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- EMDB-17440: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17440
タイトルPhotorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
マップデータComposite map used for model building
試料
  • 複合体: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein
キーワードBacterial toxin / TOXIN
機能・相同性TcdA/TcdB toxin, pore forming domain / TcdA/TcdB pore forming domain / Toxin protein
機能・相同性情報
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Belyy A / Heilen P / Hofnagel O / Raunser S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure and activation mechanism of the Makes caterpillars floppy 1 toxin.
著者: Alexander Belyy / Philipp Heilen / Philine Hagel / Oliver Hofnagel / Stefan Raunser /
要旨: The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly ...The bacterial Makes caterpillars floppy 1 (Mcf1) toxin promotes apoptosis in insects, leading to loss of body turgor and death. The molecular mechanism underlying Mcf1 intoxication is poorly understood. Here, we present the cryo-EM structure of Mcf1 from Photorhabdus luminescens, revealing a seahorse-like shape with a head and tail. While the three head domains contain two effectors, as well as an activator-binding domain (ABD) and an autoprotease, the tail consists of two putative translocation and three putative receptor-binding domains. Rearrangement of the tail moves the C-terminus away from the ABD and allows binding of the host cell ADP-ribosylation factor 3, inducing conformational changes that position the cleavage site closer to the protease. This distinct activation mechanism that is based on a hook-loop interaction results in three autocleavage reactions and the release of two toxic effectors. Unexpectedly, the BH3-like domain containing ABD is not an active effector. Our findings allow us to understand key steps of Mcf1 intoxication at the molecular level.
履歴
登録2023年5月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月1日-
マップ公開2023年11月1日-
更新2023年12月27日-
現状2023年12月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17440.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17440.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 236.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Composite map used for model building
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.0017246845 - 0.052279763
平均 (標準偏差)0.000091257265 (±0.0008321852)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-49-53-39
サイズ410392386
Spacing392410386
セルA: 352.8 Å / B: 369.0 Å / C: 347.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: DeepEMhanced composite map

ファイルemd_17440_additional_1.map
注釈DeepEMhanced composite map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin

全体名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
要素
  • 複合体: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
    • タンパク質・ペプチド: Toxin protein

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超分子 #1: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin

超分子名称: Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

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分子 #1: Toxin protein

分子名称: Toxin protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 329.440219 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SEQKLISEED LSMASISKDF TNLLNTLIDG QIGAASRQTE WFNMSPDERT DYIKQVDERL QEMQQSTLS VLAAQHFQMQ DNPVSVGDQL QTLQKRRQQM TDVPGTPAIN AYKQQLDRDI LLYRRQQTAM THFDSTWRKV L VMLGPDDS ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH SEQKLISEED LSMASISKDF TNLLNTLIDG QIGAASRQTE WFNMSPDERT DYIKQVDERL QEMQQSTLS VLAAQHFQMQ DNPVSVGDQL QTLQKRRQQM TDVPGTPAIN AYKQQLDRDI LLYRRQQTAM THFDSTWRKV L VMLGPDDS KPLNATTLRE NAVDKQAKLD TEIKRLEQQL TIQVADSTFS QKYVTLFSEL QAYKDVNARY NALLKASATE EA AALGALT KVPQASDDLP VNISLLMMEE RPGYIRMNVA LVNASTDGRF KDFFLENGRL VVLTDGVLNF SFGTAARSLA WQQ QYRLKS EPPSFRSPTY TPIRSVLVKT EFVEKYFANY LVSESTLRGG FKAQLLGNGR KMLLTSVDRK VPNQIGIQVS GQAP NTTIT REVPLASALS DLINQNADIA SFRTIGLEGF RQSSYHPDRD GLFVNIHELE RSVGFAGRQY LLEMPQDNDY LSATP FGVM SVDGDKVSSS HLSKAQTDTL YQYNAAFFEK LEQLRSGGMK ASRLFEGSIE RTAFVQQLVR LLERNHITPA GVLAPE YPR DNMRDIKGNN LNKVLWEQAF AASVWRSRDN DPLLFRLATR LVKNPAVVKV LQNGYVQSDI AQARELLAPL YEQWRTR AV EAETQRVASA NAAQHPSNPK VHVFDQAEVE RSLDDKLLIL LLTGPQSLEG TDVQLRPMVE AALLSNEGRS LRKQILFH A LRPVADSFSK AAAPVNPHAE LGVGKIMINN RLNQPDPYLI LNTSSEEQAY RDGSYLIKDD KYRSYNQFRP DFKNDATRY MNDLDTPFVG GISGTTQTVS NVLTELFGGA LSVKQYWQFQ MANAAFMIRN GYHSFFETFY VAARYEPEGA DSIGKEMLQM FDKYRVEGS KKALQGKLYD GVMARVLPII NQGLSAADEF HPPRFTRIGP RPALLGQAVK DLELKAGLTS VGDGFEPRQG S ADIHQFVT DPVLFAKTHT VSAEALVRSG RLPAEGSAQL VKVGSGLYEL EYTEQSANDI SSSSIPAYFL GYNGPNQANA VP AYVDIPK RTIAGNFLFT GTLSGGSLVV TSLDANTFRV YHDGRVNSSL LYDNVVMAVD YKDYQIAGTA EGLAAAYMQY VNH EWQLVL QRQEYQRDGQ MLRLRLRDDE EPLSIQVADS QVVERNQAQF VAYREQIHQQ LKKVATQFEV SISGVSDGVY TEGE FSPDH PAIAAWAKLC AEVYDRINAD TKQLVDKRNK LYENRRNTIR RDLINQQIKQ LNITLEYYKA QYDTVLREAG FVEQS WLWQ QIKAKNGSAA VVRIDDTAIQ GGGKQRTDSV GERYAISEAY QRGARGTGFS DGLRNFREIE IPGVDDKMSA LEMKRL FLE GKLTSEQQGA LSGRITETSR AEYIDKVLRQ TAVFSEDFHD AGSVFDRLVP QDFYLSLVGD RSGGRCYPLV RAMTVAL AS GGEAGINSLV QKLFFASADP QAGSSTLLRN SLIKLHSNVE AVQASTELGQ FGLSEVVSRL AATTGTSMFA LNTQNHSM M VGSTVTTEGR RYYFYDPNVG IFAFDNTKSL SRAMEQHLVG RRLAVHYGSF GSKSAPAFNL IEIDTGKMAE VPVGNGLNV ADLTRFEELS SVIGQRRQVE QVMSAQERIT EDLQLSTALQ AFDAEQWGAR FEAASTRLAQ EHQLDSRWLP IIATTEEQGE GRYRVQFIN RDQPEQTRWL DTDDSTFVEF RRFVDEHMSV LNEHFTLESG RMRPRGGVGE AAPVDGLNAG FAVQALIQWF S DKNRHDAA NGMASPDLAT ALKVHSYLNF VQMVHGGVQD VIKVTALVRT ALRGEVVAAQ TSFKEFALSL GHTVNEGVGV LF GGAMIGL DAYELAHAEN DVQKAVFGTQ LAFDSASFVT GAAGIGAGLV GASTAGAVLG GAGVILGGLA VGFTALAQAF GAV AEDAKA VGRYFDTVDK AYKGNGYRYD NEKQVLVPLA GAVIKTLDLS KNQIDFDSQY IYRTHSGSTG SGKINYFFWV GDFP RMVHD RGQAIEVRSG IGYKDVSRPL EHGDSNVVIL PGTPKSYISY EYMLLPGATT RHDAGFDVIR RLEEDKRFDY DFYIF PGEE TIRRIHHEYV DTPIEVVLDQ RNRQLVAPEL PKELHGFLCY EIKGAGGEYL IGLNEGAKVN LTSDVASTWI IDSSQL ASD SISVSKDQLL VGEKGKEVVV KLYLAQNSQV LVVNGKGEVR KVDFTSLTAQ VISEDASKWQ VPGQQIEQHL SDLAKAH QL HGQYVVVENY RHQGRDVGRA FYDVTKDRML FTDTTNEQAK RAQLGAVMGD YAYFYDADNA VAWRVDIATG QVDAQFEP W FNQNAGHISR FWQEGDVVYL ARRYRLKERE AELGYRIIGD RMELVSAVGD DALLQLSARI GRHGDELEAI LQGYRSNST QRGTLMYTLG ARLIQPTSAA LVTVFGVDAA GVPHRYWIRT SDGTLIKPNL APPADQTLHF EAHEQTRSAW QIPADLVLAG SMPLLGGKE VFFFYSKEQK TLFRQEGPGQ EVLDANQPSA LRVTTPALTN VINLNGHLVV VTEDGRVARL DALGQLSYAA V NEHWLKGR IHWWQDLTSV TDGRATLAVF GVKDTDGKSL LPVWYHNGQV VVASAALQDK HPQFLGFEVD GSSARLFEPA SG KLYRQPA MTADALAAAF GTDEVLEASA QLPAANELEP ELHLKAAEQV DAGLRLTTVK GEILLRTHDG KLQLVAVDKD WQQ DNLVRL SQALAEVAGQ WRVKGVLTLQ GDDTQGWFDV GSGQVFSIGG IPATDNLRFI GIAVGKKGAY VYNPTDQMLY QVKE SGAQK LNHYADVERI GSSLLLQDGG KGDLSPMLIA GVDSVVLHGG AGSDTYRLSQ TMWSYYRTVV IDNDDPNQVL DRLII LAVD AEKIFVSRHE DDLMLTDSVN GTVLVIRKVF GSQAVTHRHL QIDLEGSSSV ISVDHLVKGF TRLGTANIGL FELPWA IEL DYKDDDDK

UniProtKB: Toxin protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: C-flat-2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 21741 / 平均電子線量: 70.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPHIRE / 使用した粒子像数: 363044
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: SPHIRE

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-8p52:
Photorhabdus luminescens Makes caterpillars floppy (Mcf) toxin

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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