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- EMDB-18148: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex R... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18148
タイトルa membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase complex RDH complex
マップデータ
試料
  • 複合体: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
  • タンパク質・ペプチド: Tetrachloroethene reductive dehalogenase
  • リガンド: (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene
  • リガンド: CO-METHYLCOBALAMIN
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MENAQUINONE-7
  • リガンド: water
キーワードRDH menaquinol:organohalide oxidoreductase / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrachloroethene reductive dehalogenase / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / 4Fe-4S double cluster binding domain / Reductive dehalogenase / Reductive dehalogenase domain / Reductive dehalogenase subunit / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. ...TAT (twin-arginine translocation) pathway signal sequence / 4Fe-4S double cluster binding domain / Reductive dehalogenase / Reductive dehalogenase domain / Reductive dehalogenase subunit / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence, bacterial/archaeal / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein / Tetrachloroethene reductive dehalogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.83 Å
データ登録者Dongchun N / Ekundayo B / Henning S / Julien M / Holliger C / Cimmino L
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science FoundationCRSII5_177195 スイス
Swiss National Science FoundationIZLCZ0_206089 スイス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase.
著者: Lorenzo Cimmino / Américo G Duarte / Dongchun Ni / Babatunde E Ekundayo / Inês A C Pereira / Henning Stahlberg / Christof Holliger / Julien Maillard /
要旨: Organohalide-respiring bacteria are key organisms for the bioremediation of soils and aquifers contaminated with halogenated organic compounds. The major players in this process are respiratory ...Organohalide-respiring bacteria are key organisms for the bioremediation of soils and aquifers contaminated with halogenated organic compounds. The major players in this process are respiratory reductive dehalogenases, corrinoid enzymes that use organohalides as substrates and contribute to energy conservation. Here, we present the structure of a menaquinol:organohalide oxidoreductase obtained by cryo-EM. The membrane-bound protein was isolated from Desulfitobacterium hafniense strain TCE1 as a PceAB complex catalysing the dechlorination of tetrachloroethene. Two catalytic PceA subunits are anchored to the membrane by two small integral membrane PceB subunits. The structure reveals two menaquinone molecules bound at the interface of the two different subunits, which are the starting point of a chain of redox cofactors for electron transfer to the active site. In this work, the structure elucidates how energy is conserved during organohalide respiration in menaquinone-dependent organohalide-respiring bacteria.
履歴
登録2023年8月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年10月18日-
マップ公開2023年10月18日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18148.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18148.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.102
最小 - 最大-0.5514069 - 0.74166846
平均 (標準偏差)0.00042886008 (±0.0252677)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 204.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18148_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18148_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase

全体名称: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase
要素
  • 複合体: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase
    • タンパク質・ペプチド: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
  • タンパク質・ペプチド: Tetrachloroethene reductive dehalogenase
  • リガンド: (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene
  • リガンド: CO-METHYLCOBALAMIN
  • リガンド: IRON/SULFUR CLUSTER
  • リガンド: MENAQUINONE-7
  • リガンド: water

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超分子 #1: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase

超分子名称: a membrane-bound menaquinol:organohalide oxidoreductase
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2 / 詳細: PceA2B2
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
分子量理論値: 130 kDa/nm

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分子 #1: Tetrachloroethene reductive dehalogenase

分子名称: Tetrachloroethene reductive dehalogenase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: (COB)(SF4)(SF4)(MQ7) / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
分子量理論値: 56.620824 KDa
配列文字列: TSEFPYKVDA KYQRYNSLKN FFEKTFDPEA NKTPIKFHYD DVSKITGKKD TGKDLPTLNA ERLGIKGRPA THTETSILFH TQHLGAMLT QRHNETGWTG LDEALNAGAW AVEFDYSGFN ATGGGPGSVI PLYPINPMTN EIANEPVMVP GLYNWDNIDV E SVRQQGQQ ...文字列:
TSEFPYKVDA KYQRYNSLKN FFEKTFDPEA NKTPIKFHYD DVSKITGKKD TGKDLPTLNA ERLGIKGRPA THTETSILFH TQHLGAMLT QRHNETGWTG LDEALNAGAW AVEFDYSGFN ATGGGPGSVI PLYPINPMTN EIANEPVMVP GLYNWDNIDV E SVRQQGQQ WKFESKEEAS KIVKKATRLL GADLVGIAPY DERWTYSTWG RKIYKPCKMP NGRTKYLPWD LPKMLSGGGV EV FGHAKFE PDWEKYAGFK PKSVIVFVLE EDYEAIRTSP SVISSATVGK SYSNMAEVAY KIAVFLRKLG YYAAPCGNDT GIS VPMAVQ AGLGEAGRNG LLITQKFGPR HRIAKVYTDL ELAPDKPRKF GVREFCRLCK KCADACPAQA ISHEKDPKVL QPED CEVAE NPYTEKWHLD SNRCGSFWAY NGSPCSNCVA VCSWNKVETW NHDVARIATQ IPLLQDAARK FDEWFGYNGP VNPDE RLES GYVQNMVKDF WNNPESIKQ

UniProtKB: Tetrachloroethene reductive dehalogenase

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分子 #2: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor...

分子名称: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense TCE1 (バクテリア)
分子量理論値: 10.126991 KDa
配列文字列:
MNIYDVLIWM ALGMTALLIQ YGIWRYLKGK GKDTIPLQIC GFLANFFFIF ALAWGYSSFS EREYQAIGMG FIFFGGTALI PAIITYRLA

UniProtKB: Probable tetrachloroethene reductive dehalogenase membrane anchor protein

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分子 #3: (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene

分子名称: (~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 2 / 式: JYF
分子量理論値: 96.943 Da
Chemical component information

ChemComp-JYF:
(~{Z})-1,2-bis(chloranyl)ethene / cis-1,2-ジクロロエチレン

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分子 #4: CO-METHYLCOBALAMIN

分子名称: CO-METHYLCOBALAMIN / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 2 / 式: COB
分子量理論値: 1.344382 KDa
Chemical component information

ChemComp-COB:
CO-METHYLCOBALAMIN

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分子 #5: IRON/SULFUR CLUSTER

分子名称: IRON/SULFUR CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: SF4
分子量理論値: 351.64 Da
Chemical component information

ChemComp-FS1:
IRON/SULFUR CLUSTER / 一硫化鉄

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分子 #6: MENAQUINONE-7

分子名称: MENAQUINONE-7 / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: MQ7
分子量理論値: 648.999 Da
Chemical component information

ChemComp-MQ7:
MENAQUINONE-7 / メナキノン7

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分子 #7: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 14 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.83 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 34078
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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