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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18386 | |||||||||
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タイトル | Archaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo) bound with 17 nt RNA guide and 17 nt DNA target | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | ARGONAUTE / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H-like superfamily / Uncharacterized protein / Piwi protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) / Escherichia coli (大腸菌) / Archaeoglobus fulgidus (古細菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.43 Å | |||||||||
データ登録者 | Manakova EN / Zaremba M / Pocevicuite R / Golovinas E / Zagorskaite E / Silanskas A | |||||||||
資金援助 | リトアニア, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024 タイトル: The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein. 著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / ...著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / Algirdas Grybauskas / Česlovas Venclovas / Mindaugas Zaremba 要旨: Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid ...Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid targets and are responsible for gene expression regulation, mobile genome element silencing, and defence against viruses or plasmids. According to their domain organization, Agos are divided into long and short Agos. Long Agos found in prokaryotes (long-A and long-B pAgos) and eukaryotes (eAgos) comprise four major functional domains (N, PAZ, MID and PIWI) and two structural linker domains L1 and L2. The majority (∼60%) of pAgos are short pAgos, containing only the MID and inactive PIWI domains. Here we focus on the prokaryotic Argonaute AfAgo from Archaeoglobus fulgidus DSM4304. Although phylogenetically classified as a long-B pAgo, AfAgo contains only MID and catalytically inactive PIWI domains, akin to short pAgos. We show that AfAgo forms a heterodimeric complex with a protein encoded upstream in the same operon, which is a structural equivalent of the N-L1-L2 domains of long pAgos. This complex, structurally equivalent to a long PAZ-less pAgo, outperforms standalone AfAgo in guide RNA-mediated target DNA binding. Our findings provide a missing piece to one of the first and the most studied pAgos. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18386.map.gz | 24.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18386-v30.xml emd-18386.xml | 26.2 KB 26.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18386_fsc.xml | 6.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18386.png | 164.5 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18386.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_18386_half_map_1.map.gz emd_18386_half_map_2.map.gz | 25.1 MB 25.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18386 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18386_validation.pdf.gz | 714.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18386_full_validation.pdf.gz | 714 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18386_validation.xml.gz | 13.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18386_validation.cif.gz | 17.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18386 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18386 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18386.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18386_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18386_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Heterodimeric AfAgo and AfAgo-N complex with 17 nt RNA guide and ...
全体 | 名称: Heterodimeric AfAgo and AfAgo-N complex with 17 nt RNA guide and 17 nt DNA target |
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要素 |
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-超分子 #1: Heterodimeric AfAgo and AfAgo-N complex with 17 nt RNA guide and ...
超分子 | 名称: Heterodimeric AfAgo and AfAgo-N complex with 17 nt RNA guide and 17 nt DNA target タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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分子量 | 理論値: 100 KDa |
-超分子 #2: AfAgo
超分子 | 名称: AfAgo / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) |
-超分子 #3: AfAgo-N
超分子 | 名称: AfAgo-N / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 4304 (古細菌) |
-超分子 #4: DNA target oligonucleotide
超分子 | 名称: DNA target oligonucleotide / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-超分子 #5: 5'p-RNA guide
超分子 | 名称: 5'p-RNA guide / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: Piwi protein
分子 | 名称: Piwi protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM4304 |
分子量 | 理論値: 49.302434 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MMEYKIVENG LTYRIGNGAS VPISNTGELI KGLRNYGPYE VPSLKYNQIA LIHNNQFSSL INQLKSQISS KIDEVWHIHN INISEFIYD SPHFDSIKSQ VDNAIDTGVD GIMLVLPEYN TPLYYKLKSY LINSIPSQFM RYDILSNRNL TFYVDNLLVQ F VSKLGGKP ...文字列: MMEYKIVENG LTYRIGNGAS VPISNTGELI KGLRNYGPYE VPSLKYNQIA LIHNNQFSSL INQLKSQISS KIDEVWHIHN INISEFIYD SPHFDSIKSQ VDNAIDTGVD GIMLVLPEYN TPLYYKLKSY LINSIPSQFM RYDILSNRNL TFYVDNLLVQ F VSKLGGKP WILNVDPEKG SDIIIGTGAT RIDNVNLFCF AMVFKKDGTM LWNEISPIVT SSEYLTYLKS TIKKVVYGFK KS NPDWDVE KLTLHVSGKR PKMKDGETKI LKETVEELKK QEMVSRDVKY AILHLNETHP FWVMGDPNNR FHPYEGTKVK LSS KRYLLT LLQPYLKRNG LEMVTPIKPL SVEIVSDNWT SEEYYHNVHE ILDEIYYLSK MNWRGFRSRN LPVTVNYPKL VAGI IANVN RYGGYPINPE GNRSLQTNPW FL UniProtKB: Piwi protein |
-分子 #2: AfAgo-N protein
分子 | 名称: AfAgo-N protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Archaeoglobus fulgidus (古細菌) / 株: DSM8774 |
分子量 | 理論値: 31.356576 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGGSHHHHHH GMASENLYFQ GGGGEIPLSS GNVNTPDVRS SGILYINIYP IVNYPETIKV SAIPYYEEFL PGKWKKRIGD LIYLYGYGI ENEFDEIDNS NALFGKIFRK YLLDILSENI ATPWQLKELG STLRLVKEIT ENYEFSNIIK LQYELIINVH H WQNTNFGI ...文字列: MGGSHHHHHH GMASENLYFQ GGGGEIPLSS GNVNTPDVRS SGILYINIYP IVNYPETIKV SAIPYYEEFL PGKWKKRIGD LIYLYGYGI ENEFDEIDNS NALFGKIFRK YLLDILSENI ATPWQLKELG STLRLVKEIT ENYEFSNIIK LQYELIINVH H WQNTNFGI IVDLKINILD RENNQRISYT KIKDKYGESV KKKIWVSVQA FHRHLTPEGK KYATAMRDKF NLLTGLLKEA FG SSEDEKT FSTPDGEIKI VFKPLEIVEV SNNDGI UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: DNA target 17 nt
分子 | 名称: DNA target 17 nt / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 5.202384 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DT) |
-分子 #4: RNA guide 17 nt
分子 | 名称: RNA guide 17 nt / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 5.427286 KDa |
配列 | 文字列: AUUGUACACG GCCGAAU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | fAfAgo complex with 17/17 guide-target heteroduplexes was mixed and applied on grid |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2152 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 48 | |||||||||
得られたモデル | PDB-8qg0: |