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- PDB-8rbz: Structure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rbz
タイトルStructure of Integrator-PP2A-SOSS-CTD post-termination complex
要素
  • (Integrator complex subunit ...) x 14
  • (SOSS complex subunit ...) x 2
  • (Serine/threonine-protein phosphatase 2A ...) x 2
  • DNA-directed RNA polymerase subunit
  • DSS1
  • UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
キーワードTRANSCRIPTION / Integrator complex / Post-termination complex / RNA Polymerase II / Pol II / RNAPII
機能・相同性
機能・相同性情報


SOSS complex / U2 snRNA 3'-end processing / regulation of fertilization / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression ...SOSS complex / U2 snRNA 3'-end processing / regulation of fertilization / meiotic spindle elongation / Integration of energy metabolism / snRNA 3'-end processing / PP2A-mediated dephosphorylation of key metabolic factors / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S2 phosphatase activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S7 phosphatase activity / MASTL Facilitates Mitotic Progression / establishment of protein localization to telomere / protein phosphatase type 2A complex / protein serine/threonine phosphatase complex / peptidyl-threonine dephosphorylation / regulation of meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / mitotic sister chromatid separation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / snRNA processing / INTAC complex / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat S5 phosphatase activity / FAR/SIN/STRIPAK complex / protein localization to nuclear envelope / Regulation of glycolysis by fructose 2,6-bisphosphate metabolism / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / female meiotic nuclear division / eye development / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / protein phosphatase regulator activity / GABA receptor binding / flagellated sperm motility / integrator complex / APC truncation mutants have impaired AXIN binding / AXIN missense mutants destabilize the destruction complex / Truncations of AMER1 destabilize the destruction complex / protein antigen binding / positive regulation of telomere capping / ERKs are inactivated / Formation of RNA Pol II elongation complex / Formation of the Early Elongation Complex / Transcriptional regulation by small RNAs / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / FGFR2 alternative splicing / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / mRNA Capping / mRNA Splicing - Minor Pathway / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Elongation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Estrogen-dependent gene expression / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / mRNA Splicing - Major Pathway / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / positive regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Beta-catenin phosphorylation cascade / Signaling by GSK3beta mutants / CTNNB1 S33 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S37 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 S45 mutants aren't phosphorylated / CTNNB1 T41 mutants aren't phosphorylated / mitotic G2/M transition checkpoint / G-rich strand telomeric DNA binding / RNA polymerase II transcription initiation surveillance / Co-stimulation by CD28 / regulation of growth / Disassembly of the destruction complex and recruitment of AXIN to the membrane / centrosome localization / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / inner cell mass cell proliferation / Co-inhibition by CTLA4 / Platelet sensitization by LDL / response to ionizing radiation / protein-serine/threonine phosphatase / negative regulation of glycolytic process through fructose-6-phosphate / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / ERK/MAPK targets / protein serine/threonine phosphatase activity / mesoderm development / vascular endothelial cell response to oscillatory fluid shear stress / T cell homeostasis / regulation of cell differentiation / regulation of microtubule polymerization / phosphoprotein phosphatase activity / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / lateral plasma membrane / chromosome, centromeric region / DARPP-32 events / negative regulation of hippo signaling / core promoter sequence-specific DNA binding / protein dephosphorylation / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / RNA polymerase II, core complex
類似検索 - 分子機能
SOSS complex subunit C / SOSS complex subunit C / Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / : / Integrator complex subunit 3 N-terminal / Ints3-like, C-terminal HEAT repeats / : / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / Domain of unknown function DUF3677 ...SOSS complex subunit C / SOSS complex subunit C / Integrator complex subunit 3, N-terminal / Integrator complex subunit 3 / : / Integrator complex subunit 3 N-terminal / Ints3-like, C-terminal HEAT repeats / : / Single-stranded DNA binding protein Ssb-like, OB fold / Domain of unknown function DUF3677 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 2, metazoa / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 14 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, C-terminal / : / : / : / : / : / : / Integrator complex subunit 1, RP2B-binding domain / Integrator complex subunit 2 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14, beta-barrel domain / Integrator complex subunit 14, alpha-helical domain / Integrator subunit 10 / Integrator complex subunit 1, R3 domain / Integrator complex subunit 1, R4 domain / Integrator complex subunit 1, INTS2-binding domain / Integrator complex subunit 7, C-terminal domain / Integrator complex subunit 7, N-terminal / Integrator complex subunit 7 helical bundle / Cell cycle regulator Mat89Bb / Cell cycle and development regulator Mat89Bb / INTS6 beta-barrel domain / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45, C-terminal / : / INTS6/SAGE1/DDX26B/CT45 C-terminus / Integrator complex subunit 5, C-terminal / Integrator complex subunit 5, N-terminal / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 5 N-terminus / Integrator complex subunit 5 C-terminus / : / INTS4 8 helical bundle domain / Integrator subunit 4 family C-terminal Ig-like domain / : / Sister chromatid cohesion protein PDS5 protein / Integrator complex subunit 9 / : / Integrator IntS9, C-terminal domain / Integrator complex subunit 11, MBL-fold / : / Integrator IntS11, C-terminal domain / Metallo-beta-lactamase superfamily domain / : / : / Beta-Casp domain / : / Beta-Casp domain / Beta-Casp domain / Zn-dependent metallo-hydrolase, RNA specificity domain / Zn-dependent metallo-hydrolase RNA specificity domain / HEAT repeat / HEAT repeat / : / PPP2R1A-like HEAT repeat / Serine/threonine specific protein phosphatases signature. / Protein phosphatase 2A homologues, catalytic domain. / Serine/threonine-specific protein phosphatase/bis(5-nucleosyl)-tetraphosphatase / von Willebrand factor type A domain / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / HEAT repeats / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / RNA polymerase Rpb1 C-terminal repeat / RNA polymerase II, heptapeptide repeat, eukaryotic / Eukaryotic RNA polymerase II heptapeptide repeat. / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 6 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / RNA polymerase Rpb1, domain 7 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 7 / VWFA domain profile. / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / von Willebrand factor, type A / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / von Willebrand factor A-like domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA-directed RNA polymerase subunit / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 ...: / DNA-directed RNA polymerase subunit / Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform / Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform / Integrator complex subunit 11 / Integrator complex subunit 3 / Integrator complex subunit 5 / Integrator complex subunit 8 / Integrator complex subunit 1 / Integrator complex subunit 4 / Integrator complex subunit 15 / Integrator complex subunit 14 / SOSS complex subunit B1 / Integrator complex subunit 2 / SOSS complex subunit C / Integrator complex subunit 9 / Integrator complex subunit 7 / Integrator complex subunit 13 / Integrator complex subunit 10 / Integrator complex subunit 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Sus scrofa (ブタ)
Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Fianu, I. / Ochmann, M. / Walshe, J.L. / Cramer, P.
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SFB860 ドイツ
German Research Foundation (DFG)SFB1565 ドイツ
European Research Council (ERC)EXC 2067/1-390729940European Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2024
タイトル: Structural basis of Integrator-dependent RNA polymerase II termination.
著者: Isaac Fianu / Moritz Ochmann / James L Walshe / Olexandr Dybkov / Joseph Neos Cruz / Henning Urlaub / Patrick Cramer /
要旨: The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex ...The Integrator complex can terminate RNA polymerase II (Pol II) in the promoter-proximal region of genes. Previous work has shed light on how Integrator binds to the paused elongation complex consisting of Pol II, the DRB sensitivity-inducing factor (DSIF) and the negative elongation factor (NELF) and how it cleaves the nascent RNA transcript, but has not explained how Integrator removes Pol II from the DNA template. Here we present three cryo-electron microscopy structures of the complete Integrator-PP2A complex in different functional states. The structure of the pre-termination complex reveals a previously unresolved, scorpion-tail-shaped INTS10-INTS13-INTS14-INTS15 module that may use its 'sting' to open the DSIF DNA clamp and facilitate termination. The structure of the post-termination complex shows that the previously unresolved subunit INTS3 and associated sensor of single-stranded DNA complex (SOSS) factors prevent Pol II rebinding to Integrator after termination. The structure of the free Integrator-PP2A complex in an inactive closed conformation reveals that INTS6 blocks the PP2A phosphatase active site. These results lead to a model for how Integrator terminates Pol II transcription in three steps that involve major rearrangements.
履歴
登録2023年12月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK
B: SOSS complex subunit B1
C: SOSS complex subunit C
Y: DNA-directed RNA polymerase subunit
a: Integrator complex subunit 1
b: Integrator complex subunit 2
c: Integrator complex subunit 3
d: Integrator complex subunit 4
e: Integrator complex subunit 5
f: Integrator complex subunit 6
g: Integrator complex subunit 7
h: Integrator complex subunit 8
i: Integrator complex subunit 9
j: Integrator complex subunit 10
k: Integrator complex subunit 11
n: Integrator complex subunit 14
o: Integrator complex subunit 15
p: Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform
q: Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform
r: DSS1
m: Integrator complex subunit 13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,588,87525
ポリマ－1,588,63421
非ポリマー2414
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 1Yr

