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- EMDB-17794: HK97 small terminase in complex with DNA after focused classification -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17794
タイトルHK97 small terminase in complex with DNA after focused classification
マップデータHK97 small terminase
試料
  • 複合体: HK97 small terminase in complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: Terminase small subunit
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)
キーワードsmall terminase / HK97 / bacteriophage / complex with DNA / DNA BINDING PROTEIN
機能・相同性Terminase small subunit
機能・相同性情報
生物種Hendrixvirus (ウイルス) / Escherichia phage HK97 (ファージ) / Byrnievirus HK97 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å
データ登録者Chechik M / Greive SJ / Antson AA / Jenkins HT
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206377 英国
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2023
タイトル: Structure of HK97 small terminase:DNA complex unveils a novel DNA binding mechanism by a circular protein.
著者: Maria Chechik / Sandra J Greive / Alfred A Antson / Huw T Jenkins /
要旨: DNA recognition is critical for assembly of double-stranded DNA viruses, in particular for the initiation of packaging the viral genome into the capsid. DNA packaging has been extensively studied for ...DNA recognition is critical for assembly of double-stranded DNA viruses, in particular for the initiation of packaging the viral genome into the capsid. DNA packaging has been extensively studied for three archetypal bacteriophage systems: , and phi29. We identified the minimal site within the region of bacteriophage HK97 specifically recognised by the small terminase and determined a cryoEM structure for the small terminase:DNA complex. This nonameric circular protein utilizes a previously unknown mechanism of DNA binding. While DNA threads through the central tunnel, unexpectedly, DNA-recognition is generated at its exit by a substructure formed by the N- and C-terminal segments of two adjacent protomers of the terminase which are unstructured in the absence of DNA. Such interaction ensures continuous engagement of the small terminase with DNA, allowing sliding along DNA while simultaneously checking the DNA sequence. This mechanism allows locating and instigating packaging initiation and termination precisely at the site.
履歴
登録2023年7月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月9日-
マップ公開2023年8月9日-
更新2023年8月9日-
現状2023年8月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17794.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17794.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HK97 small terminase
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.18889 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.028
最小 - 最大-0.107723095 - 0.23277713
平均 (標準偏差)0.00010773349 (±0.012773255)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 152.17792 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17794_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HK97 small terminase

ファイルemd_17794_half_map_1.map
注釈HK97 small terminase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HK97 small terminase

ファイルemd_17794_half_map_2.map
注釈HK97 small terminase
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HK97 small terminase in complex with DNA

全体名称: HK97 small terminase in complex with DNA
要素
  • 複合体: HK97 small terminase in complex with DNA
    • タンパク質・ペプチド: Terminase small subunit
    • DNA: DNA (31-MER)
    • DNA: DNA (31-MER)

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超分子 #1: HK97 small terminase in complex with DNA

超分子名称: HK97 small terminase in complex with DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hendrixvirus (ウイルス)

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分子 #1: Terminase small subunit

分子名称: Terminase small subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia phage HK97 (ファージ)
分子量理論値: 18.497648 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
配列文字列:
MADKRIRSDS SAAAVQAMKN AAVDTIDPPS HAGLEKKAEP FWHDNIRSKA LDSWTPADLL AAVELANNQL YITVLRKDLR KEERIRGEE RDEGLIKDLR KQIVELQRTI LAQRRDLQIH SHATNGESRD QKKRNQNDRD ARNTKNEHQD QDDNLIAFPK H G

UniProtKB: Terminase small subunit

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分子 #2: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Byrnievirus HK97 (ウイルス)
分子量理論値: 9.600261 KDa
配列文字列:
(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DT)

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分子 #3: DNA (31-MER)

分子名称: DNA (31-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Byrnievirus HK97 (ウイルス)
分子量理論値: 9.457115 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DT)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DG)(DA)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
200.0 mMNaClsodium chloride
10.0 mMMgCl2magnesium chloride
25.0 mMC4H11NO3.HClTris-HCl
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 180 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.038 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細complex was purified on S200 10/30 column

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2767 / 平均露光時間: 8.0 sec. / 平均電子線量: 53.6 e/Å2
詳細: Two datasets were collected from the same grid. 1st set: 682 images 2nd set: 2085 images
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 130000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1144385 / 詳細: dataset 1:306866 dataset 2:837519
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6z6e

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 76628
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 2 / 平均メンバー数/クラス: 76000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6z6e


Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 24-124 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8pop:
HK97 small terminase in complex with DNA

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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