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- EMDB-18407: Cryo-EM structure of SidH from Legionella pneumophila in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18407
タイトルCryo-EM structure of SidH from Legionella pneumophila in complex with LubX
マップデータEM Map of Legionella effector SidH bound to metaeffector LubX
試料
  • 複合体: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu
    • RNA: t-RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein SidH
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin--protein ligase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
キーワードSidH / Legionella / tRNA-binding / EF-Tu-binding / RNA BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine tetraphosphate binding / translation elongation factor activity / ubiquitin-protein transferase activity / protein ubiquitination / GTPase activity / GTP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal ...U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, bacterial/organelle / Elongation factor Tu, domain 2 / Elongation factor Tu (EF-Tu), GTP-binding domain / Translation elongation factor EFTu/EF1A, C-terminal / Elongation factor Tu C-terminal domain / Translation elongation factor EF1A/initiation factor IF2gamma, C-terminal / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Elongation factor Tu domain 2 / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Small GTP-binding protein domain / Translation protein, beta-barrel domain superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin--protein ligase / Elongation factor Tu / SidH
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア) / Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Sharma R / Adams M / Bhogaraju S
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-21-CE11-0013 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural basis for the toxicity of Legionella pneumophila effector SidH.
著者: Rahul Sharma / Michael Adams / Simonne Griffith-Jones / Tobias Sahr / Laura Gomez-Valero / Felix Weis / Michael Hons / Sarah Gharbi / Rayene Berkane / Alexandra Stolz / Carmen Buchrieser / Sagar Bhogaraju /
要旨: Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity ...Legionella pneumophila (LP) secretes more than 300 effectors into the host cytosol to facilitate intracellular replication. One of these effectors, SidH, 253 kDa in size with no sequence similarity to proteins of known function is toxic when overexpressed in host cells. SidH is regulated by the LP metaeffector LubX which targets SidH for degradation in a temporal manner during LP infection. The mechanism underlying the toxicity of SidH and its role in LP infection are unknown. Here, we determined the cryo-EM structure of SidH at 2.7 Å revealing a unique alpha helical arrangement with no overall similarity to known protein structures. Surprisingly, purified SidH came bound to a E. coli EF-Tu/t-RNA/GTP ternary complex which could be modeled into the cryo-EM density. Mutation of residues disrupting the SidH-tRNA interface and SidH-EF-Tu interface abolish the toxicity of overexpressed SidH in human cells, a phenotype confirmed in infection of Acanthamoeba castellani. We also present the cryo-EM structure of SidH in complex with a U-box domain containing ubiquitin ligase LubX delineating the mechanism of regulation of SidH. Our data provide the basis for the toxicity of SidH and into its regulation by the metaeffector LubX.
履歴
登録2023年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月11日-
マップ公開2023年10月11日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18407.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18407.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈EM Map of Legionella effector SidH bound to metaeffector LubX
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.827 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0301
最小 - 最大-0.19360532 - 0.4717938
平均 (標準偏差)0.00013525634 (±0.0064209388)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 330.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_18407_half_map_1.map
注釈half map 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2

ファイルemd_18407_half_map_2.map
注釈half map 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX

全体名称: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
要素
  • 複合体: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
    • タンパク質・ペプチド: Elongation factor Tu
    • RNA: t-RNA
    • タンパク質・ペプチド: Protein SidH
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin--protein ligase
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

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超分子 #1: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX

超分子名称: Quaternary complex of SidH with E.coli tRNA, EF-Tu and LubX
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)

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分子 #1: Elongation factor Tu

分子名称: Elongation factor Tu / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
分子量理論値: 43.370492 KDa
配列文字列: MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT ...文字列:
MSKEKFERTK PHVNVGTIGH VDHGKTTLTA AITTVLAKTY GGAARAFDQI DNAPEEKARG ITINTSHVEY DTPTRHYAHV DCPGHADYV KNMITGAAQM DGAILVVAAT DGPMPQTREH ILLGRQVGVP YIIVFLNKCD MVDDEELLEL VEMEVRELLS Q YDFPGDDT PIVRGSALKA LEGDAEWEAK ILELAGFLDS YIPEPERAID KPFLLPIEDV FSISGRGTVV TGRVERGIIK VG EEVEIVG IKETQKSTCT GVEMFRKLLD EGRAGENVGV LLRGIKREEI ERGQVLAKPG TIKPHTKFES EVYILSKDEG GRH TPFFKG YRPQFYFRTT DVTGTIELPE GVEMVMPGDN IKMVVTLIHP IAMDDGLRFA IREGGRTVGA GVVAKVLS

