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万見
- EMDB-17864: Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state (transcrip... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17864
タイトルTilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state (transcriptase conformation)
マップデータ
試料
  • 複合体: Tilapia lake virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein (PA-like)
    • タンパク質・ペプチド: Putative PB1
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase
    • RNA: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
    • RNA: Transcription-like product
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードViral polymerase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性RNA-directed RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / Uncharacterized protein / Putative PB1 / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Tilapia lake virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.96 Å
データ登録者Arragain B / Cusack S
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-18-CE11-0028 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structural and functional analysis of the minimal orthomyxovirus-like polymerase of Tilapia Lake Virus from the highly diverged Amnoonviridae family.
著者: Benoit Arragain / Martin Pelosse / Albert Thompson / Stephen Cusack /
要旨: Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ...Tilapia Lake Virus (TiLV), a recently discovered pathogen of tilapia fish, belongs to the Amnoonviridae family from the Articulavirales order. Its ten genome segments have characteristic conserved ends and encode proteins with no known homologues, apart from the segment 1, which encodes an orthomyxo-like RNA-dependent-RNA polymerase core subunit. Here we show that segments 1-3 encode respectively the PB1, PB2 and PA-like subunits of an active heterotrimeric polymerase that maintains all domains found in the distantly related influenza polymerase, despite an unprecedented overall size reduction of 40%. Multiple high-resolution cryo-EM structures of TiLV polymerase in pre-initiation, initiation and active elongation states, show how it binds the vRNA and cRNA promoters and performs RNA synthesis, with both transcriptase and replicase configurations being characterised. However, the highly truncated endonuclease-like domain appears inactive and the putative cap-binding domain is autoinhibited, emphasising that many functional aspects of TiLV polymerase remain to be elucidated.
履歴
登録2023年7月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月27日-
マップ公開2023年12月27日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å		0.84 Å/pix.
x 300 pix.
= 252. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.84 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.047689907 - 0.08116206
平均 (標準偏差)0.000056105488 (±0.0018967771)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 251.99998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17864_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_17864_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17864_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17864_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Tilapia lake virus polymerase

全体名称: Tilapia lake virus polymerase
要素
  • 複合体: Tilapia lake virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein (PA-like)
    • タンパク質・ペプチド: Putative PB1
    • タンパク質・ペプチド: RNA-dependent RNA polymerase
    • RNA: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)
    • RNA: Transcription-like product
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Tilapia lake virus polymerase

超分子名称: Tilapia lake virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)

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分子 #1: Polymerase acidic protein (PA-like)

分子名称: Polymerase acidic protein (PA-like) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 47.780508 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSRFAQLTG VFCDDFTYSE GSRRFLSSYS TVERRPGVPV EGDCYDCLKN KWIAFELEGQ PRKFPKATVR CILNNDATYV CSEQEYQQI CKVQFKDYLE IDGVVKVGHK ASYDAELRER LLELPHPKSG PKPRIEWVAP PRLADISKET AELKRQYGFF E CSKFLACG ...文字列:
MDSRFAQLTG VFCDDFTYSE GSRRFLSSYS TVERRPGVPV EGDCYDCLKN KWIAFELEGQ PRKFPKATVR CILNNDATYV CSEQEYQQI CKVQFKDYLE IDGVVKVGHK ASYDAELRER LLELPHPKSG PKPRIEWVAP PRLADISKET AELKRQYGFF E CSKFLACG EECGLDQEAR ELILNEYARD REFEFRNGGW IQRYTVASHK PATQKILPLP ASAPLARELL MLIARSTTQA GK VLHSDNT SILAVPVMRD SGKHSKRRPT ASTHHLVVGL SKPGCEHDFE FDGYRAAVHV MHLDPKQSAN IGEQDFVSTR EIY KLDMLE LPPISRKGDL DRASGLETRW DVILLLECLD STRVSQAVAQ HFNRHRLALS VCKDEFRKGY QLASEIRGTI PLSS LYYSL CAVRLRMTVH PFAR

