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- EMDB-17627: Recombinant Ena3A L-Type endospore appendages -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17627
タイトルRecombinant Ena3A L-Type endospore appendages
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage
    • タンパク質・ペプチド: DUF3992 domain-containing protein
キーワードEndospore / Pili / Protein / Fiber / Spore / Appendage / Bacillus paranthracis / PROTEIN FIBRIL / recombinant
機能・相同性Endospore appendages core / Endospore appendages / Endospore appendages core domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus paranthracis (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.32 Å
データ登録者Sleutel M / Remaut H
資金援助 ベルギー, 1件
OrganizationGrant number国
Research Foundation - Flanders (FWO)G0G0818N ベルギー
引用
ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Helical ultrastructure of the L-ENA spore aggregation factor of a Bacillus paranthracis foodborne outbreak strain.
著者: Mike Sleutel / Ephrem Debebe Zegeye / Ann-Katrin Llarena / Brajabandhu Pradhan / Marcus Fislage / Kristin O'Sullivan / Nani Van Gerven / Marina Aspholm / Han Remaut /
要旨: In pathogenic Bacillota, spores can form an infectious particle and can take up a central role in the environmental persistence and dissemination of disease. A poorly understood aspect of spore- ...In pathogenic Bacillota, spores can form an infectious particle and can take up a central role in the environmental persistence and dissemination of disease. A poorly understood aspect of spore-mediated infection is the fibrous structures or 'endospore appendages' (ENAs) that have been seen to decorate the spores of pathogenic Bacilli and Clostridia. Current methodological approaches are opening a window on these long enigmatic structures. Using cryoID, Alphafold modelling and genetic approaches we identify a sub-class of robust ENAs in a Bacillus paranthracis foodborne outbreak strain. We demonstrate that L-ENA are encoded by a rare three-gene cluster (ena3) that contains all components for the self-assembly of ladder-like protein nanofibers of stacked heptameric rings, their anchoring to the exosporium, and their termination in a trimeric 'ruffle' made of a complement C1Q-like BclA paralogue. The role of ENA fibers in spore-spore interaction and the distribution of L-ENA operon as mobile genetic elements in B. cereus s.l. strains suggest that L-ENA fibers may increase the survival, spread and virulence of these strains.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2023
タイトル: A novel class of ultra-stable endospore appendages decorated with collagen-like tip fibrillae
著者: Sleutel M / Zegeye ED / Llarena AK / Pradhan B / Fislage M / O'Sullivan K / Aspholm M / Remaut H
履歴
登録2023年6月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2025年9月10日-
現状2025年9月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17627.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17627.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 229.2 Å		0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 229.2 Å		0.76 Å/pix.
x 300 pix.
= 229.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.764 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0913
最小 - 最大-0.023489663 - 0.23726764
平均 (標準偏差)0.004084828 (±0.019951204)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 229.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17627_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17627_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17627_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Recombinant Ena3A L-type endospore appendage

全体名称: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage
    • タンパク質・ペプチド: DUF3992 domain-containing protein

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超分子 #1: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage

超分子名称: Recombinant Ena3A L-type endospore appendage / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Bacillus paranthracis (バクテリア) / 株: NVH 0075-95 / 細胞中の位置: spore surface
分子量理論値: 18.03 kDa/nm

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分子 #1: DUF3992 domain-containing protein

分子名称: DUF3992 domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 28 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacillus paranthracis (バクテリア)
分子量理論値: 11.58715 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MAQIGNCCTE QLCCVNDAVC CTIILDDTGG TALPIWDDAT TFVINGTIMV ENNGTVGVGP TAALTVNGTA VGGFVVAPGE CRSITMNDI NSIAIVGAGT GTSSVKISFS INYKF

UniProtKB: Endospore appendages core domain-containing protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7 / 構成要素 - 式: miliQ
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 8528 / 平均電子線量: 62.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 60000

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 44.97 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 18.547 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C7 (7回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.32 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.0.3) / 使用した粒子像数: 454321
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: cylinder
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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