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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18645 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase in complex with NADPH | |||||||||
マップデータ | Main map used for atomic model building and figures. | |||||||||
試料 |
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キーワード | NADPH oxidase / ROS producing / flavoprotein / heme protein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / oxidoreductase activity / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Dubach VRA / San Segundo-Acosta P / Murphy BJ | |||||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published / 年: 2024 タイトル: Structural and mechanistic insight into Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase 著者: Dubach VRA / San Segundo-Acosta P / Murphy BJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18645.map.gz | 79 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18645-v30.xml emd-18645.xml | 22.9 KB 22.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18645_fsc.xml | 9.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18645.png | 112.7 KB | ||
マスクデータ | emd_18645_msk_1.map | 83.7 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18645.cif.gz | 7.2 KB | ||
その他 | emd_18645_additional_1.map.gz emd_18645_half_map_1.map.gz emd_18645_half_map_2.map.gz | 42.3 MB 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18645 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18645_validation.pdf.gz | 931 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18645_full_validation.pdf.gz | 930.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18645_validation.xml.gz | 17.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18645_validation.cif.gz | 22.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18645 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18645 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18645.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Main map used for atomic model building and figures. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.9168 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18645_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Raw unsharpened map obtained in cryoSPARC after merging...
ファイル | emd_18645_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Raw unsharpened map obtained in cryoSPARC after merging of the half maps. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B used during refinement and gold...
ファイル | emd_18645_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B used during refinement and gold standard FSC resolution estimation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A used during refinement and gold...
ファイル | emd_18645_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A used during refinement and gold standard FSC resolution estimation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors
全体 | 名称: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors |
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要素 |
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-超分子 #1: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors
超分子 | 名称: Streptococcus pneumoniae NADPH oxidase with FAD and heme cofactors タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
分子量 | 理論値: 46 KDa |
-分子 #1: FAD-binding FR-type domain-containing protein
分子 | 名称: FAD-binding FR-type domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌) |
分子量 | 理論値: 46.060551 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: EFSMKSVKGL LFIIASFILT LLTWMNTSPQ FMIPGLALTS LSLTFILATR LPLLESWFHS LEKVYTVHKF TAFLSIILLI FHNFSMGGL WGSRLAAQFG NLAIYIFASI ILVAYLGKYI QYEAWRWIHR LVYLAYILGL FHIYMIMGNR LLTFNLLSFL V GSYALLGL ...文字列: EFSMKSVKGL LFIIASFILT LLTWMNTSPQ FMIPGLALTS LSLTFILATR LPLLESWFHS LEKVYTVHKF TAFLSIILLI FHNFSMGGL WGSRLAAQFG NLAIYIFASI ILVAYLGKYI QYEAWRWIHR LVYLAYILGL FHIYMIMGNR LLTFNLLSFL V GSYALLGL LAGFYIIFLY QKISFPYLGK ITHLKRLNHD TREIQIHLSR PFNYQSGQFA FLKIFQEGFE SAPHPFSISG GH GQTLYFT VKTSGDHTKN IYDNLQAGSK VTLDRAYGHM IIEEGRENQV WIAGGIGITP FISYIREHPI LDKQVHFYYS FRG DENAVY LDLLRNYAQK NPNFELHLID STKDGYLNFE QKEVPEHATV YMCGPISMMK ALAKQIKKQN PKTELIYEGF KFK UniProtKB: FAD-binding FR-type domain-containing protein |
-分子 #2: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 1 / 式: NDP |
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分子量 | 理論値: 745.421 Da |
Chemical component information | ChemComp-NDP: |
-分子 #3: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE
分子 | 名称: FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: FAD |
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分子量 | 理論値: 785.55 Da |
Chemical component information | ChemComp-FAD: |
-分子 #4: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子 | 名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: HEM |
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分子量 | 理論値: 616.487 Da |
Chemical component information | ChemComp-HEM: |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 65 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 6 mg/mL | ||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 22259 / 平均露光時間: 3.96 sec. / 平均電子線量: 70.0 e/Å2 / 詳細: Movies were collected in EER format. |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 215000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model 詳細: Initial model was the previously made SpNOX model without substrate bound |
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詳細 | Initial model was fit using ChimeraX and refined with Coot and PHENIX. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
得られたモデル | PDB-8qt7: |