+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18324 | |||||||||
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タイトル | Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans in MSP2N2 nanodiscs | |||||||||
マップデータ | Globally sharpened consensus map | |||||||||
試料 |
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キーワード | Respiratory complex I / NADH:ubiquinone oxidoreductase / Nanodiscs / OXIDOREDUCTASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / : / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity ...NADH:ubiquinone reductase (H+-translocating) / protein-L-isoaspartate (D-aspartate) O-methyltransferase activity / : / NADH dehydrogenase complex / トランスロカーゼ; ヒドロンの輸送の触媒; 酸化還元酵素反応を伴う / NADH:ubiquinone reductase (non-electrogenic) activity / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H, quinone or similar compound as acceptor / respiratory chain complex I / NADH dehydrogenase activity / NADH dehydrogenase (ubiquinone) activity / quinone binding / : / ATP synthesis coupled electron transport / electron transport chain / protein modification process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / NAD binding / FMN binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / methylation / oxidoreductase activity / iron ion binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paracoccus denitrificans PD1222 (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Ivanov BS / Bridges HR / Hirst J | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Respiratory complex I from Paracoccus denitrificans 著者: Ivanov BS / Bridges HR / Hirst J / Jarman OD | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18324.map.gz | 918.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18324-v30.xml emd-18324.xml | 40.6 KB 40.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18324_fsc.xml | 22.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18324.png | 141.2 KB | ||
マスクデータ | emd_18324_msk_1.map | 1000 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18324.cif.gz | 11 KB | ||
その他 | emd_18324_half_map_1.map.gz emd_18324_half_map_2.map.gz | 813.9 MB 813.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18324 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18324_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18324_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18324_validation.xml.gz | 30.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18324_validation.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18324 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18324 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qbyMC 8qc1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18324.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1000 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Globally sharpened consensus map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.745 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18324_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 2
ファイル | emd_18324_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-map 1
ファイル | emd_18324_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : Respiratory complex I
+超分子 #1: Respiratory complex I
+分子 #1: NADH-quinone oxidoreductase subunit K
+分子 #2: NADH-quinone oxidoreductase
+分子 #3: Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase
+分子 #4: NADH-quinone oxidoreductase subunit I
+分子 #5: NADH dehydrogenase subunit E
+分子 #6: NADH-quinone oxidoreductase subunit N
+分子 #7: NADH-quinone oxidoreductase subunit H
+分子 #8: NADH-quinone oxidoreductase subunit F
+分子 #9: NADH-quinone oxidoreductase subunit D
+分子 #10: NADH:ubiquinone oxidoreductase 17.2 kD subunit
+分子 #11: NADH-quinone oxidoreductase subunit A
+分子 #12: NADH-quinone oxidoreductase chain 10
+分子 #13: Zinc finger CHCC-type domain-containing protein
+分子 #14: ETC complex I subunit conserved region
+分子 #15: NADH-quinone oxidoreductase subunit C
+分子 #16: NADH-quinone oxidoreductase subunit B
+分子 #17: NADH dehydrogenase subunit L
+分子 #18: NADH dehydrogenase subunit M
+分子 #19: IRON/SULFUR CLUSTER
+分子 #20: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
+分子 #21: SODIUM ION
+分子 #22: 1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE
+分子 #23: O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phospho...
+分子 #24: CALCIUM ION
+分子 #25: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
+分子 #26: CARDIOLIPIN
+分子 #27: FLAVIN MONONUCLEOTIDE
+分子 #28: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
+分子 #29: ZINC ION
+分子 #30: UBIQUINONE-10
+分子 #31: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.0 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 |
グリッド | モデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: The grids were glow discharged at 20 mA for 90 s to clean and increase the hydrophilicity of the grid surface and then incubated in 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol in ethanol for ...詳細: The grids were glow discharged at 20 mA for 90 s to clean and increase the hydrophilicity of the grid surface and then incubated in 5 mM 11-mercaptoundecyl hexaethyleneglycol in ethanol for two days under anaerobic conditions. The grids were then washed in 100% ethanol and dried three times prior to sample application. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 3 / 実像数: 16814 / 平均露光時間: 2.4 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: in silico model / 詳細: Model Angelo |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | PDB-8qby: |