UniProtKB: Elongation factor Tu

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分子 #3: Protein SidH

分子名称: Protein SidH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 255.113719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM KRTIETYIIY LKEDLKIADT CKTIKDGLLK SITDKTHFSE ELATYFERDN PNAPFKVNTT DPTQVAVLK KLLNALENAE KSFRAIENID ISRDRYTAMI AKDAVMVSYK AVHEIYAALQ LINHSNSDIQ DIVGPHIQKL L PQMALASK ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSM KRTIETYIIY LKEDLKIADT CKTIKDGLLK SITDKTHFSE ELATYFERDN PNAPFKVNTT DPTQVAVLK KLLNALENAE KSFRAIENID ISRDRYTAMI AKDAVMVSYK AVHEIYAALQ LINHSNSDIQ DIVGPHIQKL L PQMALASK ALGNFAPEHP EESAGAVLAG VVNMLPTEKP TESESLGKLS NLIFELPHYF EELQKLIATG ASGIATKSIT SA EDYQSAM IKKANETKYY FEQLSSKSGL LAIPSYLSIV KRLIAHSTDL VNAGAPLTKQ AYLDAVAKLE DIKHNILPQL ISE LEMVEE SMGLKPGLLT DPALEQMNKY YTQLAEQVDN IAKAAGVLDT VSDYSDSIGG KIVRFLAGDS KKLDVGPKLT PAPD LGVLM DDVFIQKRRS NQESRLNEAR LSSEDKSVLA AANRFFDKIG SYNSIHKAWS KWSLANISQS EKDALIKEYK QFQPH FAAL YPDIDKLVVD ALTQPTGSNI VSRLYSSDYK QLWSSDHFKQ VLSCKDSVLS SIQQSLAQSE FKAKLIEKTM SHSEET AYS MNNKTTNLTT RVQPFEPLKF TLEDDKPVEY YHKRVIAASN QILELERAQK GVAEFFNYIQ KKYPHENPSF DSLDESD KE FLRKAYKTFQ PQLLALKHDD INTRLVSSLT SSKPTDPPLR LTDLVSLKSG INDYLNEKIS DLNQDKTTLL DKEEEARE E QYAKNPLVAK GAELEKQTLF GQMSKLKLSK SVDDFFNKKF QTYLKDNLSP EVWKQLSSNG ETLDFDKIPY LEFHKDSPE VAMYKQLINS MHYMKNGLEK LESLNDYGDP NNIYHRTRFV MTTFNALVMN ICFSKYYVME AGNNPGLKAI VQEGLDLLKP LEGMPLIGD YLKTTEKQEP PKQNIITAWK KQQAVVESGL SKGPKPKTDQ QLISEQLGKI QEAIDNFDGD LEVSDSAREK I KTQIGEFA KGISGLSFGP GSVKKILAAL TKLETQLSNL DKESPEVTLG KLKDIHSELN AQFRAAAEYT EYHSGQKFGS YS NNISTIV SNFCNGLVSN LPLKQEPAPK VKAPEKPVTP VITGTTNPHE VVFGTKHEEF NSVYQPYLLL KRITDEFRDQ NNP YKPSFD ELKEEAVSYY DKIQPLLESV DPKFDKNFIA KHKESSTLLK AIDEVMSMRQ RINNPESSFA KLKDLHLEGD FEKE ENKEK FRQLYKEIQP YLHKIDSTYD QTQFLEGLKT AKDFSGALQR IMNEENALQQ STSLKDTSYL QLIAESLYQI PVKLN KLKA EPDTPEPSKE EIDANVKAFV EGLNGLSFGP GSVKKILSTA AKLQMQLSDI GKEGRELTMG RLKEIQAEFG TILMAA ADN AEFHLGLKPG TYSRTVSERF EKFYSSLIVN LPLEKDQTGL ELLIDTTSTQ KRLAREMERL ESVKEDTSAI DTKKSIF GT EHEQFSTLYQ PYASLRHIAK DIEDGVHMNL YERTLEELKE EASNEYKKIQ PYLAKINPEF TEDYISKTDG EYSLLHAI D RVFEERHKIN KPSSPFDKLR DLYLDGDFEK EENKEQFLQL YAELQPHLIK INYQYDLAYF LRELQTPEDF KAATERIIN DESKLQELIT GLDDTKRLKV KLCEERIGYF IDLLKKQELE VGPEKIQAFK EKIFFNYIHA NVNSALDAKI GSHAEQFLQF IEKDFLDKK NEILEKITID QDMEEEIAKA IDRIAPDIIN NKIESFKKLL FDSYIQSDIK NSLHNELGIY TSLFIDKISP E IHLHQSEI LGNVAFDSKM GAEIGSKINA ITPGILLNNN PLKEAYVDLN NTLKEINTLL DEENKKTRDN PCRNEKIAKL TS LKDRLSD LDSIPKENTV EFLKKMQEET RSSLKSLESN DALINIYDVL NSLKETIENG SDLPEIKKDK LQMISDVQNI LSN FDKNPA ERLNLAVQIL NDSNPEVLSK TKGNFLIGEA FKGQVFTNYI NTKISEQLNN ELGPYGKVFL KQIMPDFIAK KSEI IKEIA IDNMETGLET QFKIHAPAIF EKNKELKAAY EQLNVHLKEV QSLIEAEEKK PKGNPCREEK IAALRSHQSQ LMNTQ RIPD HETLRFLQEQ NKSAKSFMGK LEKYDTMISV YDSLTEIREH VSNHKSLSKE IKDEKIQEIS KMEDMLKTTS KEPSIR LAE VKAHGLSDQC KNVLLKNSDN FLVSFFKTLF SKLFNIKNEN ETLVSSFKQR LQNIKGPEPV ATPMETPENE APLVNAN IT RF

