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- EMDB-18442: Structure of active state MC4R in complex with a potent ligand mi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18442
タイトルStructure of active state MC4R in complex with a potent ligand mimicking nanobody
マップデータ
試料
  • 複合体: MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-35/ConfoBody 35 and ligand-mimicking nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 4,Red fluorescent protein drFP583
    • タンパク質・ペプチド: pN162
キーワードGPCR / ConfoBody / agonistic nanobody / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of eating behavior / response to melanocyte-stimulating hormone / corticotropin receptor activity / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / negative regulation of eating behavior / regulation of feeding behavior / positive regulation of bone resorption / feeding behavior / neuropeptide binding ...regulation of eating behavior / response to melanocyte-stimulating hormone / corticotropin receptor activity / melanocyte-stimulating hormone receptor activity / melanocortin receptor activity / negative regulation of eating behavior / regulation of feeding behavior / positive regulation of bone resorption / feeding behavior / neuropeptide binding / insulin secretion / response to food / adenylate cyclase-activating G protein-coupled bile acid receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating serotonin receptor signaling pathway / regulation of skeletal muscle contraction / PKA activation in glucagon signalling / hair follicle placode formation / developmental growth / intracellular transport / D1 dopamine receptor binding / vascular endothelial cell response to laminar fluid shear stress / renal water homeostasis / activation of adenylate cyclase activity / Hedgehog 'off' state / cellular response to acidic pH / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / cellular response to glucagon stimulus / intracellular glucose homeostasis / Peptide ligand-binding receptors / bioluminescence / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / adenylate cyclase activator activity / trans-Golgi network membrane / generation of precursor metabolites and energy / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / response to prostaglandin E / electron transport chain / response to insulin / bone development / platelet aggregation / cognition / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / positive regulation of insulin secretion / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G-protein activation / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through CDC42 / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / sensory perception of smell / photoreceptor disc membrane / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cellular response to catecholamine stimulus / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / heterotrimeric G-protein complex / G-protein beta-subunit binding / G alpha (12/13) signalling events / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / extracellular vesicle / sensory perception of taste / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / signaling receptor complex adaptor activity / retina development in camera-type eye / GTPase binding / G protein activity / fibroblast proliferation / Ca2+ pathway / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / Ras protein signal transduction / periplasmic space / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能
Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / G-protein alpha subunit, group S / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein ...Melanocortin 4 receptor / Melanocortin receptor 3-5 / Melanocortin/ACTH receptor / G-protein alpha subunit, group S / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G protein alpha subunit, helical insertion / G protein alpha subunit / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / G protein beta WD-40 repeat protein / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Soluble cytochrome b562 / Melanocortin receptor 4 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short / Red fluorescent protein drFP583
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ) / Discosoma sp. (イソギンチャク)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Busch A / Jaakola V-P / Masiulis S
資金援助 ベルギー, 2件
OrganizationGrant number国
Other government2016-R-49 ベルギー
Other governmentHBC_2020.2042 ベルギー
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure elucidation of a human melanocortin-4 receptor specific orthosteric nanobody agonist.
著者: Thomas Fontaine / Andreas Busch / Toon Laeremans / Stéphane De Cesco / Yi-Lynn Liang / Veli-Pekka Jaakola / Zara Sands / Sarah Triest / Simonas Masiulis / Lies Dekeyzer / Noor Samyn / ...著者: Thomas Fontaine / Andreas Busch / Toon Laeremans / Stéphane De Cesco / Yi-Lynn Liang / Veli-Pekka Jaakola / Zara Sands / Sarah Triest / Simonas Masiulis / Lies Dekeyzer / Noor Samyn / Nicolas Loeys / Lisa Perneel / Melanie Debaere / Murielle Martini / Charlotte Vantieghem / Richa Virmani / Kamila Skieterska / Stephanie Staelens / Rosa Barroco / Maarten Van Roy / Christel Menet /
要旨: The melanocortin receptor 4 (MC4R) belongs to the melanocortin receptor family of G-protein coupled receptors and is a key switch in the leptin-melanocortin molecular axis that controls hunger and ...The melanocortin receptor 4 (MC4R) belongs to the melanocortin receptor family of G-protein coupled receptors and is a key switch in the leptin-melanocortin molecular axis that controls hunger and satiety. Brain-produced hormones such as α-melanocyte-stimulating hormone (agonist) and agouti-related peptide (inverse agonist) regulate the molecular communication of the MC4R axis but are promiscuous for melanocortin receptor subtypes and induce a wide array of biological effects. Here, we use a chimeric construct of conformation-selective, nanobody-based binding domain (a ConfoBody Cb80) and active state-stabilized MC4R-β2AR hybrid for efficient de novo discovery of a sequence diverse panel of MC4R-specific, potent and full agonistic nanobodies. We solve the active state MC4R structure in complex with the full agonistic nanobody pN162 at 3.4 Å resolution. The structure shows a distinct interaction with pN162 binding deeply in the orthosteric pocket. MC4R peptide agonists, such as the marketed setmelanotide, lack receptor selectivity and show off-target effects. In contrast, the agonistic nanobody is highly specific and hence can be a more suitable agent for anti-obesity therapeutic intervention via MC4R.
履歴
登録2023年9月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月25日-
マップ公開2024年9月25日-
更新2025年4月23日-
現状2025年4月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18442.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18442.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 256.5 Å		1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 256.5 Å		1.43 Å/pix.
x 180 pix.
= 256.5 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.425 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.15
最小 - 最大-0.0016747486 - 1.8374246
平均 (標準偏差)0.0011681758 (±0.024647027)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 256.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18442_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18442_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18442_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-3...

