQD AARILMCHCL AAIAMQLPVL GDGMLGDLME LYKVI GRSA TDKQQELLVS LATVIFVASQ KALSVESKAV IKQQLESVSN GWTVYRIARQ ASRMGNHDMA KELYQSLLTQ VASEHF YFW LNSLKEFSHA EQCLTGLQEE NYSSALSCIA ESLKFYHKGI ASLTAASTPL NPLSFQCEFV KLRIDLLQAF SQLICTC NS LKTSPPPAIA TTIAMTLGND LQRCGRISNQ MKQSMEEFRS LASRYGDLYQ ASFDADSATL RNVELQQQSC LLISHAIE A LILDPESASF QEYGSTGTAH ADSEYERRMM SVYNHVLEEV ESLNRKYTPV SYMHTACLCN AIIALLKVPL SFQRYFFQK LQSTSIKLAL SPSPRNPAEP IAVQNNQQLA LKVEGVVQHG SKPGLFRKIQ SVCLNVSSTL QSKSGQDYKI PIDNMTNEME QRVEPHNDY FSTQFLLNFA ILGTHNITVE SSVKDANGIV WKTGPRTTIF VKSLEDPYSQ QIRLQQQQAQ QPLQQQQQRN A YTRF

UniProtKB: Integrator complex subunit 7

+
分子 #10: Integrator complex subunit 8

分子名称: Integrator complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 113.219859 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia (蝶・蛾)
配列文字列: MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP ...文字列:
MSAEAADREA ATSSRPCTPP QTCWFEFLLE ESLLEKHLRK PCPDPAPVQL IVQFLEQASK PSVNEQNQVQ PPPDNKRNRI LKLLALKVA AHLKWDLDIL EKSLSVPVLN MLLNELLCIS KVPPGTKHVD MDLATLPPTT AMAVLLYNRW AIRTIVQSSF P VKQAKPGP PQLSVMNQMQ QEKELTENIL KVLKEQAADS ILVLEAALKL NKDLYVHTMR TLDLLAMEPG MVNGETESST AG LKVKTEE MQCQVCYDLG AAYFQQGSTN SAVYENAREK FFRTKELIAE IGSLSLHCTI DEKRLAGYCQ ACDVLVPSSD STS QQLTPY SQVHICLRSG NYQEVIQIFI EDNLTLSLPV QFRQSVLREL FKKAQQGNEA LDEICFKVCA CNTVRDILEG RTIS VQFNQ LFLRPNKEKI DFLLEVCSRS VNLEKASESL KGNMAAFLKN VCLGLEDLQY VFMISSHELF ITLLKDEERK LLVDQ MRKR SPRVNLCIKP VTSFYDIPAS ASVNIGQLEH QLILSVDPWR IRQILIELHG MTSERQFWTV SNKWEVPSVY SGVILG IKD NLTRDLVYIL MAKGLHCSTV KDFSHAKQLF AACLELVTEF SPKLRQVMLN EMLLLDIHTH EAGTGQAGER PPSDLIS RV RGYLEMRLPD IPLRQVIAEE CVAFMLNWRE NEYLTLQVPA FLLQSNPYVK LGQLLAATCK ELPGPKESRR TAKDLWEV V VQICSVSSQH KRGNDGRVSL IKQRESTLGI MYRSELLSFI KKLREPLVLT IILSLFVKLH NVREDIVNDI TAEHISIWP SSIPNLQSVD FEAVAITVKE LVRYTLSINP NNHSWLIIQA DIYFATNQYS AALHYYLQAG AVCSDFFNKA VPPDVYTDQV IKRMIKCCS LLNCHTQVAI LCQFLREIDY KTAFKSLQEQ NSHDAMDSYY DYIWDVTILE YLTYLHHKRG ETDKRQIAIK A IGQTELNA SNPEEVLQLA AQRRKKKFLQ AMAKLYF

UniProtKB: Integrator complex subunit 8

+
分子 #11: Integrator complex subunit 9

分子名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.891219 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP ...文字列:
MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP LKDAVEVSTW RRCYTMQEVN SALSKIQLVG YSQKIELFGA VQVTPLSSGY ALGSSNWIIQ SHYEKVSYVS GS SLLTTHP QPMDQASLKN SDVLVLTGLT QIPTANPDGM VGEFCSNLAL TVRNGGNVLV PCYPSGVIYD LLECLYQYID SAG LSSVPL YFISPVANSS LEFSQIFAEW LCHNKQSKVY LPEPPFPHAE LIQTNKLKHY PSIHGDFSND FRQPCVVFTG HPSL RFGDV VHFMELWGKS SLNTVIFTEP DFSYLEALAP YQPLAMKCIY CPIDTRLNFI QVSKLLKEVQ PLHVVCPEQY TQPPP AQSH RMDLMIDCQP PAMSYRRAEV LALPFKRRYE KIEIMPELAD SLVPMEIKPG ISLATVSAVL HTKDNKHLLQ PPPRPA QPT SGKKRKRVSD DVPDCKVLKP LLSGSIPVEQ FVQTLEKHGF SDIKVEDTAK GHIVLLQEAE TLIQIEEDST HIICDND EM LRVRLRDLVL KFLQKF

