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万見
- EMDB-18549: Ammonium Transporter Amt1 from Shewanella denitrificans -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18549
タイトルAmmonium Transporter Amt1 from Shewanella denitrificans
マップデータunsharpened map
試料
  • 複合体: homotrimer Amt1
    • タンパク質・ペプチド: Ammonium transporter
  • リガンド: water
キーワードAmmonium Transporter Amt1 / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ammonium homeostasis / ammonium channel activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ammonium transporter / Ammonium transporter AmtB-like domain / Ammonium Transporter Family / Ammonium/urea transporter / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Ammonium transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella denitrificans (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.53 Å
データ登録者Gschell M / Zhang L / Einsle O / Andrade S
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)AN-676/3 ドイツ
German Research Foundation (DFG)GRK-2202 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2024
タイトル: How sensor Amt-like proteins integrate ammonium signals.
著者: Tobias Pflüger / Mathias Gschell / Lin Zhang / Volodymyr Shnitsar / Annas J Zabadné / Paul Zierep / Stefan Günther / Oliver Einsle / Susana L A Andrade /
要旨: Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium ...Unlike aquaporins or potassium channels, ammonium transporters (Amts) uniquely discriminate ammonium from potassium and water. This feature has certainly contributed to their repurposing as ammonium receptors during evolution. Here, we describe the ammonium receptor Sd-Amt1, where an Amt module connects to a cytoplasmic diguanylate cyclase transducer module via an HAMP domain. Structures of the protein with and without bound ammonium were determined to 1.7- and 1.9-Ångstrom resolution, depicting the ON and OFF states of the receptor and confirming the presence of a binding site for two ammonium cations that is pivotal for signal perception and receptor activation. The transducer domain was disordered in the crystals, and an AlphaFold2 prediction suggests that the helices linking both domains are flexible. While the sensor domain retains the trimeric fold formed by all Amt family members, the HAMP domains interact as pairs and serve to dimerize the transducer domain upon activation.
履歴
登録2023年10月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月12日-
マップ公開2024年6月12日-
更新2024年6月12日-
現状2024年6月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈unsharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å		0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å		0.84 Å/pix.
x 200 pix.
= 168. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.27450183 - 0.46589074
平均 (標準偏差)0.0013840041 (±0.025808003)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 168.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: sharpened map

ファイルemd_18549_additional_1.map
注釈sharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_18549_half_map_1.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map A

ファイルemd_18549_half_map_2.map
注釈half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : homotrimer Amt1

全体名称: homotrimer Amt1
要素
  • 複合体: homotrimer Amt1
    • タンパク質・ペプチド: Ammonium transporter
  • リガンド: water

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超分子 #1: homotrimer Amt1

超分子名称: homotrimer Amt1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Shewanella denitrificans (バクテリア)

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分子 #1: Ammonium transporter

分子名称: Ammonium transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Shewanella denitrificans (バクテリア)
分子量理論値: 73.021875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSESFLLNLW ILLCACLVLI MQAGFTCFES GNVRNKNSVN VALKNVSDFC VCAVCYWAFG YALMYGNSID GIVGANGFFY STTTNSHET SFFLFQLMFC CTSATIISGA VAERMRFTGY ILVTLLAASL IYPLFGHWAW GGRILGSETS TPGWLEQLGF I DFAGATVV ...文字列:
MSESFLLNLW ILLCACLVLI MQAGFTCFES GNVRNKNSVN VALKNVSDFC VCAVCYWAFG YALMYGNSID GIVGANGFFY STTTNSHET SFFLFQLMFC CTSATIISGA VAERMRFTGY ILVTLLAASL IYPLFGHWAW GGRILGSETS TPGWLEQLGF I DFAGATVV HSVGGWMALA CVLIIGPRLG RFNNKHGVNQ IFGDNLPLTA LGTFLLFLGW FGFNGGSYGK IDDMLSSVFV NT ALGGTFG GFVVLLICIW QQSLLSIRFV LNGVLAGLVA ITASANSISS IDAATIGGIS GALSFFATIL LEKCKIDDVV SVV PVHLIG GIWGTLALAI FADGQYFIAG NSRVDQFLIQ LLGVVTCGIF AFGLPYMLIR LLNRVYPLRV SPRVEILGLN FGEF GLKSE TFNFLKQMRK NKNSHKNKQA VSVDFFSDIG LIEAEYNAFL EVINLQQRQA DINSHRLSRL AKTDHLTRLN NRLGF DECY DSEWLRMRRE KKPFSLLLID IDHFKLYNDH YGHPRGDQCL QQVALVLAST AKRPADCCAR VGGEEFAILL PDTDSE AGE KIANDINIRL KALEIPHLSS PIMPYVTVSI GIATLTPERY DSLDQAYLYQ CADDALYSAK QAGRNGVKAV IIDEAHE QT KKLDENLYFQ GFEHHHHHH

UniProtKB: Ammonium transporter

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分子 #2: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 202 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: DARK FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 477507
初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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