#1: タンパク質・ペプチド UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK-UNK


分子量: 783.958 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ)
#4: タンパク質・ペプチド DNA-directed RNA polymerase subunit


分子量: 1356.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 参照: UniProt: I3LJR4, DNA-directed RNA polymerase
#20: タンパク質・ペプチド DSS1


分子量: 3383.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
SOSS complex subunit ... , 2種, 2分子 BC

#2: タンパク質 SOSS complex subunit B1


分子量: 22566.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NABP2 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9BQ15
#3: タンパク質 SOSS complex subunit C


分子量: 11642.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INIP / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NRY2

-
Integrator complex subunit ... , 14種, 14分子 abcdefghijknom

#5: タンパク質 Integrator complex subunit 1


分子量: 244776.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8N201
#6: タンパク質 Integrator complex subunit 2 / Int2


分子量: 134451.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS2, KIAA1287 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9H0H0
#7: タンパク質 Integrator complex subunit 3


分子量: 118155.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q68E01
#8: タンパク質 Integrator complex subunit 4 / Int4


分子量: 108306.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS4, MSTP093 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96HW7
#9: タンパク質 Integrator complex subunit 5


分子量: 108316.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS5 / 発現宿主: Trichoplusia (蝶・蛾) / 参照: UniProt: Q6P9B9
#10: タンパク質 Integrator complex subunit 6


分子量: 100728.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS6 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9UL03
#11: タンパク質 Integrator complex subunit 7


分子量: 107153.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS7 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVH2
#12: タンパク質 Integrator complex subunit 8 / Int8 / Protein kaonashi-1


分子量: 113219.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS8, C8orf52 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q75QN2
#13: タンパク質 Integrator complex subunit 9 / Int9 / Protein related to CPSF subunits of 74 kDa / RC-74


分子量: 73891.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS9, RC74 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NV88
#14: タンパク質 Integrator complex subunit 10 / Int10


分子量: 82339.867 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS10, C8orf35 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVR2
#15: タンパク質 Integrator complex subunit 11


分子量: 67970.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q5TA45
#16: タンパク質 Integrator complex subunit 14 / von Willebrand factor A domain-containing protein 9


分子量: 57526.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS14, C15orf44, VWA9 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96SY0
#17: タンパク質 Integrator complex subunit 15


分子量: 50303.582 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS15 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96N11
#21: タンパク質 Integrator complex subunit 13 / Cell cycle regulator Mat89Bb homolog / Germ cell tumor 1 / Protein asunder homolog / Sarcoma antigen NY-SAR-95


分子量: 80345.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: INTS13, ASUN, C12orf11, GCT1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9NVM9

-
Serine/threonine-protein phosphatase 2A ... , 2種, 2分子 pq

#18: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A alpha isoform


分子量: 65579.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2R1A / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P30153
#19: タンパク質 Serine/threonine-protein phosphatase 2A catalytic subunit alpha isoform


分子量: 35836.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPP2CA / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P67775

-
非ポリマー , 2種, 4分子

#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#23: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Post-termination complexCOMPLEXIntegrator-PP2A, RNA Polymerase II C-terminal domain peptides, NABP2, INIP#1-#210MULTIPLE SOURCES
2Integrator-PP2A complex and NABP2 and INIPCOMPLEX#1, #41RECOMBINANT
3RNA Polymerase II C-terminal domain peptidesCOMPLEX#2-#3, #5-#19, #211NATURAL
4DSS1COMPLEX#201NATURAL
分子量値: 1.2 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Homo sapiens (ヒト)9606
33Sus scrofa (ブタ)9823
44Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
由来(組換発現)生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
緩衝液pH: 7.4
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 39.93 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.20.1_4487: / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 236382 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
ID
1
2
原子モデル構築
ID 3D fitting-IDAccession codeInitial refinement model-IDSource nameタイプ
114OWW1PDBexperimental model
228RBX2PDBexperimental model

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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