+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19035 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Composite map of the Emiliania huxleyi virus 201 (EhV-201) symmetry expanded from cryo-EM structure of virion vertex 120 nm in diameter. | |||||||||
マップデータ | composite map - main map | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | cryo-EM / subtomogram averaging / EhV-201 / enveloped virus / capsid / major capsid protein / composite map / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Homola M / Buttner CR / Fuzik T / Novacek J / Chaillet M / Forster F / Plevka P | |||||||||
資金援助 | チェコ, European Union, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024 タイトル: Structure and replication cycle of a virus infecting climate-modulating alga . 著者: Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H ...著者: Miroslav Homola / Carina R Büttner / Tibor Füzik / Pavel Křepelka / Radka Holbová / Jiří Nováček / Marten L Chaillet / Jakub Žák / Danyil Grybchuk / Friedrich Förster / William H Wilson / Declan C Schroeder / Pavel Plevka / 要旨: The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses ...The globally distributed marine alga has cooling effect on the Earth's climate. The population density of is restricted by viruses, including virus 201 (EhV-201). Despite the impact of viruses on the climate, there is limited information about their structure and replication. Here, we show that the dsDNA genome inside the EhV-201 virion is protected by an inner membrane, capsid, and outer membrane. EhV-201 virions infect by using fivefold vertices to bind to and fuse the virus' inner membrane with the cell plasma membrane. Progeny virions assemble in the cytoplasm at the surface of endoplasmic reticulum-derived membrane segments. Genome packaging initiates synchronously with the capsid assembly and completes through an aperture in the forming capsid. The genome-filled capsids acquire an outer membrane by budding into intracellular vesicles. EhV-201 infection induces a loss of surface protective layers from cells, which enables the continuous release of virions by exocytosis. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19035.map.gz | 152.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-19035-v30.xml emd-19035.xml | 24 KB 24 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_19035.png | 227.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19035.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_19035_additional_1.map.gz emd_19035_additional_2.map.gz | 154.4 MB 153.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19035 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19035_validation.pdf.gz | 484.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_19035_full_validation.pdf.gz | 484 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19035_validation.xml.gz | 7.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19035_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19035 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19035 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rbsMC 8rbtC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19035.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | composite map - main map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 6.24 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: composite map - virion outer membrane only
ファイル | emd_19035_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | composite map - virion outer membrane only | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: composite map - virion capsid only
ファイル | emd_19035_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | composite map - virion capsid only | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Emiliania huxleyi virus 201
全体 | 名称: Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Emiliania huxleyi virus 201
超分子 | 名称: Emiliania huxleyi virus 201 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: EhV-201 was propagated on a non-calcifying Emiliania huxleyi strain (CCPM 2090). NCBI-ID: 181210 / 生物種: Emiliania huxleyi virus 201 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
---|---|