UniProtKB: Integrator complex subunit 9

+
分子 #12: Integrator complex subunit 11

分子名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 67.95675 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGALP YFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE LEIKAYYAGH V LGAAMFQI ...文字列:
SNMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGALP YFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE LEIKAYYAGH V LGAAMFQI KVGSESVVYT GDYNMTPDRH LGAAWIDKCR PNLLITQSTY ATTIRDSKRC RERDFLKKVH ETVERGGKVL IP VFALGRA QELCILLETF WERMNLKVPI YFSTGLTEKA NHYYKLFIPW TNQKIRKTFV QRNMFEFKHI KAFDRAFADN PGP MVVFAT PGMLHAGQSL QIFRKWAGNE KNMVIMPGYC VQGTVGHKIL SGQRKLEMEG RQVLEVKMQV EYMSFSAHAD AKGI MQLVG QAEPESVLLV HGEAKKMEFL KQKIEQELRV NCYMPANGET VTLPTSPSIP VGISLGLLKR EMAQGLLPEA KKPRL LHGT LIMKDSNFRL VSSEQALKEL GLAEHQLRFT CRVHLHDTRK EQETALRVYS HLKSVLKDHC VQHLPDGSVT VESVLL QAA APSEDPGTKV LLVSWTYQDE ELGSFLTSLL KKGLPQAPS

UniProtKB: Integrator complex subunit 11

+
分子 #13: Integrator complex subunit 13

分子名称: Integrator complex subunit 13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 80.34518 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MKIFSESHKT VFVVDHCPYM AESCRQHVEF DMLVKNRTQG IIPLAPISKS LWTCSVESSM EYCRIMYDIF PFKKLVNFIV SDSGAHVLN SWTQEDQNLQ ELMAALAAVG PPNPRADPEC CSILHGLVAA VETLCKITEY QHEARTLLME NAERVGNRGR I ICITNAKS ...文字列:
MKIFSESHKT VFVVDHCPYM AESCRQHVEF DMLVKNRTQG IIPLAPISKS LWTCSVESSM EYCRIMYDIF PFKKLVNFIV SDSGAHVLN SWTQEDQNLQ ELMAALAAVG PPNPRADPEC CSILHGLVAA VETLCKITEY QHEARTLLME NAERVGNRGR I ICITNAKS DSHVRMLEDC VQETIHEHNK LAANSDHLMQ IQKCELVLIH TYPVGEDSLV SDRSKKELSP VLTSEVHSVR AG RHLATKL NILVQQHFDL ASTTITNIPM KEEQHANTSA NYDVELLHHK DAHVDFLKSG DSHLGGGSRE GSFKETITLK WCT PRTNNI ELHYCTGAYR ISPVDVNSRP SSCLTNFLLN GRSVLLEQPR KSGSKVISHM LSSHGGEIFL HVLSSSRSIL EDPP SISEG CGGRVTDYRI TDFGEFMREN RLTPFLDPRY KIDGSLEVPL ERAKDQLEKH TRYWPMIISQ TTIFNMQAVV PLASV IVKE SLTEEDVLNC QKTIYNLVDM ERKNDPLPIS TVGTRGKGPK RDEQYRIMWN ELETLVRAHI NNSEKHQRVL ECLMAC RSK PPEEEERKKR GRKREDKEDK SEKAVKDYEQ EKSWQDSERL KGILERGKEE LAEAEIIKDS PDSPEPPNKK PLVEMDE TP QVEKSKGPVS LLSLWSNRIN TANSRKHQEF AGRLNSVNNR AELYQHLKEE NGMETTENGK ASRQ