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: Putative PB1

分子名称: Putative PB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 57.179375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MWAFQEGVCK GNLLSGPTSM KAPDSAARES IDRASEIMTG KSYNAVHTGD LSKLPNQGES PLRIVDSDLY SERSCCWVIE KEGRVVCKS TTLTRGMTSL LNTTKCSSPS ELICKVLTVE SLSEKIGDTS VEELLSHGRY FKCALRDQER GKPKSRAIFL S HPFFRLLS ...文字列:
MWAFQEGVCK GNLLSGPTSM KAPDSAARES IDRASEIMTG KSYNAVHTGD LSKLPNQGES PLRIVDSDLY SERSCCWVIE KEGRVVCKS TTLTRGMTSL LNTTKCSSPS ELICKVLTVE SLSEKIGDTS VEELLSHGRY FKCALRDQER GKPKSRAIFL S HPFFRLLS SVVETHARSV LSKVSAVYTA TASAEQRAMM AAQVVESRKH VLNGDCTKYN EAIDADTLLK VWDAIGMGSI GV MLAYMVR RKCVLIKDTL VECPGGMLMG MFNATATLAL QGTTDRFLSF SDDFITSFNS PAELREIEDL LFASCHNLSL KKS YISVAS LEINSCTLTR DGDLATGLGC TAGVPFRGPL VTLKQTAAML SGAVDSGVMP FHSAERLFQI KQQECAYRYN NPTY TTRNE DFLPTCLGGK TVISFQSLLT WDCHPFWYQV HPDGPDTIDQ KVLSVLASKT RRRRTRLEAL SDLDPLVPHR LLVSE SDVS KIRAARQAHL KSLGLEQPTN FNYAIYKAVQ PTAGC

UniProtKB: Putative PB1

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分子 #3: RNA-dependent RNA polymerase

分子名称: RNA-dependent RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 53.782141 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSQFGKSFKG RTEVTITEYR SHTVKDVHRS LLTADKSLRK SFCFRNALNQ FLDKDLPLLP IRPKLESRVA VKKSKLRSQL SFRPGLTQE EAIDLYNKGY DGDSVSGALQ DRVVNEPVAY SSADNDKFHR GLAALGYTLA DRAFDTCESG FVRAIPTTPC G FICCGPGS ...文字列:
MSQFGKSFKG RTEVTITEYR SHTVKDVHRS LLTADKSLRK SFCFRNALNQ FLDKDLPLLP IRPKLESRVA VKKSKLRSQL SFRPGLTQE EAIDLYNKGY DGDSVSGALQ DRVVNEPVAY SSADNDKFHR GLAALGYTLA DRAFDTCESG FVRAIPTTPC G FICCGPGS FKDSLGFVIK IGEFWHMYDG FQHFVAVEDA KFLASKSPSF WLAKRLAKRL NLVPKEDPSV AAAECPCKKV WE ASFARAP TALDPFGGRA FCDQGWVYHR DVGYATANHI SQETLFQQAL SVRNLGPQGS ANVSGSIHTA LDRLRAAYSR GTP ASRSIL QGLANLITPV GENFECDLDK RKLNIKALRS PERYITIEGL VVNLDDVVRG FYLDKAKVTV LSRSKWMGYE DLPQ KPPNG TFYCRKRKAM LLISCSPGTY AKKRKVAVQE DRFKDMRVEN FREVAENMDL NQGSGSENLY FQGHHHHHHH HHH

UniProtKB: RNA-dependent RNA polymerase

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分子 #4: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer)

分子名称: 5' vRNA end - vRNA loop (40-mer) / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 12.736518 KDa
配列文字列:
GCAAAUCUUU CUCACGUCCU GACUUGUGAG UAAAAUUUGG

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分子 #5: Transcription-like product

分子名称: Transcription-like product / タイプ: rna / ID: 5 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Tilapia lake virus (ウイルス)
分子量理論値: 6.675037 KDa
配列文字列:
AGAAUAUAAU ACCAAAUUUU A

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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分子 #7: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-...

分子名称: [(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: A0I
分子量理論値: 482.172 Da
Chemical component information

ChemComp-A0I:
[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(4-azanyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-~{N}-[oxidanyl(phosphonooxy)phosphoryl]phosphonamidic acid

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分子 #8: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab initio
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.96 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 29892
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8psx:
Tilapia Lake Virus polymerase in vRNA elongation state (transcriptase conformation)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る