宿主 | 生物種: Emiliania huxleyi CCMP1516 (真核生物) / 株: CCMP 2090 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: inner membrane |
ウイルス殻 | Shell ID: 2 / 名称: capsid / 直径: 1990.0 Å / T番号(三角分割数): 169 |
ウイルス殻 | Shell ID: 3 / 名称: outer membrane / 直径: 2110.0 Å |
-分子 #1: Major capsid protein
分子 | 名称: Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: AlphaFold2 predicted structure. / コピー数: 84 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 55.14577 KDa |
配列 | 文字列: MSGFGGGSSG AGSLTQLLAT GSMDAALTQN ATRTFWKSSY QKHSLFALES INQPFTTQVQ FGAESHITVN RQGDLLSWMY LKIVLPGLK VQNQADTVQP TQQSFASLDN DVAAQADVSH VLPYIEGAYT EASLNTKEQL IAEAKNSYEA AKYNAAPLPV A AQMQSTEM ...文字列: MSGFGGGSSG AGSLTQLLAT GSMDAALTQN ATRTFWKSSY QKHSLFALES INQPFTTQVQ FGAESHITVN RQGDLLSWMY LKIVLPGLK VQNQADTVQP TQQSFASLDN DVAAQADVSH VLPYIEGAYT EASLNTKEQL IAEAKNSYEA AKYNAAPLPV A AQMQSTEM PDFDYAYWTE AIGFHLIKRA EFKVGGATID TIWSELLFAM EELMGRAGRR LTETIGRTLR RPTELMKASR QE QILYVPL PWYFTKHPSL AFPLVAATYH NIQLWVQWAQ LNSCIIKSRS NLVVLHAERN VPISDDHLRA SLECTYVHLE AAE RDALTA NAGTQLIVQH QAHLQQVSSN NVTARLNFNF PVLEFYYFLR RKANKDAGDH FNFSGIGGRD PVVSAELLFN NTAR VTQKP AVWWRAVQAL QFHSSAPLTN IYSYSFSLSP EDPITPSGSA NFSRLDSVEL ALTLQDDFGA AHDANSELFV FARSY NILK FTNGLAGLLY SN UniProtKB: Major capsid protein |
-分子 #2: Penton protein
分子 | 名称: Penton protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: AlphaFold2 predicted structure. / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Emiliania huxleyi virus 201 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 72.841266 KDa |
配列 | 文字列: MPSIAFSGIS TKPGELEFHV PSVLSKHNRA GLLKSIDFPY SQRTIESSWN KLHYMESIRI TPESRSVSVL LTDKESGDRV EMLAMVPLT TNKIIEISTA TTDGTIILVT EEPHGFFAPG CFGKEVRNVI SSYKSIFPHG TPPFILIHGS NGSVQVDPAL F EYNDEYSV ...文字列: MPSIAFSGIS TKPGELEFHV PSVLSKHNRA GLLKSIDFPY SQRTIESSWN KLHYMESIRI TPESRSVSVL LTDKESGDRV EMLAMVPLT TNKIIEISTA TTDGTIILVT EEPHGFFAPG CFGKEVRNVI SSYKSIFPHG TPPFILIHGS NGSVQVDPAL F EYNDEYSV KIKYTAIRTE FKLFGKGDHG WMVTPEFPTI SMLCQVITNA MNSAIIFNHD DPAARTRMYP GTCSNTHVIE SV SGDSLAK ALLGYDGVYA GWEEITIPAG MYCYGELDLS KMIAAKMNRW HIDRESSIIF RGVSGYTWNV TLPSGNYGTP EKL AHCIQH MMNMTAKNRK NPYCVRFTLN EGSSHRGKFV FVAAEPFDLL FGDDESIDPS ILGFEPVDHI GRNSYMSEND LGAP LMKPN CNVYDVDEIP GTHQIRIGRR TRLAVDGKIR GYSGGTLRLN TVNRTTGAPK CHGMNKGDVV TLTTVMPAPD GATGT KREG FTFRAKNKIM GVVVADENEN PDASSLHVSV PSMSWTLGIG SYITIDSQAA PISVALFDPG KNQFFRDSIG ASRLGF SNG VSTGQHGVVV SQCAVNLEPR TVDVSFIEGS MTSASTEMYN QNGKSLITQV PSDRSSGPVP QGMVRFNNAL QQFKLEF TN PDGSPYHFNH ASLSLLMEFD D UniProtKB: Uncharacterized protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 構成要素 - 名称: sea salt 詳細: Sea salts (Sigma Aldrich - S9883) were dissolved in distilled water (40 g/L w/v), filtered through a 0.22 um filter, and pH adjusted to 8. |
---|---|
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 12 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 15 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER / 前処理 - 気圧: 5e-05 kPa / 詳細: top side only |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Sample: 3.5 ul; Wait time: 10 s; Blot time: 3 s; Blot force: -2; Drain time: 0 s. |
詳細 | The viral sample was concentrated down to 1x10^10 plaque-forming units per ml (PFU ml^-1) |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
温度 | 最低: 77.0 K / 最高: 77.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4323 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 2.42 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 30.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 倍率(補正後): 42000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 倍率(公称値): 42000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 18.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) / 使用したサブトモグラム数: 3152 |
---|---|
抽出 | トモグラム数: 131 / 使用した粒子像数: 10240 参照モデル: EhV-201 virion vertex reconstruction coming out of localized single particle reconstruction 手法: template matching ソフトウェア: (名称: emClarity (ver. 1.5.3.11), Warp (ver. 1.0.9)) |
最終 3次元分類 | クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 1600 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0) |
-原子モデル構築 1
初期モデル |
| ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient | ||||||
得られたモデル | PDB-8rbs: |