UniProtKB: SidH

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分子 #4: E3 ubiquitin--protein ligase

分子名称: E3 ubiquitin--protein ligase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (バクテリア)
分子量理論値: 30.50683 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MHHHHHHSAG LEVLFQGPMG YRIEMATRNP FDIDHKSKYL REAALEANLS HPETTPTMLT CPIDSGFLKD PVITPEGFVY NKSSILKWL ETKKEDPQSR KPLTAKDLQP FPELLIIVNR FVETQTNYEK LKNRLVQNAR VAARQKEYTE IPDIFLCPIS K TLIKTPVI ...文字列:
MHHHHHHSAG LEVLFQGPMG YRIEMATRNP FDIDHKSKYL REAALEANLS HPETTPTMLT CPIDSGFLKD PVITPEGFVY NKSSILKWL ETKKEDPQSR KPLTAKDLQP FPELLIIVNR FVETQTNYEK LKNRLVQNAR VAARQKEYTE IPDIFLCPIS K TLIKTPVI TAQGKVYDQE ALSNFLIATG NKDETGKKLS IDDVVVFDEL YQQIKVYNFY RKREMQKNQI QPSVSSGFGF FS LNFLTSW LWGTEEKKEK TSSDMTY

UniProtKB: E3 ubiquitin--protein ligase

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分子 #2: t-RNA

分子名称: t-RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
分子量理論値: 24.620766 KDa
配列文字列:
GCCCGGA(4SU)AG CUCAG(H2U)CGG(H2U) AGAGCAGGGG AUUGAAAAUC CCCGUG(3AU)CCU UGG(5MU)(PSU)C GAU UCCGAGUCCG GGCACCA

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分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #6: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: GTP
分子量理論値: 523.18 Da
Chemical component information

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 43.37 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.2 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 255829
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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