全体名称: MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-35/ConfoBody 35 and ligand-mimicking nanobody
要素
  • 複合体: MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-35/ConfoBody 35 and ligand-mimicking nanobody
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody-35
    • タンパク質・ペプチド: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 4,Red fluorescent protein drFP583
    • タンパク質・ペプチド: pN162

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超分子 #1: MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-3...

超分子名称: MC4R receptor in complex with Gs protein heterotrimer, nanobody-35/ConfoBody 35 and ligand-mimicking nanobody
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Dominant-negative / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.699434 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE ...文字列:
MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKNTIVKQM RILHVNGFNG EGGEEDPQAA RSNSDGEKA TKVQDIKNNL KEAIETIVAA MSNLVPPVEL ANPENQFRVD YILSVMNVPD FDFPPEFYEH AKALWEDEGV R ACYERSNE YQLIDCAQYF LDKIDVIKQA DYVPSDQDLL RCRVLTSGIF ETKFQVDKVN FHMFDVGAQR DERRKWIQCF ND VTAIIFV VASSSYNMVI REDNQTNRLQ AALKLFDSIW NNKWLRDTSV ILFLNKQDLL AEKVLAGKSK IEDYFPEFAR YTT PEDATP EPGEDPRVTR AKYFIRDEFL RISTASGDGR HYCYPHFTCS VDTENIRRVF NDCRDIIQRM HLRQYELL

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 38.534062 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV ...文字列:
MHHHHHHGSS GSELDQLRQE AEQLKNQIRD ARKACADATL SQITNNIDPV GRIQMRTRRT LRGHLAKIYA MHWGTDSRLL VSASQDGKL IIWDSYTTNK VHAIPLRSSW VMTCAYAPSG NYVACGGLDN ICSIYNLKTR EGNVRVSREL AGHTGYLSCC R FLDDNQIV TSSGDTTCAL WDIETGQQTT TFTGHTGDVM SLSLAPDTRL FVSGACDASA KLWDVREGMC RQTFTGHESD IN AICFFPN GNAFATGSDD ATCRLFDLRA DQELMTYSHD NIICGITSVS FSKSGRLLLA GYDDFNCNVW DALKADRAGV LAG HDNRVS CLGVTDDGMA VATGSWDSFL KIWN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #4: Nanobody-35

分子名称: Nanobody-35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 15.140742 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLQESGGG LVQPGGSLRL SCAASGFTFS NYKMNWVRQA PGKGLEWVSD ISQSGASISY TGSVKGRFTI SRDNAKNTLY LQMNSLKPE DTAVYYCARC PAPFTRDCFD VTSTTYAYRG QGTQVTVSSH HHHHHEPEA

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分子 #5: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 4,Red fluorescent p...

分子名称: Soluble cytochrome b562,Melanocortin receptor 4,Red fluorescent protein drFP583
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Discosoma sp. (イソギンチャク)
分子量理論値: 82.025141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: FADYKDDDDK AADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLE VLFQGPMVNS THRGMHTSLH LWNRSSYRLH SNASESLGKG Y SDGGCYEQ ...文字列:
FADYKDDDDK AADLEDNWET LNDNLKVIEK ADNAAQVKDA LTKMRAAALD AQKATPPKLE DKSPDSPEMK DFRHGFDILV GQIDDALKL ANEGKVKEAQ AAAEQLKTTR NAYIQKYLLE VLFQGPMVNS THRGMHTSLH LWNRSSYRLH SNASESLGKG Y SDGGCYEQ LFVSPEVFVT LGVISLLENI LVIVAIAKNK NLHSPMYFFI CSLAVADMLV SVSNGSETIV ITLLNSTDTD AQ SFTVNID NVIDSVICSS LLASICSLLS IAVDRYFTIF YALQYHNIMT VKRVGIIISC IWAACTVSGI LFIIYSDSSA VII CLITMF FTMLALMASL YVHMFLMARL HIKRIAVLPG TGAIRQGANM KGAITLTILI GVFVVCWAPF FLHLIFYISC PQNP YCVCF MSHFNLYLIL IMCNSIIDPL IYALRSQELR KTFKEIICCY PLGGLCDLSS RYLEVLFQGP VSKGEEDNMA IIKEF MRFK VHMEGSVNGH EFEIEGEGEG RPYEGTQTAK LKVTKGGPLP FAWDILSPQF MYGSKAYVKH PADIPDYLKL SFPEGF KWE RVMNFEDGGV VTVTQDSSLQ DGEFIYKVKL RGTNFPSDGP VMQKKTMGWE ASSERMYPED GALKGEIKQR LKLKDGG HY DAEVKTTYKA KKPVQLPGAY NVNIKLDITS HNEDYTIVEQ YERAEGRHST GGMDELYKHH HHHHHHHHGL NDIFEAQK I EWHEEPEA

UniProtKB: Soluble cytochrome b562, Melanocortin receptor 4, Red fluorescent protein drFP583

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分子 #6: pN162

分子名称: pN162 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 12.655162 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQPGGSLRL SCAASGSAFS LNVMGWYRQT PGNQRALVAE ITKDGSTNYA DSAKGRFTIS RDNAKNTVHL QMDSLKPED TAVYYCKART GRIVRPLDYW GQGTQVTV

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度10.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 30.3 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 219891
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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