UniProtKB: Integrator complex subunit 13

+
分子 #14: Integrator complex subunit 10

分子名称: Integrator complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 82.339867 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSAQGDCEFL VQRARELVPQ DLWAAKAWLI TARSLYPADF NIQYEMYTIE RNAERTATAG RLLYDMFVNF PDQPVVWREI SIITSALRN DSQDKQTQFL RSLFETLPGR VQCEMLLKVT EQCFNTLERS EMLLLLLRRF PETVVQHGVG LGEALLEAET I EEQESPVN ...文字列:
MSAQGDCEFL VQRARELVPQ DLWAAKAWLI TARSLYPADF NIQYEMYTIE RNAERTATAG RLLYDMFVNF PDQPVVWREI SIITSALRN DSQDKQTQFL RSLFETLPGR VQCEMLLKVT EQCFNTLERS EMLLLLLRRF PETVVQHGVG LGEALLEAET I EEQESPVN CFRKLFVCDV LPLIINNHDV RLPANLLYKY LNKAAEFYIN YVTRSTQIEN QHQGAQDTSD LMSPSKRSSQ KY IIEGLTE KSSQIVDPWE RLFKILNVVG MRCEWQMDKG RRSYGDILHR MKDLCRYMNN FDSEAHAKYK NQVVYSTMLV FFK NAFQYV NSIQPSLFQG PNAPSQVPLV LLEDVSNVYG DVEIDRNKHI HKKRKLAEGR EKTMSSDDED CSAKGRNRHI VVNK AELAN STEVLESFKL ARESWELLYS LEFLDKEFTR ICLAWKTDTW LWLRIFLTDM IIYQGQYKKA IASLHHLAAL QGSIS QPQI TGQGTLEHQR ALIQLATCHF ALGEYRMTCE KVLDLMCYMV LPIQDGGKSQ EEPSKVKPKF RKGSDLKLLP CTSKAI MPY CLHLMLACFK LRAFTDNRDD MALGHVIVLL QQEWPRGENL FLKAVNKICQ QGNFQYENFF NYVTNIDMLE EFAYLRT QE GGKIHLELLP NQGMLIKHHT VTRGITKGVK EDFRLAMERQ VSRCGENLMV VLHRFCINEK ILLLQTLT

UniProtKB: Integrator complex subunit 10

+
分子 #15: Integrator complex subunit 14

分子名称: Integrator complex subunit 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 57.526547 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MPTVVVMDVS LSMTRPVSIE GSEEYQRKHL AAHGLTMLFE HMATNYKLEF TALVVFSSLW ELMVPFTRDY NTLQEALSNM DDYDKTCLE SALVGVCNIV QQEWGGAIPC QVVLVTDGCL GIGRGSLRHS LATQNQRSES NRFPLPFPFP SKLYIMCMAN L EELQSTDS ...文字列:
MPTVVVMDVS LSMTRPVSIE GSEEYQRKHL AAHGLTMLFE HMATNYKLEF TALVVFSSLW ELMVPFTRDY NTLQEALSNM DDYDKTCLE SALVGVCNIV QQEWGGAIPC QVVLVTDGCL GIGRGSLRHS LATQNQRSES NRFPLPFPFP SKLYIMCMAN L EELQSTDS LECLERLIDL NNGEGQIFTI DGPLCLKNVQ SMFGKLIDLA YTPFHAVLKC GHLTADVQVF PRPEPFVVDE EI DPIPKVI NTDLEIVGFI DIADISSPPV LSRHLVLPIA LNKEGDEVGT GITDDNEDEN SANQIAGKIP NFCVLLHGSL KVE GMVAIV QLGPEWHGML YSQADSKKKS NLMMSLFEPG PEPLPWLGKM AQLGPISDAK ENPYGEDDNK SPFPLQPKNK RSYA QNVTV WIKPSGLQTD VQKILRNARK LPEKTQTFYK ELNRLRKAAL AFGFLDLLKG VADMLERECT LLPETAHPDA AFQLT HAAQ QLKLASTGTS EYAAYDQNIT PLHTDFSGSS TERI

UniProtKB: Integrator complex subunit 14

+
分子 #16: Integrator complex subunit 15

分子名称: Integrator complex subunit 15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 50.303582 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: SNMSDIRHSL LRRDALSAAK EVLYHLDIYF SSQLQSAPLP IVDKGPVELL EEFVFQVPKE RSAQPKRLNS LQELQLLEIM CNYFQEQTK DSVRQIIFSS LFSPQGNKAD DSRMSLLGKL VSMAVAVCRI PVLECAASWL QRTPVVYCVR LAKALVDDYC C LVPGSIQT ...文字列:
SNMSDIRHSL LRRDALSAAK EVLYHLDIYF SSQLQSAPLP IVDKGPVELL EEFVFQVPKE RSAQPKRLNS LQELQLLEIM CNYFQEQTK DSVRQIIFSS LFSPQGNKAD DSRMSLLGKL VSMAVAVCRI PVLECAASWL QRTPVVYCVR LAKALVDDYC C LVPGSIQT LKQIFSASPR FCCQFITSVT ALYDLSSDDL IPPMDLLEMI VTWIFEDPRL ILITFLNTPI AANLPIGFLE LT PLVGLIR WCVKAPLAYK RKKKPPLSNG HVSNKVTKDP GVGMDRDSHL LYSKLHLSVL QVLMTLQLHL TEKNLYGRLG LIL FDHMVP LVEEINRLAD ELNPLNASQE IELSLDRLAQ ALQVAMASGA LLCTRDDLRT LCSRLPHNNL LQLVISGPVQ QSPH AALPP GFYPHIHTPP LGYGAVPAHP AAHPALPTHP GHTFISGVTF PFRPIR

UniProtKB: Integrator complex subunit 15

+
分子 #17: MANGANESE (II) ION

分子名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: MN
分子量理論値: 54.938 Da

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.49 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 2335349
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8rbx


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-8rc4:
Structure of Integrator-PP2A complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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