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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18792 | ||||||||||||
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タイトル | Capsid structure of Giardiavirus (GLV) CAT strain | ||||||||||||
マップデータ | Full map of GLV-CAT capsid | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Giardia parsite / dsRNA virus / capsid structure / Totiviridae / Giardia lambia virus (GLV) / VIRUS | ||||||||||||
機能・相同性 | Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||||||||
生物種 | Giardia lamblia virus (ウイルス) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.6 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Wang H / Gianluca M / Munke A / Hassan MM / Lalle M / Okamoto K | ||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, ノルウェー, 3件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Capsid structure of Giardiavirus (GLV) CAT strain 著者: Wang H / Gianluca M / Munke A / Hassan MM / Lalle M / Okamoto K | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18792.map.gz | 937.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18792-v30.xml emd-18792.xml | 16.1 KB 16.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_18792.png | 266.2 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18792.cif.gz | 5.9 KB | ||
その他 | emd_18792_half_map_1.map.gz emd_18792_half_map_2.map.gz | 928.8 MB 928.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18792 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18792 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18792_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18792_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18792_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18792_validation.cif.gz | 26.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18792 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18792 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r0gMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Full map of GLV-CAT capsid | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.06 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map A of GLV-CAT capsid
ファイル | emd_18792_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A of GLV-CAT capsid | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B of GLV-CAT capsid
ファイル | emd_18792_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B of GLV-CAT capsid | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Giardia lamblia virus
全体 | 名称: Giardia lamblia virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Giardia lamblia virus
超分子 | 名称: Giardia lamblia virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: GLV isolated from G. duodenalis isolates CAT-1 from a cat NCBI-ID: 29255 / 生物種: Giardia lamblia virus / Sci species strain: CAT-1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Giardia intestinalis (ランブル鞭毛虫) / 株: CAT-1 |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 450.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-分子 #1: Capsid protein
分子 | 名称: Capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Giardia lamblia virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 103.492406 KDa |
配列 | 文字列: PENITLDTLN TQNDYEETHG ESPEVPKASI APAGRQNVPV LQQNQENKDN HALGGSEDAK DEREIRFSAI KTLYNYYSEG PSTPIMPHL VNRLRGLDAL AKIDATLTKV DMNAAYIFAL RPTFPYSYGY KQRFSNRRLT TSAVCYARTG LSSFLTVNKT Y TSNSPLKG ...文字列: PENITLDTLN TQNDYEETHG ESPEVPKASI APAGRQNVPV LQQNQENKDN HALGGSEDAK DEREIRFSAI KTLYNYYSEG PSTPIMPHL VNRLRGLDAL AKIDATLTKV DMNAAYIFAL RPTFPYSYGY KQRFSNRRLT TSAVCYARTG LSSFLTVNKT Y TSNSPLKG GSRGWPIFNV GVSPHVAEPH MRTLSPIGLE VFSQNLATFS KTLLTASSKV FTQSLYTADI LSIFGEVFLP HV MQPVSNY TPILVRALLA LIHILGPGSG NCSLSSSIFE SSIPQFFTVS HSTNMSNRTR YCLHTWSAYK DMFRNGIPPQ STL PPTLAP EGSSARVLIP AALVTSPMFP WLLALVSSGP QFFLYSKDAS INTVDIGSRG RITSPIPDVA NLDLHRLWNL FRFD GHRYI DVVIVGVDRD YVWPYQNGVY VHGGKGPNGT DNYGNADVHD GIGTIFSSFN DNVNVQTSDL ILGLLTLWNH ITTTY ATEE EVTMAIKIAA AFALVYPVQP IVYSGCPRAF QSHTSYYQPS SENCYTTDTA EVKSTWDTVE LSVQVNNAMV LGMTLP FGQ PTVSSAQWFN NIDKAEISMF KVGNLPLQNL DYLSLDMMEF YAPTTGQLYD IRSDNLILSA HRTVNLGIGY TALADFF AY LASVPAQSFY HDRMVTSPIS KQTYSVYERF IERFVDDFVG WDRCDLFNLD TLLAAKRIAG VASSPIPWHC SLQRCPLP I IMHYTGLHFG QEHITVRDVA GVEGLQQIVM RNDQGKIVVD ALGTAAPSRL AVKLDWSRLS AWYSDTTCAI PLSDRVMEI INYAAIWDPT QERRATGFVY TYFSPNFLSS FNASEPIFNT SINLTPPYDD TSHTVIQNLS MPQMLSFDPY YESTFYVVSA DNEWIPTSG PAWKVPYLEN VVKRSGRRLL AELRIASNNG SGDRTFLDDV UniProtKB: Capsid protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.4 / 詳細: 1 x PBS (-) |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 20 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
詳細 | Purified GLV-CAT particles |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.5 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 5804 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |